Таксономическая характеристика и биологические особенности новых таксонов морских аэробных гетеротрофных гаммапротеобактерий

• Автор: Романенко, Людмила Александровна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 221 с. : ил.

Таксономическая характеристика и биологические особенности новых таксонов морских аэробных гетеротрофных гаммапротсобактсрий.
ВВЕДЕНИЕ

Обзор литературы

Глава 1. Таксономия прокариот, современное состояние и основные

методы исследования.

Глава 2. Таксономическая структура класса СаттарпИеоЬаепа

тип РпИеоЬасепа.

2.1. Семейство Аеготопа1асеае.

2.2. Семейство МогахеНасеае

2.3. Семейство На1отопа1асеае.

2.4. Бактерии группы ОсеапояриШит семейство ОсеапоьриШасеае.

Глава 3. Бактерии рода РьеийоаИеготопаБ и родственные бактерии продуценты
вторичных метаболитов.
Экспериментальная часть.
Глава 4. Объекты и методы исследования
4.1. Источники выделения бактерий
4.2. Состав сред и условия культивирования микроорганизмов.
4.3. Физиологобиохимическис тесты
4.4. Методы изучения морфологии
4.5. Получение экстрактов клеток .
4.6. Исследование липидного состава и полисахаридов
4.7. Изучение геномных характеристик.
4.7.1. Выделение ДНК, определение ну клеотидного состава и ДНКДНК гибридизации
4.7.2. Риботипирование.
4.8. Ссквенирование рибосомных ДНК генов
4.9. Филогенетический анализ
4 Методы определения активности ферментов
. Определение нуклеазной активности.
. Определение тирозиназной активности.
4 Определение антагонистических свойств.
Результаты и обсуждение.
Глава 5. Род и родственные бактерии
семейства
5.1. Характеристика новых видов агаролитических бактерий iv и iii.
5.2. Меланинсинтезирующие бактерии рода и их особенности
5.2.1. Реклассификация ii как ii
5.2.2. Таксономические особенности вида и ii.
5.3. Уровни ДКДНК сходства и филогенетические связи иепигментнрованных видов рода . Реклассификация i . i как i.
5.4. Бактерии рода продуценты ферментов.
5.4.1. Бактерии рода продуценты нуклеаз.
5.4.2. Таксономические особенности глубоководной бактерии i КММ 3 продуцента полиурндилспсцифической
эндорибонуклсазы
5.4.3. Тирозиназная активность бактерий рода
5.4.4. Биологическая активность бактерий рода ,
ассоциированных с асцидией i i
5.5. Психрофильные бактерии рода i и особенности
нового вида i i.
5.6. Глубоководные бактерии рода Iii
5.7. Характеристика полисахаридов штаммов бактерии рода
и Iii ii.
Глава 6. Биологические особенности нового вида бактерий I
i ассоцианта асцидии i i
Глава 7. Психротолерантные бактерии рола
из морской среды и их особенности
7.1. i и i новые
галофильные бактерии рода
7.2. Видовое разнообразие и таксономическая характеристика бактерий рода , изолированных из образцов морского
льда и донных осадков Японского моря.
Глава 8. Новые таксоны бактерий группы ii
8.1. iii новый вид психрофильных
бактерий рода i
8.2. i ii . v., . v., галофильная
гаммапротеобактерня из морских донных осадков
Глава 9. Новые таксоны морских гаммапротеобакгерий,
не входящие в состав какихлибо известных семейств.
9.1. Новый род гаммапротеобактерий
i i . v., . v.
9.2. Новый вид глубоководных галотолерантных бактерий
iiii . v.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Исследования показали, что в некоторых случаях бактерии с высокой степенью сходства последовательностей рибосомных РНК принадлежат к разным видам, что может быть подтверждено экспериментами по ДНКДПК гибридизации, и, следовательно, использование метода секвенирования рРНК ограничено x i, . Анализ данных позволил установить, что зависимость двух филогенетических параметров ДНКДНК гомологии и рРНК сходства не является линейной. Организмы, которые имеют ,5 рРНК сходства и ниже, не могут дать ДНКДНК реассоциацию более , независимо от используемого метода гибридизации. Это свидетельствует о низкой разрешающей способности секвенирования рРНК при использовании его для классификации близкородственных штаммов бактерий, которые имеют высокий уровень ,5 рРНКсходства. Таким образом, ДНКДНК гибридизация остается оптимальным методом или золотым стандартом измерения уровня геномного сходства филогенетически близких процент рРНКсходства превышает величину ,5 микроорганизмов , , . Несколько категорий методов исследования ДНК, которые также используются в бактериальной таксономии, а также их функции, детально представлены в обзоре , , . Анализ геномной ДНК с помощью методов получения фрагментов ДНК, разделяемых электрофорезом , , , позволяет получить план участков полиморфизма с точной позицией в геноме. Определенную роль могут играть подвижные генетические элементы, транспозоны, плазмиды и бактериофаги, которые способны внедряться в бактериальный геном в области специфических или неспецифических сайтов, изменяя, таким образом, образцы фрагментов ДНК , , . Отмечается, что в последние годы ДНК секвенирование как альтернативный подход к количественному сравнению геномов может играть существенную роль в таксономии, так как этот метод не требует больших затрат времени, относительно недорогой, с высокой степенью воспроизводимости, и доступной базой данных i, . В настоящее время предлагается новое направление сравнительного анализа, который должен включать сравнение наборов, по меньшей мере, из пяти генов различных хромосомных участков . Начальным этапом филогенетического анализа является выравнивание i первичной структуры рРНК, необходимое для сравнения и выявления изменений в позициях пар оснований с общим предком. Молекулы рРНК имеют сходную вторичную структуру, и многие элементы этой структуры местонахождения в молекуле, а также число и позиции пар оснований, внутренних или концевых петель одинаковы, в то время как первичные структуры отличаются между собой и могут сравниваться для нахождения отличий. Для проведения выравнивания сиквенсов и включения новых данных существуют обширные базы данных сиквенсов, одной из которых является i i . Филогенетический анализ осуществляется путем позиционного отбора в соответствии с критериями изменчивости и вероятности, и видимым результатом этого анализа служат древа. Терминальные и внутренние линии, соединяясь между собой, образуют ветви, при этом способ ветвления указывает эволюционный путь, а сумма всех горизонтальных линий ветвлений, отражает филогенетическую дистанцию между соответствующими организмами. Три главных подхода используются для построения филогенетических древ i ix i, i, , xi i, xi ii, основанные на алгоритмах , , , i, , которые в свою очередь базируются на различных моделях эволюции. Эволюционные модели могут включать такие параметры, как соотношение переходперемещение, позиционная изменчивость, и другие. Различные методы построения древ дают различные результаты. Для того чтобы оценить статистическую значимость порядка ветвления, используют метод i, который позволяет определить топологическую согласованность древ i, . Таким образом, дя филогенетического анализа и построения филогенетических дендрограмм необходимо использовать широкий набор родственных и не родственных референтных микроорганизмов, применять различные методы обработки данных ссквенирования и i для определения достоверных значений точек ветвления i, , . Фенотипические методы включают все методы, объектом изучения которых не являются непосредственно РНК или ДНК, и хемотаксономические методы.