Молекулярно-биологическая характеристика и методы идентификации клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis

• Автор: Шемякин, Игорь Георгиевич
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Оболенск
• Количество страниц: 246 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений и условных обозначений.

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. Геном М. i возбудителя туберкулеза в сравнении с геномами близкородственных микобактерий

2.2. Молекулярное генотипирование М. i.

2.3. Лекарственнорезистентные штаммы М. i, их эпидемическая значимость

2.4. Молекулярные механизмы резистентности М. i к лекарственным препаратам

2.5. Методы молекулярной диагностики лекарственной резистентности М. i

2.6. Молекулярногенетические особенности современных клинических штаммов М. i.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. Бактериальные штаммы.
3.2. Питательные среды
3.3. Определение лекарственной чувствительности микобактерий i vi.
3.4. Определение молекулярных механизмов лекарственной резистентности М. i.
3.5. Генотипирование клинических штаммов М. i
3.5.1. Видовая идентификация клинических штаммов микобактерий.
3.5.2. Выделение хромосомной ДНК
3.5.3. I.
3.5.4. Сполиготипирование
3.5.5. .
3.5.6. V
3.5.7. Программное обеспечение.
3.6. Определение вирулентности клинических штаммов М. i
3.6.1. Заражение макрофагов
3.6.2. Заражение животных
3.7 Определение делетированных последовательностей в геномах штаммов микобактерий
3.8. Деплиторная аллельспецифичная ПЦР
4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.
4.1. Клинические штаммы М. i изучение молекулярных
механизмов резистентности к рифампицину и изониазиду.
4.2. Разработка молекулярных методов экспрессидентификации лекарственной резистентности к рифампицину и изониазиду клинических штаммов М. i
4.3. Изучение вирулентности клинических штаммов М. i
4.4. Сравнение геномов микобактерий с использованием метода гибридизации на ДНКчипах выявление различий, важных для функционирования микобактериальной клетки и дифференциации клинических штаммов мико
4.5. Характеристика лекарственнорезистентных штаммов М. i, выделенных от больныхзаключенных, находящихся в СИЗО города Серпу
4.6. туберкулез у заключенных в Тульской области.
4.7. Характеристика клинических штаммов М. i, выделенных от
больных в городе Тула и Тульской области
4.8. Характеристика клинических штаммов М. i, выделенных от больных туберкулезом в Нижегородской области.
4.9. Характеристика клинических штаммов М. i, выделенных от больных туберкулезом в городе Калуга.
4 Коллекция клинических штаммов М. i
ГНЦ ПМ, Оболенск.
4 Характеристика клинических штаммов М. i I
семейства
4 Сравнение разрешающей способности разных методов генотипирования
5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
5.1. Эпидемическая значимость лекарственнорезистентных клинических штаммов М. i.
5.2. Молекулярные механизмы резистентности клинических штаммов М. i к изониазиду, рифампицину и пиразинамиду
5.3. Разработка молекулярных методов экспрессидентификации лекарственной резистентности к рифампицину и изониазиду клинических штаммов М. i.
5.4. Вирулентность клинических лекарственнорезистентных штаммов М. i
5.5. Сравнение геномов микобактерий с использованием метода гибридизации на ДНКчипах выявление различий, важных для функционирования микобактери
альной клетки и дифференциации клинических штаммов микобактерий
5.6. Характеристика лекарственнорезистентных штаммов М. i, выделенных от больных, находящихся в СИЗО города Серпухов
5.7. Характеристика клинических штаммов М. i, выделенных от больных туберкулезом в городе Тула и Тульской области
5.8. Сравнительный анализ генотипов штаммов М. i, выделенных от больных туберкулезом в городах Серпухов, Тула, Калуга, в Тульской и Нижегородской областях
5.9. Характеристика клинических штаммов М. i I семейства
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
8. ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Каталог штаммов М. i Государственного научного центра прикладной микробиологии.
9. ПРИЛОЖЕНИЕ 2. Молекулярногенетическая экспрессидентификация лекарственной резистентности клинических штаммов М.i к рифампицину и изониазиду Методические рекомендации
1. ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


