Геномное исследование гетерохроматина политенных хромосом Drosophila melanogaster

• Автор: Белякин, Степан Николаевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 79 с. : ил.

1. ВВЕДЕНИЕ

1.1. Актуальность проблемы.

1.2. Цель работы.

1.3. Научная новизна.

1.3. Практическая ценность.

1.4. Апробация работы

1.5. Список публикаций по теме диссертации.

2. ГЕТЕРОХРОМАТИН В ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМАХ

2.1. Прицентромерный гетерохроматин политенных хромосом слюнных желез

2.1.1. Молекулярный состав ПГХ.

2.2. Интеркалярный гетерохроматин.

2.3. Репликация и транскрипционная активность гетерохроматина.
2.4. Заключение.
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. Линии мух
3.2. Микроклонирование
3.3. Гибридизация i i.
3.4. Саузернблот гибридизация
3.5. Гибридизация и анализ микрочипов.
3.6. Выявление районов недорепликации.
3.7. Выявление транскрипционных территорий
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Анализ районов при центромерного гетерохроматина
4.2. Анализ районов интеркалярного гетерохроматина
4.3. Выводы.
6. СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ.
Список использованных


РР рано реплицирующиеся участки генома . ЭПМ эффект положения мозаичного типа а. В последнее время широко обсуждается вопрос о корреляции между временем репликации ДНК в фазе клеточного цикла и экспрессией генов например, геномное исследование временного паттерна репликации в культуре клеток показало, что в культуре клеток Кс дрозофилы ранняя репликация в фазе ассоциируется с активным состоянием генов . Амплификация хорионовых генов в фолликулярных клетках дрозофилы и тканеспецифичная регуляция кластера 3глобиновых генов у млекопитающих также представляют интерес в рамках совместной регуляции репликации и экспрессии генов. В норме, в политенных хромосомах слюнных желез О. При этом помимо прицентромерных районов, состоящих преимущественно из разнообразных повторов, около сайтов в эухрсматиновых плечах политенных хромосом, демонстрируют недорепликацию iv . Такие районы имеют ряд характеристик, свойственных прицентромерному гетерохроматину ПГХ, поэтому получили название интеркалярного гетерохроматина ИГХ. Один из районов ИГХ, был ранее охарактеризован с помощью Саузернблот гибридизации, и было показано, что зона недорепликации имеет протяженность т. ДНК может иметь представленность менее 5 по сравнению с рано реплицирующимся геном i . Если эухроматиновая часть генома дрозофилы содержит 0 м. ДНК, не считая прицентромерного гетерохроматина, значительно недореплицируется в слюнных железах . Районы ИГХ могут быть прекрасной моделью для изучения связи между репликацией и экспрессией генов. Необходимо выяснить, какие гены находятся в этих районах, как они экспрессируются и т. Для решения этой задачи мы использовали уникальные свойства гена ii. Мутация гена приводит к исчезновению разломов в политенных хромосомах и к частичной политенизации ПГХ. Саузернблот анализ показал восстановление представленности ДНК до 0 во всех исследованных районах недорепликации v . Таким образом, продукт гена может рассматриваться как трансфактор, специфически контролирующий позднюю репликацию в геноме дрозофилы, по меньшей мере, в тканях с политенными хромосомами. Дополнительные, трансгенные копии гена , вызывают усиление недорепликации в районах, образующих разломы, а также появление ее в поздно реплицирующихся районах, лишенных недорепликации в норме. Поскольку ген имеет такое уникальное проявление, он может быть использован как инструмент для изучения явления поздней репликации в политенных хромосомах и организации районов интеркалярного и прицентромерного гетерохроматина. Сравнение уровня политенизации в линиях с разными дозами гена поможет выявить в геноме дрозофилы зоны недорепликации и определить их генетическое содержание. Целью данной работы является изучение молекулярных свойств и генетического состава прицентромерного и интеркалярного гетерохроматина в слюнных железах . Приготовить библиотеку микроклонов и охарактеризовать молекулярный состав прицентромерных районов политенных хромосом линии . Определить границы недореплицированных областей в районах интеркалярного гетерохроматина и построить геномную молекулярную карту недорепликации. Проанализировать генетическое содержание недореплицированных районов. Впервые описаны последовательности из прицентромерных районов, политенизирующихся у мутантов . В ходе этой работы были прокартированы цитологически несколько протяженных участков ДНК, которые не были прокартированы в рамках проекта по секвенированию генома i . Впервые построена точная молекулярная карта политенизации, на которой нанесены протяженных района недорепликации, на всех длинных плечах хромосом дрозофилы. Проведено обобщение нескольких наборов данных, полученных разными авторами, касающихся репликации и экспрессии генома дрозофилы, что позволило сделать вывод об обогащении районов недорепликации генами, специфически коактивируемыми в клетках зародышевого пути самцов дрозофилы. Предложен новый принцип организации генома . Определено генетическое содержание части прицентромерного гетерохроматина. Построена геномная карта политенизации ДНК в слюнной железе . ДНК.