Анализ генетического разнообразия в породах и экспериментальных популяциях кур методом ДНК фингерпринтинга

• Автор: Тыщенко, Валентина Ивановна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 141 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Типы последовательностей нуклеотидов в ДНК животных и птиц.

1.2. Полиморфизм мини и микросателлитных последовательностей ДНК.

1.3. Биохимические и молекулярногенетические подходы к изучению популяций животных и птиц
1.4. Фингерпринтинг ДНК в изучении популяционногенетического разнообразия в породах и экспериментальных популяциях кур.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.

2.1. Объект исследования

2.2. Выделение ДНК

2.3. Расщепление рестрикция образцов ДНК

2.4. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле.
2.5. Перенос ДНК с агарозного геля на фильтр
2.6. Прегибридизация и гибридизация ДНК.
2.7. Детекция дезоксигснина на фильтрах.
2.8. Анализ распределения гибридизационных фрагментов ДНК
на фильтрах.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.
3.1. Оптимизация условий проведения анализа ДНК.
3.2. Визуальная оценка распределения гибридизационных фрагментов ДНК
3.3. Маркерные фрагменты ДНК в породах и популяциях кур
3.4. Генетическое разнообразие между породами и популяциями
3.5. Анализ внутрипопуляционного генетического разнообразия в породах и популяциях кур по результатам фингерпринтинга ДНК
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
ВЫВОДЫ.
ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ.
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ УКАЗАТЕЛЬ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


Открытие гипервариабельных участков в геномах высших живот ных, включая птиц, ознаменовал собой прорыв в изучении строения и функционирования ДНК, построении детальных генетических карт, выделении функционально значимых генов для последующего трансгенеза. Впервые гипервариабельные участки ДНК были открыты в год когда один генетический л о кус имел разных аллелей i. Подобные полиморфные участки ДНК затем выявили у человека в районе инсулинового гена . С этого времени полиморфные последовательности ДНК привлекли к себе пристальное внимание, так как они оказались чрезвычайно удобными генетическими маркерами. В широком смысле полиморфизм последовательностей ДНК предполагает наличие двух или нескольких экспериментально выявляемых типов организации чередования различных нуклеотидов в цепях ДНК. Локус считается полиморфным, если в популяции существуют две или более аллели данною локуса. Однако, в случае, когда одна из аллелей имеет очень высокую частоту, скажем, или более, другие аллели имеют мало шансов быть выявленными в не очень больших выборках животных. Таким образом, исходя из практической целесообразности, локус рассматривают как полиморфный только при частотах аллелей ниже . Полиморфизм генов также как и полиморфизм анонимных генетических локусов, проявляется в наличии разных аллелей в популяции животных. Если это активные гены, проявляющие свою экспрессию, результатом будет разнообразие популяции по животнымносителям определнных типов белков, что легко определяется иммунологическими и биохимическими тестами. В случае так называемых молчащих генов, которые не синтезируют соответствующую информационную РНК и, как следствие, не имеют белкового продукта, их полиморфизм определяется точно гак же, как и анонимных генетических локусов. При этом ни иммунологические, ни биохимические методы не могут выявить разных вариантов существования фрагментов ДНК. На помощь приходят современные молекулярногенетические методы анализа, такие как полимеразная цепная реакция и анализ рестрикционного полиморфизма. Большинство однолокусных ДНК маркеров, основанных на полиморфизме длин рестрикционных фрагментов ГДРФ по своей природе диморфны, те. В этом случае гетерозиготность не может превышать . Многоаллельные системы часто показывают гетерозиготность выше . Помимо района инсулинового на такие последовательности обнаружили в онкогене , псевдогене глобина и генах миоглобина . ДНК состояли из наборов тандсмно организованных коротких последовательное гей нуклеотидов. В начале х годов была проведена классификация известных на тот момент гипервариабельных участков iv, . Принимая во внимание распределение и частоты встречаемости этих участков у множества видов животных и человека, было предложено разделить их на три группы микросателлиты длина повторяющеюся элемента 12 нуклеотида, короткие тандемные повторы I 35 пар нуклеотидов и минисателлиты пар нуклеотидов в повторяющейся единице. Микросателлиты представляют собой класс гипервариабельных локусов, состоящих из очень коротких тандемных повторов, например, . САС С АС САС. . Микросателлиты обнаружены практически во всех исследованных геномах. В частности, у человека число тандемных копий составляет от до , но чаше встречается копий. В геноме предполагается наличие около 0 таких локусов i i, . Тринуклеотидные повторы встречаются каждые 00 тысяч пар нуклеотидов в геноме и, следовательно, их частота в раз ниже, чем у динуклеотидных повторов типа Глазко с соавт. Равномерная представленность по всему геному, высокий полиморфизм, а также возможность типирования с помощью полимеразной цепной реакции делают микросателлиты удобным инструментом для анализа генома и картирования. Самая подробная генетическая карга крупного рогатою скота со средним расстоянием между маркерами 2,5 сМ на состоит из микросателлитов Симоненко, . Еще одно семейство гипервариабельных последовательностей ДИК обнаружено в геноме кур и других животных.