Сравнительная цитогенетика грызунов группы Myomorpha

• Автор: Романенко, Светлана Анатольевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 213 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК СОКРАЩЕНЫЙ.

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ .

1.1. Сравнительная цитогенетика

1.1.1. Дифференциальное окрашивание хромосом

1.1.2. Сравнительный хромосомный пэйнтинг

1.1.3. Сравнительное картирование

1.1.4. Сравнение последовательностей ДНК.

1.1.5. Кладистический анализ.

1.2. Систематика, филогения и кариология подотряда i, i

1.2.1. Систематика группы
1.2.1.1. Надссмсйство ii тушканчнкопыс
1.2.1.2. Надссмсйство i мышиные
1.2.2. Особенности кариотипов мышевидных грызунов
1.2.2.1. Необычные системы половых хромосом.
1.2.2.2. Вариации по количеству и распределению гстсрохроматина.
1.2.2.3. Вхромосомы вариабельные элементы генома.
1.2.3. Кариотипические и филогенетические взаимоотношения в подотряде
.
1.2.3.1. Надссмсйсшо ii.
1.2.3.2. i отдельное семейство в составе i
1.2.3.3. Семейство ii сложности таксономии.
1.2.3.3.1. Подсемейство vii.
1.2.3.3.2. Подсемейство ii
1.2.3.4. Семейство i самое многочисленное семейство среди млекопитающих.
1.2.3.5. i батальное ответвление от ствола iii.
1.2.3.6. Проблема филогенетического положения цокоро.
.2.4. Хромосомный пэйнтинг подотряда
1.2.5. Темпы кариотипической эволюции в подотряде
1.2.6. Подотряд сравнительное генетическое картирование
1.3. Заключение
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы.
2.2. методы
2.2.1. Получение культуры перечных фибробластов
2.2.2. Культивирование и хранение первичных фибробластов.
2.2.3. Фиксация клеток
2.2.4. Хранение фиксированных клеток
2.2.5. Приготовление препаратов
2.2.6. Дифференциальные окраски хромосом.
2.2.6.1. Рутинная окраска хромосом
2.2.6.2. бэндинг
2.2.6.3. Сбэндинг
2.2.7. Получение 0 О ДНК.
2.2.8. Получение хромосомоспецифичных ДНКбиблйотек.
2.2.8.1. ДНКбиблиотеки сортированных хромосом
2.2.8.1.1. Сортированные хромосомы китайского хомячка
2.2.8.1.2. Сортированные хромосомы золотистого хомячка.
2.2.8.1.3. Сортированные хромосомы копытного лемминга
2.2.8.1.4. Сортированные хромосомы домовой мыши
2.2.8.1.5. Сортированные хромосомы человека
2.2.8.2. ДНКбиблиотеки микродиссскционных хромосом.
2.2.8.2.1. Подготовительные процедуры
2.2Я.2.2. Мнкродиссехция
2.2.9. Флуоресцентная i i гибридизация
2.2.9.1. Амплификация и меченке зонда.
2.2.9.2. Гсгсрологичная гибридизация
2.2.9.2.1. Подготовка препаратов к гибридизации
2.2.9.2.2. Подготовка зондов к гибридизации
2.2.9.2.3. Гибридизация
2.2.9.2.4. Послстбриднзацнонныс отмывки и усиление сигнала.
2.2.9 2.5. Варьирование условий гибридизации.
2.2.9.3. Получение и обработка изображения
2.2 Филогенетический анализ.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Реципрокный хромосомный ПЭЙНТИНГ
3.1.1. Китайский и золотистый хомячки.
3.1.2. Золотистый хомячок, мышь.
3.1.3. Золотистый хомячок, копытный лемминг.
3.2. ОД1ЮНАПРАВЛЕННЫЙ ХРОМОСОМНЫЙ ПЭЙНТИНГ.
3.2.1. Подсемейство i
3.2.1.1. Род .
3.2.2. Подсемейство ii
3.2.2.1. Роды i, i, i
3.2.2.2. Род i.
3.2.2.3. Род i
3.2.2.4. Род
3.2.3. Подсемейство iiЮб
3.2.3.1. Род i
3.2.4. Подсемейство i.Юб
3.2.4.1. Род
3.2.5. Подсемейство viiюн
3.2.5.1. Род vi
3.2.5.2. Род i.
3.2.5.3. Род ix.
3.2.5.4. Род i.ИЗ
3.2.5.5. i.
3.2.5.6. Рол .
3.2.6. Подсемейство i.
3.2.6.1. Род ii.
3.3. Анализ перестроек хромосом.
3.3.1. Надсемейство ii
3.3.2. Надсемейство i
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Сравнительные исследования с помощью пзйнтин а у грызунов.
4.2. Филогенетическое положение подотряда ii на общем древе грызунов
4.3. Вероятный предковый кариотип отряда грызунов.
4.4. Хромосомная эволюция в надсемействе i.
4.4.1. Мышевидные хомячки i
4.4.2. Песчанковые ii
4.4.3. Мышиные i
4.4.4. Хомячки Нового света
4.4.5. Палеарктические хомячки iii
4.4.6. Полевковые vii.
4.5. неравномерность скоростей клгиотипической эволю щи в подотряде ii.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ. .
