Полиморфизм минисателлитных маркеров З'Аров и D1S80 в популяциях Восточной Европы

• Автор: Вербенко, Дмитрий Анатольевич
• Шифр специальности: 03.00.15, 03.00.26
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 178 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

I. ВВЕДЕНИЕ.

И. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

II.1 Системы генетических маркеров в исследовании популяций человека.

II. 1.1 Диаллсльныс маркеры ДНК.

II. 1.2 Мультиаллельные маркеры ДИК

II. 1.3 Гипервариабельные минисателлитные маркеры

II. 1.3.1 Минисатсллитный маркер гена аполипопротеина В.

.1.3.2 Минисателлитный маркер 0

II. 1.4 Полиморфизм маркеров митохондриальной ДНК и Ухромосомы

II.2 Этническая геномика народов Восточной Европы
III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
III. I Популяционные выборки
ТН.2 Экспериментальные методы.
III.2.1 Выделение ДНК из образцов крови человека.
Ш.2.1.1 Осаждение ядерной фракции лейкоцитов
П1.2.1.2 Экстракция смесью фенолхлороформ
1.2.1.3 Контроль качества ДНК с помощью гельэлектрофореза
III.2.2 Проведение полимеразной ценной реакции.
1П.2.3 Электрофорез в полиакриламидном геле
1.2.3.1 Приготовление стоковых растворов
Ш.2.3.2 Проведение вертикального электрофореза
1.2.3.3 Окраска полиакриламидного геля серебром.
1.2.4 Синтез маркерных наборов для минисагеллитных локусов.
1.2.5 Анализ аллельных вариантов мннисателлитных локусов.
Ш.З Статистическая обработка результат ов.
III.3.1 Первичная обработка полученных данных
1П.3.2 Многомерный статистический анализ.
IV. РЕЗУЛЬТАТЫ.
IV. 1 Исследование полиморфизма минисателлит ною локуса 3концевой области гена
Ъ
IV. 1.1 Характеристики внутрипопуляционной изменчивости маркера
IV. 1.2 Сравнительный анализ вариабельности маркера в популяциях.
IV.2 Исследование полиморфизма минисателлитного локуса 0
1У.2.1 Характеристики внутри популяционной изменчивости маркера
1У.2.2 Сравнительный анализ вариабельности маркера в популяциях
IV.3 Анализ геномного разнообразия народов Восточной Европы.
IV.3.1 Дифференциация исследованных популяций методами многомерной
статистики
1У.3.2 Филогенетические взаимосвязи популяций Восточной Европы по данным изменчивости мул ьти аллельных локусов ЭМ, ГЖРЬА, БСА, 0. ЗАРОВ
V. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ.по
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


i, анонимного мультиаллсльного локуса явилось первой демонстрацией того, что ДНК человека содержит гипервариабсльные участки. Восемь аллелей полиморфного локуса, не ассоциированного с какимлибо известным геном были обнаружены при блот гибридизации геномной ДНК человека с фрагментом протяженностью т. Мультиаллсльный полиморфизм этого локуса не выражался в изменении сайтов рестрикции, а приводил к различиям в числе тандемных повторов коротких последовательностей ДНК. Впоследствии были обнаружены другие полиморфные сайты у 5конца инсулинового гена, в Iонкогеие, глобиновом пссвдогене, внутри Зглобииового кластера. Эти полиморфные участки получили название V полиморфные по числу повторяющихся единиц. В каждом случае вариабельный участок состоял из тандемных повторов короткой последовательности около п. Алтухов Ю. П., . Иное название локусов V мииисателлиты обусловлено сходством ряда их свойств с высокоповторяющейся сатсллитной ДНК. Тандемные сателлитные повторы ДНК объединяются в огромную и разнообразную по структуре группу, организованные в непрерывные кластеры с расположением мономерных единиц по типу головакхвосту. Эта фракция геномной ДНК образует блоки, каждый из которых включает множество копий высокоповторяющихся последовательностей. Сателлитная ДИК часто располагается в области гетерохроматииа, обнаруживаемого вокруг центромер. Однако преобладающая короткая последовательность обычно составляет только небольшую часть копий. Другие короткие последовательности отличаются от нее множеством замен оснований, делений и вставок. Ряд таких вариантов короткой повторяющейся единицы может сформировать более длинную, которая сама по себе тандемно повторяется с некоторыми изменениями. Таким образом, сателлитные ДИК млекопитающих состоят из иерархически организованных повторяющихся единиц Сингер, . Отличием минисатсллитных локусов от сатсллитной ДНК является меньшая длина повторяющейся единицы варьирует в пределах от до 0 и. В то время как сателлитная ДНК располагается в участках ирицептромерного гетерохроматина в метафазпых хромосомах и в хромоцеитрах иитерфазных ядер Жимулев И. Ф., , минисателлитные последовательности равномерно распределены по большинству участков всех хромосом Тарантул В. З., . В г. Джеффриса и соавторов, в которых в одном из нитронов миоглобинового гена человека был обнаружен минисателлит, представляющий собой 4хкратный повтор нуклеотидов , . Используя этот минисателлит в качестве зонда, авторы выделили из геномной библиотеки человека и охарактеризовали несколько гипервариабельных последовательностей. Все они так же оказались минисателлитами с числом повторяющихся единиц от 3 до . Сами единичные звенья, хотя и были сходны между собой, имели некоторые различия по нуклеотидному составу и варьировали но длине от до пар оснований. Сходство их состояло в том, что все повторяющиеся звенья внутри себя содержали практически одинаковую нуклеотидную последовательность, названную авторами корпоследовательностью. Способность зондов на основе корпослсдователыюсти выявлять множество подобных минисателлитных локусов при б лотгибридизации с тотальной ДНК человека демонстрировала множественность их локализации в геноме. Это свойство, а также высокий уровень полиморфизма, обусловленный вариациями числа повторов, легли в основу метода мультилокусного ДНКфингерпринтинга, или геномной дактилоскопии . Метод геномной дактилоскопии является мультилокусным анализом, он основан на детектировании рестрикционного полиморфизма геномной ДНК при помощи гибридизации с мечеными зондами, фрагменты которых гомологичны основным элементам высоковариабельных тандемно повторяющихся последовательностей геномной ДНК Рысков, . Позднее двумя независимыми группами исследователей Рысковым и соавторами в нашей стране и Вассаром и соавторами в Бельгии было обнаружено другое семейство гипервариабельных участков с множественной локализацией в геноме, которое выявляется с помощью ДНК фага М Джинчарадзе и соавг, Рысков и соавт, V i, , .