Молекулярно-генетические свойства штаммов холерного вибриона эльтор с различной эпидемической значимостью

• Автор: Костромитина, Елена Александровна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 170 с. : 13 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТРЫ

1.1. Особенности структуры генома эпидемически опасных и безо

пасных штаммов холерных вибрионов эльтор. Вариабельность генома возбудителя холеры

1.2. Современные методы дифференциации эпидемически опасных и

безопасных штаммов УсИо1егае биовара эльтор.

1.2.1. Дифференциация эпидемических и неэпидемических вибрионов эльтор с помощью холерных фагов.

1.2.2. Генодиагностика холеры.

1.3. Молекулярное типирование холерных вибрионов

1.3.1. Методы, основанные на рестрикционноманализе.хромосомной ДНК
1.3.2. ПЦРтипирование.
1.3.3. Секвенирование
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.2. Бактериальные штаммы.
2.2. Питательные среды и реактивы
2.3. Методы
2.3.1 Микробиологические методы.
2.3.2 Молекулярногенетические методы
ГЛАВА 3. ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ СТРУКТУРЫ ГЕНОМА ШТАММОВ УСНОЬЕЯЛЕ БИОВАРА ЭЛЬТОР, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ БОЛЬНЫХ, ВИБРИОНОСИТЕЛЕЙ И ИЗ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ НА РАЗНЫХ ТЕРРИТОРИЯХ.
3.1. Распространенность различных генов жизнеобеспечения и генов
вирулентности, локализованных на МГЭ, среди штаммов холерного вибриона эльтор, выделенных в Поволжье и Туркменистане
3.2. Адаптивные мутации генома холерных вибрионов эльтор, обитающих в организме вибрионосителей или в водных экосистемах
3.3. Молекулярное типирование штаммов холерных вибрионов эльтор, выделенных из различных источников и на разных территориях.
ГЛАВА 4. МОЛЕКУЛЯРНОГЕНЕТИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА АТИПИЧНОГО ШТАММА V.СНОЬЕЯЛЕ БИОВАРА ЭЛЬТОР
ГЛАВА 5. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЭПИДЕМИЧЕСКОЙ ЗНАЧИМОСТИ ШТАММОВ V.СНОЬЕКАЕ БИОВАРА ЭЛЬТОР С ПОМОЩЬЮ ПЦР И НОВЫХ ДИАГНОСТИЧЕСКИХ ФАГОВ СТХ И СТХ.
5.1. Дифференциация штаммов V ско1егае биовара эльтор, выделенных в различных регионах, по их эпидемической значимости с помощью поливалентных холерных диагностических фагов
и x I
5.2. Распространение генов, связанных с вирулентностью, среди штаммов V. биовара эльтор, имеющих различное эпидемическое значение по данным нового фагового теста. Сравнительный анализ эффективности ПЦР и фагового метода.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ


В экспериментах на модельных животных показано, что штамм нехолерогенен, но продуцирует ряд ферментов патогенности гемолизин, фосфолипазу, растворимую гемагглютининпротеазу. На основании данных ПЦРанализа определен генотип этого штамма с1хА гоС асе зГ 1срА ЮхТ аША гС папН аПК гохЯИарАПхАподтверждающий его эпидемическую безопасность. Впервые получены сведения о присутствии генов , x, и x, генетических маркеров эпидемически опасных штаммов, в хромосоме 2 штаммов V биовара эльтор, выделенных на территории Поволжья, Дагестана, Туркменистана, Узбекистана, Сибири и Приморья в период с по гг. Установлено, что результаты фагового теста и ПЦРанализа при оценке эпидемической значимости 0 штаммов холерных вибрионов биовара эльтор совпадают в случаев, что указывает на высокую диагностическую ценность холерных бактериофагов x и x. Лизис фагом x в ,8 случаев штаммов, содержащих ген , позволяет полагать, что пили могут служить рецептором для данного фага. ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ. По результатам работы составлены методические рекомендации Мультиплексный ПЦРанализ для идентификации штаммов Vii и определения их эпидемической значимости и Риботипированис штаммов Vii , которые одобрены Ученым Советом протоколы 7 от 3 июля г. Российского научноисследовательского противочумного института Микроб. Депонированы в Государственной коллекции патогенных бактерий Микроб три штамма V. ПЦРтестирования генов патогенности. Указанные штаммы могут быть использованы в прикладных и фундаментальных исследованиях. Данные о структуре генома 6 штаммов У. Ио1егае биовара элыор с различной эпидзначимостыо предназначены для использования Государственной коллекцией патогенных бактерий Микроб при молекулярногенетической паспортизации штаммов, циркулирующих на разных территориях России. Геном клинических штаммов У. Иокгае биовара эльтор, выделенных на разных территориях и в различные годы, стабилен и содержит три ПЦРтестированных гена жизнеобеспечения ИарА, охЯ, гхА, девять генов вирулентности схА, 1, асе, гМС, срА, асА, ЮхТ, папН, шг, входящих в состав мобильных генетических элементов, а также нуклеотидную последовательность аЯ8. В водной экосистеме геном значительной части популяции вирулентных клонов претерпевает изменения за счет утраты различных фрагментов ДНК, кодирующих продукцию ключевых факторов патогенности. Делении генных блоков происходят в определенной последовательности СТХф ахА, го, асе и ЯЗ1 ф шС УР1 1срА, аШ, охТ УР папН. Геном водных вибрионов содержит гены жизнеобеспечения ИарА, охЯ, г1хЛ и, в ряде случаев, гены острова персистенции шИф и нуклеотидную последовательность аПЯЯ. Значительные различия между геномами у вирулентных и водшдх вибрионов исключают возможность приобретения последними генов патогенности. По данным рибо и ПЦРтипирования эпидемические штаммы холерных вибрионов, выделенные от больных во время разных вспышек холеры на территории Туркменистана и Поволжья, имеют клональное происхождение. Обнаруженные нетоксигенные вибрионы ольтор, сохранившие ряд генов вирулентности, имеют генетическое родство с эпидемически опасными штаммами, тогда как водные вибрионы представляют самостоятельную гетерогенную популяцию. Атипичный штамм У. Иокгае биовара эльтор, выделенный от больного холерой в Челябинске г. По данным генотииировапия указанный штамм не имеет сходства ни с клиническими, ни с нетоксигенными вибрионами, выделенными из воды открытых водоемов. Тем не менее, при условии резко сниженного иммунитета у макроорганизма, штаммы холерного вибриона, лишенные ключевых факторов патогенности, могут вызывать холерогенный синдром за счет активной продукции дополнительных токсинов гемолизин, ЯТХтоксин. Сравнительная оценка диагностической ценности ПЦР и холерных бактериофагов с1х и Щх, проведенная при анализе 0 различных штаммов У. Ио1егае биовара эльтор, указывает на высокую эффективность простого и дешевого метода, основанного на использовании холерных диагностических фагов с1х и ах , при определении эпидемической значимости эльтор вибрионов. АПРОБАЦИЯ РАБОТЫ.