Генотипическое разнообразие Francisella tularensis: VNTR- анализ

• Автор: Водопьянов, Алексей Сергеевич
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Ставрополь
• Количество страниц: 147 с. : 8 ил.

Содержание

ВВЕДЕНИЕ. Актуальность проблемы.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Генотипирование штаммов микроорганизмов составная часть эпидемиологического надзора за инфекционными заболеваниями

1.2. Методы, используемые при геиотипировании микроорганизмов

1.2.1. УИТЯ анализ ДНК возбудителей бактериальных инфекций.

1.3. Возможная роль тандемных повторов ДНК в биологии клетки

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Штаммы микроорганизмов.

2.2. Реактивы и питательные среды и лабораторные животные

2.3. Выделение ДНК, постановка ПЦР и учет результатов.
2.4. Компьютерное обеспечение и поиск тандемных повторов
2.5. Статистическая обработка результатов.
Глава 3. Поиск и изучение вариабельных тандемных повторов в геноме возбудители туляремии
3.1. Встречаемость локусов тандемных повторов в геноме РгапЫъеИа Шагетк
3.2. Изучение стабильности наследования УМТСлокусов на примере дефектных по ЛПС вариантов туляремийного микроба
3.3. Проблема двойных аллелей УЫТЯлокусов у РгапЫБеИа Ш1агепз.
Глава 4. Vанализ штаммов i i
4.1. Генотипирование штаммов, выделенных в Ростовской области
4.2. Анализ штаммов, изолированных на территории Южного Федерального округа
4.3. Ретроспективный анализ штаммов, выделенных во время зимней эпизоотии туляремии в СССР и других странах в годах .
4.4. Генотипическая гетерогенность и географическое разнообразие коллекционных штаммов i i по данным Vанализа их Д1
4.5. Географическая информационная система Туляремия.
Глава 5. Внутривидовая идентификация и количественное определение возбудителя туляремии
5.1. Конструирование праймеров для внутривидовой дифференциации представителей i i.
5.2. Количественное определение возбудителя туляремии с помощью ГИДР в реальном времени.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


По теме диссертации опубликована работа, из них 5 в журналах, включенных в перечень ведущих рецензируемых научных журналов, утвержденных ВАК Министерства образования и науки России и рекомендованных для публикации основных научных материалов диссертации па соискание искомой ученой степени, 2 свидетельства о государственной регистрации баз данных и подготовлен один методический документ. План диссертационной работы был рассмотрен и утвержден Ученым Советом РостНИГТЧИ года протокол 2. Исследование выполнено в рамках плановой научной темы Генотипическое разнообразие ii i 2, гос. Объем и структура работы. Диссертация изложена на 5 страницах машинописного текста, состоит из введения и пяти глав, включающих обзор литературы, результаты собственных исследований, заключения, выводов и приложения. Работа иллюстрирована таблицами и рисунками. Указатель литературы включает 9 источников, из них отечественных и 0 иностранных авторов. Глава 1. Одной из центральных проблем медицинской микробиологии, имеющей несомненное теоретическое и практическое значение, является разработка и использование новых методов диагностики и дифференциации возбудителей бактериальных инфекций, позволяющих оперативно расследовать вспышки заболеваний с целью установления источника инфекции, изучения мехннзмов и путей передачи, резервуаров и ареалов распространения возбудителей Шагинян И. Л., . Использование при эпидемиологическом анализе рутинных методов диагностики и типирования возбудителей, основанных на выявлении фенотипических признаков, часто неэффективно изза существования огромного количества штаммов, наделенных высокой степенью фенотипического и генотипического сходства, но характеризующихся различной эпидемиологической значимостью Шагинян И. А., Гинцбург А. Л., , , Шагинян И. А., Комиссарова I. ., Алешкин Г. И., Шагинян И. А., Першипа М. М. . Исследования в последнее десятилетие геномного полиморфизма способствовали решению ряда фундаментальных и прикладных проблем генегики человека, популяционной генетики, анализа родословной, идентификации личности и т. Эти события явились предпосылкой для использования молекулярногенетических подходов в микробиологии и эпидемиологии бактериальных инфекций. Именно благодаря внедрению новых методических приемов в последние годы отмечается прогресс в изучении вопросов экологии, идентификации возбудителей и эпидемиологии инфекционных заболеваний. Главными из них являются амплификация нуклеиновых кислот с помощью полимеразной цепной реакции ПЦР и разнообразные методы анализа полиморфизма ДНК возбудителя. Эпидемиологический надзор за туляремией, кроме анализа многолетней динамики заболеваемости в разных возрастных группах и разных контингентах населения, клинических проявлений, состояния иммунологической структуры населения, предполагает характеристику возбудителя, оценку инфицированности носителей, переносчиков инфекции и контаминированности абиотических компонентов природного очага. Обобщение и оценка полученных при этом данных необходима для принятия адекватных управленческих решений Беляков В. Д., Яфасв Р. Х., . В задачи эпидемиологического надзора за природными очагами туляремии входят слежение за динамикой численности носителей и переносчиков, своевременное выявление эпизоотий, анализ факторов, определяющих динамику эпизоотического процесса и выяснение основных его закономерностей, выяснение возможных механизмов сохранения возбудителя в межэпизоотический период и его распространение на конкретной территории. При изоляции этиологического агента важно изучение его биологических свойств. Вспышка инфекционной болезни может случиться в результате распространения на ограниченной территории этиологического агента из общего источника, происходящего из единичного клона. В этом случае все потомство инфекта будет либо идентично, либо тесно связано с исходным микроорганизмом iv . ., . И, наоборот, среди микроорганизмов, выделенных от различных объектов, в разное время и в разных географических регионах, существует достаточное разнообразие на видовом уровне, что позволяет дифференцировать их на подтипы или штаммы. Выявление большого количества штаммов одного клона или сходных с ним обычно может явиться ранним сигналом потенциальной вспышки инфекции . ., i Л. .