Генетическая гетерогенность Borrelia spp. Западной Сибири

• Автор: Фоменко, Наталия Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 147 с. : ил.

Введение б
1. Актуальные аспекты изучения иксодовых и аргасовых клещевых боррелиозов проблемы лабораторной диагностики обзор литературы

1.1 Боррелии

1.1.1 Таксономия

1.1.2 Морфология

1Л .3 Организация генома

1.1.4 Белки ОврА и Р0 боррелий комплекса В. Ьшсогеп б

1.2 Экологии и эпидемиология

1.2.1 Экология боррелий переносимых клещами

1.2.2 Эпидемиология

1.3 Молекулярные механизмы патогенеза

1.4 Патогенез
1.4.1 Иксодовыс клещевые боррелиозы
1.4.2 Аргасовые клещевые боррслиозы
1.5 Диагностика боррелиозов
1.5.1 Прямые методы
1.5.2 Серологические методы
2. Экспериментальная часть материалы и методы
2.1 Реактивы и материалы
2.1.1 Реактивы
2.1.2 Синтетические олигонуклеотиды
2.1.3 Буферы н основные растворы
2.1.4 Бактериальные штаммы и коныогаты
2.1.5 Образцы крови больных
2.1.6 Клещи I. репикмт и образцы крови мелких млекопитающих
2.1.7 Базы данных и программы
2.2 Методы
2.2.1 Изоляция боррелий от таежных клещей на среде ВБКИ
2.2.2 Изоляция боррелий на среде ВБКН из крови больных
2.2.3 Выделение нуклеиновых кислот из различных биологических источников
2.2.4 Амплификация фрагментов ДНК
2.2.5 Анализ полиморфизма длин фрагментов рестрикции ПЦР фрагментов
ПДФР
2.2.6 Подготовка ПЦРфрагментов для проведения определения нуклеотидных
последовательностей
2.2.7 Очистка продуктов реакции секвенировання ДНК
2.2.8 Определение нуклеотидных последовательностей
2.2.9 Филогенетический анализ
2.2. Денатурирующий электрофорез белков в БОБПААГ
2.2. Иммуноблот анализ
2.2. Выявление антител в реакции непрямой иммунофлуоресценции РНИФ
2.2. Статистический анализ
3. Результаты и обсуждение
3.1 Выявление боррелий комплекса В. i в образцах от клещей
I. у крови мелких млекопитающих и людей
3.1.1 Выявление ДНК боррелий комплекса В. i в крови больных, госпитализированных с признаками инфекционных заболеваний
и присасыванием клещей в анамнезе
3.1.2 Выявление ДНК боррелий комплекса В. i в крови мелких млекопитающих
3.1.3 Выявление ДНК боррелий комплекса В. i в образцах от клещей I.
3.1.4 Изоляция боррелий от клещей . методом культивирования в искусственной среде
3.2 Выявление ДНК В. ii в образцах из Новосибирской области
3.2.1 Выявление ДНК В. ii в образцах от клещей . и крови
мелких млекопитающих
3.2.2 Выявление ДНК В. ii в крови лихорадящих больных
3.2.3 Изоляция боррелий из крови лихорадящих больных
3.2.4 Анализ нуклеотидных последовательностей Я ii
3.3 Установление видовой принадлежности боррелий комплекса
В. i
3.3.1 В. i с типичной последовательностью межтенного спейсера
3.3.2 В. i с нетипичной последовательностью межгенного спейсера
3.4 Молекулярногенетический анализ генов, кодирующих
иммунодоминантные белки и Р0
3.4.1 Молекулярногенетический анализ гена
3.4.2 Молекулярногенетический анализ генар0
3.5 Сравнительный анализ генов р0 п
3.6 Выявление антител к белкам боррелий комплекса В. i в
крови людей, заболевших после присасывания клещей
3.6.1 Сравнение выявления ДНК боррелий комплекса В. i и
протпиоборрелиозных антител в крови больных с эритемной формой ИКБ
3.6.2 Сравнение выявления противоборрелиозных антител в крови больных с КЭ
и лихорадочными состояниями, развившимися после присасывания клещей
3.6.3 Иммуноблот анализ
Заключение
Выводы
Список литературы