В., Медведева И. М., Дорожкова И. Р. Использование молекулярнобиологических методов для оценки эпидемической ситуации по туберкулезу в Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. С. 6. Шемякин И. Г., Степаншина В. И., Коробова О. В., Иванов И. Ю. Лазарев А. А., Скалдина А. А., Левачева В. А. Изучение вирулентности клинических штаммов i i. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. С. 7. Шемякин И. Г., Степаншина В. Н., Коробова О. В., Анисимова В. А., Иванов И. Ю., Липин М. Ю., Лазарев А. А., Скалдина А. И., Чернавская Л. А., Тарасова Т. Н. Генетическое типирование штаммов i i методами слолиготипирования и геномной дактилоскопии. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. С. . Шемякин И. Г., Степаншина В. Н., Коробова О. В., Иванов И. Ю. Клинические штаммы М. В сб. Нозокомиальная туберкулезная инфекция. Москва, . С. . I, i V, Ivv I ii . I. . V. 5. I, i V, v . V., ii , Ivv I Ivii i ii i i i iv ТВ i. I, vi . V., i V v i ii iii i i i i. I, iiv V, i V, v . V. i i i i. В . Анисимова , Шемякин И. Г., Стеланшина В. Н., Коробова О. В. Сравнение геномов клинических изолятов М. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 6. Майорова А. А., Степаншина В. Н., Шемякин И. Г. Видовая идентификация микобактерий методом ПЦР секвенирования гена . Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 1. Липин М. Ю., Степаншина В. Н., Шемякин И. Г., Коробова О. В., Онасенко А. Г. Частота встречаемости мутаций в генах , и рпсА клинических изолятов М. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 1. Степаншина В, Липин М. Ю., Иванов И. Ю., Шемякин И. Г., Ильина Е. А. Характеристика клинических изолятов М. Нижегородской области. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 4. Иванов И. Ю., Степаншина В, Липин М. Ю., Шемякин И. Г. Молекулярногенетическое типирование методом I клинических изолятов М. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 9. Шемякин И. Г., Гаврюшкин , Степаншина В, Майорова Разработка диагностической тестсистемы для определения устойчивости М. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 6. Степаншина В, Иванов И. Ю., Липин М. Ю., Шемякин И. Г. Сполиготипы клинических изолятов М. Центрального региона России. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 5. Липин М. Ю., Степаншина В, Шемякин И. Г., Коробова О. В. Лекарственная устойчивость клинических изолятов М. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. . Иванов И. Ю., Степаншина В, Липин М. Ю., Шемякин И. Г. Молекулярногенетическое типирование методом I клинических изолятов i i, выделенных от больных туберкулезом. Материалы VII Российского съезда фтизиатров Туберкулез сегодня. Москва, . С. 9. I, ii , i V, v . V. v i i i i. Шемякин И. Г., Степаншина В. Н., Иванов И. Ю., Липин М. Ю., Коробова О. В., Анисимова В. А. Характеристика клинических изолятов i i с использованием молекулярнобиологических методов. Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. С. . Майорова А. А., Степаншина В. И., Коробова О. В., Шемякин И. Г., Лазовская А. Л., Ильина Е. А. Видовая идентификация микобактерий нетуберкулезного комплекса методом амплификации и секвенирования генов рРНК. Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. С. . Иваноз И. Ю., Степаншина В. Н., Липин М. Ю., Коробова О. В., Шемякин И. Г. Сполиготипы клинических штаммов i i, выделенных от больных туберкулзом в Центральном Регионе России. Проблемы туберкулеза и болезней легких. С. . I, i V, Ivv I, ii , iiv V, , v . V., ii ii i ii i i i iv i i i. I i . Майорова , Степаншина В, Шемякин И. Г., Коробова О. В. Исследование коллекции микобактерий нетуберкулезного комплекса рестрикционным анализом амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности рибосомной ДНК. Проблемы туберкулеза и болезней легких. С. . Iv . Е., i V. А., i I.