Исследование молекулярно-генетических причин аутосомно-рецессивного эритроцитоза в Чувашии

• Автор: Вассерман, Наталья Наумовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 124 с. : 15 ил.

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРА ТУРЫ .

ГЛАВА I. Картирование генов человека

1. Принципы картирования

1.1. Генетические маркеры и генетические карты

1.2. Анализ сцепления.

1.3. Полногеномный скрининг.

1.4. Тонкое генетическое картирование.

ГЛАВА II, Эритроцитоз в

2.1. Эритропоэз и гены, участвующие в его регуляции

2.2. Характеристика эрнтроцитоза.

2.3. Наследственные формы эрнтроцитоза.
.1. Гемоглобинопатии
2.3.2. Недостаточность 2,3ДФГ
2.3.3. i v
2.3.4. 1 .
2.3.5.
2.3.6.
2.4. Семейный рецессивный эритроцитоз в Чувашии
2.4.1. Клинические исследования.
2.4.2. Этногенез чувашей и эффект основателя
2.5. Картирование и идентификация мутаций в гене V при аутосомнорецессивном эритроцитозе.
2.5.1. Ген V
2.5.2. Белок V.
2.5.3. Функции V.
2.5.3.1. I
2.5.4. Синдром V
2.5.5. Мутации в гене V приводят к аутосомнорецессивному эритроцитозу
2.5.5.1. Эффект основателя при мутации
МА ТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
1. Забор венозной крови
2. Выделение геномной ДНК
3. Полимеразная цепная реакция ПЦР.
4.Элсктрофорсз в ПААГ
5. анализ.
6. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.
7. Рестрикционный анализ.
8. i .
9. Анализ сцепления.
. Анализ неравновесия по сцеплению
. Расчет возраста мутации.
РЕЗУЛЬТЛ ТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
1. Генетическая эпидемиология семейной полицитсмии с
благоприятным течением наследственного эритроцитоза.
2. Геномный скрининг
3. Мутация А0Тгр в гене УНЬ
3.1. Мутация А0Тгр в гене УШ в семьях с больными АРЭ.
3.2. Молекулярногенетические методы идентификации мутации Аг0Тгр
3.3. Популяционные исследования мутации А0Тгр
3.4. Неравновесие по сцеплению полиморфных маркеров, фланкирующих ген УНЬ, и АРЭ
3.5. Возраст мутации
4. Анализ рекомбинаций в локусе Щ у больных АРЭ.
5. Исследование неравновесия по сцеплению маркеров на хромосоме 1Ц и АРЭ
6. Анализ геновкандидатов в области локализации генамодификатора
7. Совместное наследование хромосом 3 и у больных АРЭ.
ЗаключениеПО
ВЫВОДЫ.
Приложение.
СПИСОК РАБОТ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ.
СПИСОК ЛИТЕРА ТУРЫ. .
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
А А акрил амил
АРЭ аутосомнорсцессивный эритроцитоз БА метиленбисакриламид ДИ доверительный интервал ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота кДНК комплементарная ДНК 2,3ДФГ 2,3дифосфоглицерат млн.п.н. 1 ООО ООО пар нуклеотидов ПААГ полиакриламидный гель
ПДРФ полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
П.н. пара нуклеотидов
ПСА персульфат аммония
ПЦР полимеразная цепная реакция
мРНК матричная рибонуклеиновая кислота
РЭ рестрицирующая эндонуклеаза
сМ морганида
ТЕМЕД Н,Ы,Ы,Ытетраметилэтилендиамин
Т.п.н. 1 ООО пар нуклеотидов
ЭДТА этилендиаминтетрауксусная кислота
i ii
i ii
эритропоэтин
рецептор эритропоэтина
i iiii
I i i Ii i
i ii i i
V i v
i i i
i i i
I
трисборатный буфер мМ трис, мМ борная кислота, 2мМ ЭДТА V v ii
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


Кроме САповторов, достаточно широко распространены микросатсллиты и другие кластеры коротких повторов, также обнаруживающие вариабельность по количеству мономеров , . Микросателлиты используются для картирования генов наследственных заболеваний, косвенной ДНКдиагностики заболеваний с неизвестным генетическим дефектом, а также для геномной дактилоскопии ii, установления отцовства , . Микросателлиты характеризуются высокой скоростью мутирования и, как следствие, высоким уровнем гетерозиготности в популяции, большим числом аллелей, что позволяет их использовать для анализа сцепления в родословных. Сейчас возможно более быстрое проведение анализа сцепления, связанное с улучшением построения генетических карт, состоящих из полиморфизмов, являющихся минисателлитами. Существуют две основные независимо посгроенные генетические карты человека. Карта сцепления . Средний размер интервалов составляет 1. М. карты покрыто маркерами с интервалами 2 сМ и лишь 1 сМ i . Вторая карта i . Iii. Ix Динуклеотидные маркеры, на которых базируется карта , обладают большей информативностью по сравнению с тетрануклеотидными повторами, из которых преимущественно состоит карта i. Тетрануклеотидные повторы, в свою очередь, более удобны для анализа и реже мутируют. В последние годы проводят исследования с помощью полиморфизмов по одному нуклеотиду . Они располагаются в геноме с частотой 1 на п. На сегодня открыто и картировано более 0 . У них имеется только два аллеля, поэтому для генотипирования не требуется точное определение длин полученных фрагментов. К, т. Это позволяет одновременно исследовать большое количество полиморфных маркеров. Для геномного скрининга требуется примерно 0 , или 1 на 0 т. Для начального этапа скринирования генома сМ карта полиморфных биаллсльных маркеров лучше, чем микросателлитных маркеров. При исследовании , кроме картирования гена, можно выявить неравновесие но сцеплению, что будет являться подтверждением наличия одной мутации в картированном районе. Построение генетических карт осуществлялось в несколько этапов. На первом этапе выявлялись группы сцепления различных маркеров, причем генетическое расстояние между этими маркерами может быть достаточно велико сМ. Для выявления сцепления между маркерами используется ДНК людей из больших семей, в которых наблюдается полиморфизм по изучаемым маркерам. Например, для построения генетической карты использовали генетический материал, полученный из иммортализованных клеток членов больших семей, хранящихся в Центре исследования полиморфизма человека СЕРН и доступных всем исследователям. Возможное сцепление и расстояние между двумя маркерами устанавливается путем подсчета рекомбинационных событий между этими маркерами на один мейоз. К маркерам предъявляются два основных требования они должны быть расположены равномерно по геному и обладать возможно большей информативностью. Использование карты, состоящей из таких маркеров, позволит уменьшить число полиморфных локусов, необходимых для генетического картирования любого признака человека. Анализ сцепления. Анализ генетического сцепления метод генетического картирования, основанный на прослеживании косегрегации геновмаркеров при передаче их ог родителей потомкам в ряду поколений. Генетические маркеры, близко расположенные на хромосоме, остаются сцепленными во время мейоза. Для заболеваний, для которых не известен биохимический дефект, идентификация хромосомной локализации гена является первым шагом при его выделении. При этом оценивают частоту совместной передачи потомству двух или нескольких признаков генетических маркеров, одним из которых является наследственное заболевание, а вторым аллель полиморфного локуса ДНК. Чем ближе друг к другу располагаются генетические маркеры в пределах одной хромосомы, тем больше вероятность того, что они не будут разделены кроссинговером и будут переданы потомству совместно. Скрининг семей на совместное наследование заболевания и полиморфных маркеров, распределенных по геному, позволяет выявить маркеры, сцепленные с геном заболевания.