Провести молекулярногенетический анализ генов, кодирующих иммунодоминлнтные белки Р0 и . Оценить возможность определения видовой принадлежности боррелий комплекса В. Изучить возможные корреляции определения видовой принадлежности западносибирских изолятов по последовательностям генов р0 и . Провести сравнительный анализ выявления ДНК и антител к белкам боррелий комплекса В. Публикации и апробация работы. Материалам диссертации опубликованы в статьях п тезисах докладов. Новосибирск, Актуальные вопросы современной медицины, Новосибирск, Фундаментальные науки медицине, Новосибирск, , , 0 Современная ситуация и перспективы борьбы с клещевыми инфекциями в XXI веке, Томск, IX Ii i i i I i i i. Йена, Германия, i ii ii i i ii i, Новосибирск, Актуальные вопросы региональной инфекционной патологии, Иркутск, Биотехнология в Казахстане Проблемы и перспективы инновационного развития, Алматы, Казахстан, . Структура популяции боррелий в природных очагах иксодовых клещевых боррелиозов Западной Сибири гетерогенна. Помимо широко распространенных видов высока вероятность выявления боррелий с нетипичной организацией генома как в переносчиках, так и в резервуариых хозяевах. В. iii подгруппы основной этиологический агент ИКБ в Западной Сибири. Таежные клещи в Западной Сибири участвуют в поддержании циркуляции В. В одном природном очаге возможна циркуляция не только боррелий комплекса i , но и В. Гены иммунодоминантных белков Р0 и В. Западной Сибири высоко гстсрогенны. Группы, выделенные на основании анализа нуклеотидных последовательностей генов р0 и , соотносятся между собой. Метод ПЦР, наряду с иммунологическими методами анализа, применим на ранней стадии диагностики ИКБ. Структура и обьсм работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы. Работа изложена на 7 страницах, содержит рисунков и таблиц. Боррелии 1. Боррелии, относятся к порядку i, семейству i, роду i. В настоящее время известно более видов боррелии, переносимых клещами и вызывающих заболевание у животных и человека табл. Заболевания, вызываемые боррелиями известны давно, так в г. Ливингстон, работая в Южной Африке, наблюдал и охарактеризовал лихорадочные заболевания человека, возникающие после присасывания клещей Г7. С г. Росса, Дуттона и Года, работавших в странах Африки, об обнаружении спирохет в крови лихорадящих больных. В настоящее время выделяют две большие самостоятельные группы боррелий
Первая это боррелии комплекса i i . I., являющиеся возбудителями иксодовых клещевых боррелиозов ИКБ, передаются животным и человеку через укусы клещей рода Ix. Свое название они получили в честь Вилли Бургдорфера, он в выделил спирохет от клеща Ix i Ix ii 4. В настоящее время выделяют видов боррелий, относящихся к комплексу В. I. табл. Патогенность для человека доказана для четырех видов, которые распределены в эндемичных регионах мира неравномерно. Северной Америке и Западной Европе i ii в России. Западной и Центральной Европе, Японии i iii в Европе, России и Северной Азии, Японии и i iii в Европе , 8,1,6, 3, 4, 6. На основании рестрикционного анализа эндонуклеазой рестрикции I межгенного спейсера 5 II, ранее предложенного Посгик с соавторами, для вида В. В. ii подгруппы V1 и 1,3. АКБ или клещевых возвратных лихорадок КВЛ. В настоящее время выделяют более видов боррслий, относящихся к группе КВЛ табл. Комплекс i i . Ix ii Ix Ix Птицы, мелкие млекопитающие Европа. Человек Эпидемический возвратный тиф Южная Америка, Европа, Африка. Млекопитающие Боррелиоз крупного рогатого скота п лошадей Мексика, Бразилия. Продолжение табл. Грызуны АКБ Ирак, восточная Европа. Боррелии группы I долгое время выявляли только в аргасовых клещах, считалось, что все известные виды этой группы переносятся в основном клещами рода i и один вид i i передается человеку вшами i , , 8. Однако в последнее время боррелии данной группы были выявлены и у иксодовых клещей. В г. Ix в Японии изолирован вид i ii генетически относимый к группе возвратных лихорадок 6.