Белок Suppressor of Underreplication Drosophila мelanogaster: распределение в хромосомах и взаимодействие с другими белками

• Автор: Пиндюрин, Алексей Валерьевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 143 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Введение. Эухроматнн и гетерохроматин

1.1. Гетерохроматин

1.1.1. Цитогенетические свойства прицеп громерного гетерохроматина

1.1.2.1 Цитогенетические свойства пнтеркалярного гетерохроматина

1.1.3. Особенности организации гетерохроматина на нуклеосомном уровне

1.1.4. Специфические нсгисгоиовыс белки и молекулярные механизмы формирования прицентромерного гетерохроматина
1.1.5. Специфические негистоновые белки и молекулярная организация иптеркалярного гетерохроматина

1.2. Современные методы исследования белков хроматина

1.2.1. Картирование участков локализации белков хроматина при помощи метода I

1.2.2. Исследования белокбелковых взаимодействий в дрожжевой двугибридной системе
1.3. Белок
Заключение и постановка задач
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы
2.1.1.1таммы ii i
2.1.2. Штам м ы vii 4
2.1.3. Культуры клеток i
2.1.4. Олигонуклеотиды
2.1.5. Плазмиды и кДНКбиблиотека
2.1.6. Антитела
2.1.7. Ферменты
2.1.8. кДНКмикрочипы
2.2. Методы
2.2.1. Работа с культурами клеток i
2.2.2. Выделение РНК п ОТПЦР
2.2.3. Методики работы с рекомбинантной ДНК
2.2.4. Создание плазмидных конструкций
2.2.5. Гхцедура I
2.2.6. Подготовка проб, гибридизация и анализ кДНКмикрочипов
2.2.7. Работа с дрожжевой двугибридной системой Ii
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Картирование и анализ участков локализации белка в хромосомах диплоидных клеток i
3.1.1. Анализ транскрипционной активности гена в эмбриональных культурах Кс7 и 2
3.1.2. ДНКадснинмстилтрансферазная активность химерных белков и
3.1.3. Локализация химерных белков и в клетках дрозофилы
3.1.4. Картирование участков локализации белка в хромосомах клеток Кс 7
3.1.5. Генымишени белка являются преимущественно транскрипционно неактивными и реплицируются ближе к концу фазы клеточного цикла
3.1.6. Высокая корреляция между распределениями белка и белков группы в хромосомах дрозофилы
3.1.7. Умеренная корреляция между распределениями белка и белков Р1 и V в хромосомах дрозофилы
3.1.8. Высокая корреляция между распределениями белков и в хромосомах дрозофилы
3.1.9. Профиль связывания белка с хромосомами клеток Кс7 отрицательно коррелирует с профилем недорепликации ДНК политенных хромосом
3.1 Активность геновмншеней белка в онтогенезе дрозофилы
3.2. Поиск партнров белка
3.2.1. Подбор условий для проведения экспериментов в дрожжевой двугибридной системе Ii
3.2.2. Поиск партнров белка с помощью скрининга кДНКбиблпотеки
3.2.3. Картирование доменов, опосредующих взаимодействие между белками и I
3.2.4. Особенности взаимодействия между белками и II I
3.2.5. Поиск партнров белка среди белковкандцдатов
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Картирование участков локализации белка на хромосомах диплоидных клеток
4.2. Выявление физического взаимодействия между белками и Р1