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Позже были отсортированы хромосомы видов с более сложными кариотипами человек i, , мышь i i, и свинья i, . На этой стадии можно было разделить большинство хромосом и определить морфологический полиморфизм и перестройки, однако, примерно одинаковые но размеру хромосомы со сходным содержанием ДНК содержанием красителя разделить было невозможно, поскольку они попадали в один пик , , . Хкст, специфичный к АТпарам, и хромомицин 3, специфичный к парам, двухволнового возбуждения флуоресценции и регистрации двух сигналов флуоресценции окрашенных хромосом в двух разных спектральных интервалах. При таком подходе хромосомы разделялись не только по размеру, но и по содержанию i . Таким образом, были получены библиотеки всех хромосом человека Vi . Был также разработан высокоскоростной сортер, позволивший в 8 раз сократить время сортировки . Ii, v i, . В настоящее время метод проточной сортировки хромосом наиболее часто используется для создания пэйнтингпроб i . При помощи программного обеспечения определяется интенсивность флуоресценции каждой хромосомы, количественная информация о сортируемых хромосомах суммируется и выводится в виде графического изображения проточного кариотипа1 например, рис. Проточный кариотип представляет собой результирующее распределение флуоресцентных сигналов. По осям отложены величины сигналов флуоресценции используемых флуорохромов. Темные области обозначают положение пиков хромосом. При окрашивании хромосом красителями Хкст и хромомицин 3 выше диагонали располагаются АТбогатые хромосомы, а ниже ГЦбогатые i . Проточный кариотип индивидуален для каждой особи и для каждого вида. Вариация внутри вида обусловлена полиморфизмом по содержанию некодирующих высокоповторяющихся последовательностей в основном в центромерном гетерохроматине или хромосомными перестройками. Проточный кариотип отражает важные параметры сортировки хромосом 1. Каждый пик характеризует определенный тип хромосом. Площадь пика пропорциональна частоте встречаемости данной группы хромосом. Интенсивность флуоресценции прямо пропорциональна размеру хромосом. В русскоязычной литературе встречается термин цитограмма распределения интенсивности флуоресценции хромосом Полетаев, . Метод мпкродиссекции успешно используется для получения не только хромосомоспсцифичсских пэйнтингпроб, но и пэйнтингпроб определенных районов хромосом , . Суть метода состоит в вырезании диссекции интересующего участка цитологического препарата с помощью микроманипуляционной техники. Методика получения микродиссекционпых пэйнтингпроб имеет преимущество перед сортировкой хромосом в том, что с ее помощью можно быстро получить районоспецифичные библиотеки. Однако с трудностью получения большого числа копий желаемого района связан основной недостаток микродиссекционпых библиотек их низкая представительность для гетерологичной гибридизации. В то же время микродиссекционные библиотеки являются незаменимыми при исследовании хромосомных аномалий, в частности, при канцерогенезе. Именно с помощью микродиссекции были получены наборы районоспецифичных зондов хромосом человека для многоцветной I и многоцветного бэндинга например, i . Важной отличительной особенностью микродиссекции по сравнению с хромосомным сортингом является возможность создания ДНКпробы всего лишь из одной копии хромосомы или хромосомного района . ДНК отсортированных или диссектированных хромосом амплифицируют в ПЦР с использованием вырожденных праймеров, что позволяет получить представительную библиотеку всей хромосомы или ее района i . Присутствие диспергированных повторов в ДНКпробах может создавать проблему выявления специфических сигналов при i i гибридизации. Для ее устранения в процедуру III был введен этап супрессии сигнала меченых повторов предгибридизацией с многократным избытком немеченой ДНК2. Такой вариант метода получил название Iгибридизации I i i iii i . Для использования библиотек во флуоресцентной i i гибридизации проводят их меченые. В зависимости от способа введения метки в молекулы нуклеиновых кислот различают прямое и непрямое меченис .