Сравнительное картирование избегающих инактивации генов Х-хромосомы человека на хромосомах пяти видов полевок рода Microtus : Arvicolinae, Rodentia

• Автор: Аноприенко, Ольга Валентиновна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 136 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Методы анализа организации эукариотического генома

и изучении половых хромосом млекопитающих

1.1.1. Сравнительный анализ рутинно и дифференциальноокрашенных хромосом и хромосомный пэйнтинг.
1.1.2. Сравнительное генетическое картирование и сравнительный анализ первичной нуклеотидной последовательности.

1.2. Развитие представлений об эволюции половых хромосом

1.3. Организация и эволюция половых хромосом млекопитающих

1.3.1. Консерватизм генного состава Ххромосомы

1.3.2. Эволюционные страты и последовательность
эволюционных изменений Ххромосомы.
1.3.3. Пссвдоаутосомпыс районы половых хромосом
1.3.4. Избегающие инактивации гены дифференцированных
районов Ххромосомы
1.3.5. Особенности дифференцированного района хромосомы
1.3.6. Генетический и биологический диморфизм
1.3.7. Молекулярные механизмы инактивации Ххромосомы
1.4. Г руина обыкновенных полевок рода ii
Итоги обзора литературы
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Среды, стоковые растворы, ферменты.
2.2. Экспериментальные животные.
2.3. Микробиологические методы работы.
2.3.1.Приготовление компетентных клегок .i.
2.3.2.Трансформаиия .i.
2.4. Скрининг геномной фаговой библиотеки.
2.5. Методы выделения ДНК.
2.5.1.Выделение плазмндной ДИК.
2.5.2.Выделение ДНК фагов
2.6. Методы работы с рекомбинантной ДНК.
2.6.1.Общие методы клонирования
2.6.2.Получение направленных делений.
2.7. Саузерн блотгибридизация фаговых клонов.
2.8. Выделение тотальной РНК из органов животных
и культур клеток.
2.9. Синтез первой цепи кДНК
2 Полимеразная цепная реакции
2 Флуоресцентная гибридизация i i
2 Определение нуклеотидной последовательности ДНК
2 Контекстный анализ последовательности ДНК
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Получение зондов избегающих инактивации генов
3.2. Флуоресцентная i i гибридизация фаговых клонов
на мстафазпых хромосомах пяти видов полевок
3.3. Контекстный анализ нуклеотидных последовательностей
фаговых клонов.
3.4. Анализ порядка расположения генов и возможных
путей эволюции Ххромосомы полевок группы vi
3.4.1. Реорганизация Ххромосом пяти видов полевок
рода i
3.4.2. Сравнительный анализ Ххромосом полевок
и других видов млекопитающих.
3.4.3. Анализ расположения избегающих инактивации
генов на Ххромосомах полевок.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Препараты для I получены II. . Рубцовой. Основная часть гибридизациоипых i i экспериментов проведена II. . Мазурок. Совместно с . . Мазурок автором проводилась обработка данных III экспериментов. Контекстный анализ нуклеотидных последовательностей проводился совместно с Е. А. Елисафенко. ГЛАВА 1. Методы анализа организации эукариотического генома в изучении половых хромосом млекопитающих. На разных уровнях организации Природа оставила свидетельства своей эволюции. Па уровне геномов миллионов разнообразных живых организмов, они представляют следы приобретений и потерь, модификаций и реорганизаций генов и других элементов генома, и отражают историю возникновения новых видов и их взаимоотношений с меняющимся окружающим миром. Лини несколько модельных организмов лабораторная мышь , плодовая мушка i , круглый червь ii , почкующиеся дрожжи vi, покрытосеменное растение ii i, бактерия ii i и человек i были первоначально выбраны для определения полной нуклеотидной последовательности их геномов. На данном этапе уже накоплен огромный объем генетической информации, структурирование и понимание которой возможны исключительно на основе сравнительного подхода. Оформление области сравнительной геномики млекопитающих явилось результатом применения, в общем, давно известного метода гстсрологичной гибридизации. Однако благодаря новым техническим возможностям он позволил необычно широко охватить картину эволюции генома на уровне кариотипа. Сравнительная геномика млекопитающих включает изучение организации геномов на разных уровнях от анализа дифференциальноокрашенных хромосом и сравнительного хромосомного пэйнтинга, до сравнительного картирования небольших фрагментов генома и анализа первичной нуклеотидной последовательности. В последнее время интенсивные исследования проводятся в области сравнительной архитектоники ядра . Очевидно, наиболее полную картину эволюционных преобразований можно воссоздать и понять, комбинируя подходы и сравнивая информацию, полученную как на уровне последовательностей отдельных гомологичных генов, их кластеров, гак и целых хромосом или всего кариотипа. Половые хромосомы составляют неотъемлемую часть кариотипа, и как компонент целостной генетической системы проявляются в особенностях физиологии, популяционной структуры и экологии вида. В области сравнительной геномики анализ на каждом уровне от уровня дифференциальноокрашенных хромосом до уровня первичной нуклеотидных последовательностей, способствовал углублению понимания особенностей структуры, функционирования и эволюции половых хромосом и, тем самым, генетического аппарата в целом. Сравнительный анализ рутинно и дифференциальноокрашенных хромосом и хромосомный пэйнтипг. Сравнительный анализ рутинноокрашенных и дифференциальноокрашенных хромосом позволил сделать самые первые и наиболее общие выводы относительно кариотинической эволюции в основных таксономических группах млекопитающих, тенденциях преобразования карнотинов, возможных типов перестроек хромосомного материала и темпов этих преобразовании. Основной предпосылкой этих заключений была идея о том, что одинаковый рисунок исчерченностн хромосом отражает гомологичное генетическое содержание , . Для аутосом дальнейшими исследованиями эта предпосылка была подтверждена в основном для близкородственных видов. Для Ххромосом сходные морфология и рисунок исчсрчсиности с двумя интенсивно окрашиваемыми полосами, обозначаемыми Л и В, были отмечены у многих видов из разных отрядов млекопитающих человека и других приматов, кролика, норки, кошки, свиньи, верблюда , , . На основе сравнения карнотинов большого числа видов млекопитающих было отмечено, что размер Ххромосом многих видов составляет около 5 размера гаплоидного генома самки а Эги данные указывали на возможную консервативность генного состава Ххромосом различных видов млекопитающих.