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В докладе и стендовых сообщениях на международной молодежной научнометодической конференции Проблемы молекулярной и клеточной биологии, 9 мая г. Томск, Россия. В стендовом сообщении на 8ой международной конференции но гетерохроматину, июня г. Губбио, Италия. В докладе на международной конференции Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине, посвященной летию со дня рождения академика Д. К. Беляева, августа г. Новосибирск. Россия. В докладе на международной конференции ДНК репликация и поддержание генома у эукариот, сентября г. Колд Спринг Харбор, США. В стендовом сообщении на ой европейской конференции по исследованию дрозофилы, сентября г. Вена, Австрия. В стендовом сообщении на II Съезде Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной летию Института цитологии РАН, 9 октября г. СанктПетербург, Россия. V., ii , i . Сборник трудов международной конференции Физикохимическая биология, посвященной лстию со дня рождения академика Д. Г. Кнорре, июля 3 августа г. Новосибирск. Пиндюрин Геномное картирование 1чгновмишеней белка i II Сборник материалов международной молодежной научнометодической конференции Проблемы молекулярной и клеточной биологии, 9 мая г. Томск. С. 9. Пиндюрин , Шлома В. В., Кожевникова Е. Н., Иванощук И. Г., Заруцкая Е. А. Поиск белков, взаимодействующих с белком i , в дрожжевой двугибридной системе Сборник материалов международной молодежной научнометодической конференции Проблемы молекулярной и клеточной биологии, 9 мая г. Томск. С.1. Колесникова Т. Д Андреева Е. Н., Пиндюрин , Лнанько Н. Г., Белякин С. Н., Шлома В. В., Юрлова , Макунин И. В., Похолкова Г. В., Волкова Е. И., Заруцкая Е. А., Кокоза Е. Б., Семешин В. Ф., Беляева Е. С., Жимулв И. Тезисы докладов международной конференции Развитие эволюционной идеи в биологии, социологии и медицине, посвященной летию со дня рождения академика Д. К. Беляева, августа г. Новосибирск. Е., ii . Т., V. О., v . I. i ii i i i i II i i ii i, 5 9 i . I ii . V., i . Т., v . Похолкова Г. В., Болдырева Л. В., Беляева Е. С., Колесникова Т. Д., Андреева Е. Н., Демаков С. А., Пнндюрин А. В. Взаимодействие гетерохроматиновых белков НР1 и в клетках слюнных желз у i II Тезисы докладов и сообщений, представленные на II Съезд Общества клеточной биологии совместно с Юбилейной конференцией, посвященной летию Института цитологии РАН октября г. СанктПетербург, Россия. Цитология. Т 9. С. . Основные результаты получены автором самостоятельно. Анализ данных по локализации белка на хромосомах был выполнен при участии Э. Вита Нидерланды и С. Н. Бслякина. Эксперименты по изучению белокбел ковых взаимодействий в дрожжевой двугибридном системе проводились как совместно с В. В. Шломой, так и самостоятельно. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в который входит 8 ссылок. Работа изложена на 3 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы, рисунка и приложения на страницах. Автор глубоко благодарен И. Ф. Жимулву, под руководством и при содействии которого была выполнена данная работа и всем сотрудникам отдела молекулярной и клеточной биологии за оказанную помощь в работе. Особую благодарность хогелось бы выразить Ф. Кафатосу, Г. Кристофидесу и Б. Стинселу за предоставленную возможность выполнить часть экспериментов в их лабораториях соответственно в Европейской молекулярнобиологической лаборатории г. Гейдельберг, Германия, Имперском Колледже г. Лондон, Великобритания и Нидерландском институте рака г. Амстердам, Нидерланды А. А. Горчакову, Ф. Кафатосу, Г. Ройтеру, П. Спнреру и Ь. Стинселу за любезно предоставленные дрожжевые штаммы, плазмидиые векторы, конструкции и кДНКбиблиотеку Э. М. Баричсвой, Е. С. Беляевой, С. Н. Ьелякину, 1 Болдыревой, Э. Виту, Ф. Грейл, Л. Гуелену, Е. А. Заруцкой, И. Г. Иваношуку. Е.Н. Кожевниковой, И. В. Макунину, С. Мурман, М. В. Пилюгину, Е. В. Фдоровой и В. В. Шломе за консультации, помощь в работе и дружескую поддержку. Данная работа была поддержана грантами РФФИ 5 и ЕМВО i 7. М. II. II.