Молекулярная эволюция и эпидемиология полиовирусов на примере двух популяций

• Автор: Гаврилин, Евгений Викторович
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 107 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список используемых сокращений.

Введение.
Цели работы

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Характеристика полиовируса и организация его генома

1.1.1. 5нетранслируемая область.1

1.1.2. Кодирующая часть генома. Протеолиз и репликация вируса.

1.1.3. Знетранслируемая область.

1.2. Молекулярная эволюция РНКвирусов

1.2.1. Основные понятия и механизмы молекулярной эволюции вирусов

1.2.2. Методы эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей.
1.2.2.1. Методы, основанные на матрице расстояний
1.2.2.2. Методы, основанные на первичных данных
1.2.2.3. Методы оценки статистической достоверности топологий получаемых дендрограмм.
1.3. Молекулярная эпидемиология полиомиелита
1.3.1. Методы молекулярной эпидемиологии
1.3.2. Географическое распределение полновирусов и особенности их циркуляции
1.3.2.1. Генотипы полиовирусов. Одновременная циркуляция разных генотипов
1.3.2.2. Занос импорт генотипов в другие географические регионы.
1.4. Вакцинноассоциированный полиомиелит.
1.5. Общая вариабельная иммунная недостаточность ОВИН.
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Описание диких штаммов полиовируса.
2.2. Описание штаммов, выделенных от больного иммунодефицитом.
2.3. Нуклеотидные последовательности. ОепеВапк коды.
2.4. Выделение и типирование вирусов
2.5. Выделение тотальной РНК
2.6. Праймеры.
2.7. Обратная транскрипция
2.8. Амплификация фрагментов вирусного генома методом ПЦР и подготовка ДНКматрицы к секвенированию
2.9. Электрофорез.
2 Секвенирование ДНК
21. Получение радиоактивномеченных олигодезоксинуклеотидов
22. Получение флюоресцентномеченных олигодезоксинуклеотидов.
23. Разделение олигодезоксинуклеотидов.
2 Компьютерный анализ полученных нуклеотидных последовательностей
21. Построение дендрограмм последовательностей.
22. Регрессионный анализ.
23. Анализ вторичной структуры РНК.
24. Анализ мутаций в синонимических и несинонимических сайтах
25. Статистический анализ редких кодонов.
Глава 3. Результаты.
3.1. Общая характеристика двух полиовирусных популяций
3.2. Характер фиксации мутаций
3.3. Ход эволюции в двух полиовирусных популяциях.
3.4. Неравномерность скоростей фиксации мутаций в эволюции разных участков вирусного генома
3.5. Неравномерность использования синонимичных кодонов.
3.6. РНКструктура и неравномерность темпов эволюции на разных участках вирусного генома
3.7. Неравномерность хода молекулярных часов
Глава 4. Обсуждение результатов.
4.1. Основные механизмы эволюции полиовирусной популяции.
4.2. Неравномерные скорости эволюции разных участков генома и разных вирусных геномов.
4.3. Нарушения хода молекулярных часов
4.4. Гипотетический сценарий вирусной эволюции в и.ммунодефицитном хозяине.
4.5. Модель эволюции полиовируса и эпидемиология
Список литературы


Так, отмечена большая вариабельность участка нуклеотидной последовательности, соответствующего антигенным сайтам полно вирусного белка V1 i . В то же время, в нуклеотидном выравнивании этого участка вирусов одного серотипа, отмечаются регионы, практически не затрагиваемые мутациями. Анализ динамики накопления мутаций необходим для понимания механизмов, отвечающих за изменчивость полиовируса i viv. Эволюционные исследования ДНКорганизмов, а позднее, и РНКвирусов показали, что большинство фиксирующихся мутаций не проявляются фенотипически, и, следовательно, являются нейтральными i . Предполагается, что накопление таких нейтральных мутаций происходит линейно со временем и что среди мутаций должны преобладать т. Еще в г. и i предложили т. В последние годы получена масса данных, свидетельствующих о нейтральном характере накопления замен, в том числе и в геномах пикорнавирусов . . . Однако, ряд исследований выявил факты, не укладывающиеся в рамки теории нейтральной эволюции. В частности, при анализе изменчивости одного из белков вируса ящура было выявлено преобладание несинонимичных замен над синонимичными i . Кроме того, было также отмечено нарушение принципа линейности в накоплении нуклеотидных замен. Следует отметить, что, несмотря на большое количество полиовирусных нуклеотидных последовательностей, депонированных в генетические банки, эволюционные исследования полиовирусов, как правило, сводились лишь к частным задачам практической эпидемиологии выявлению связей между вспышками, идентификации источника при заносе вируса и т. Кроме того, имеющиеся в банках последовательности, как правило, не позволяли сформировать репрезентативную выборку вирусов, генетически связанных между собой по типу предокпотомок. Помимо изучения закономерностей эволюции полиовирусов, формирование такого рода выборок протяженных последовательностей важно для повышения достоверности молекулярпоэпидемиологических исследований, т. Анализ вариабельности полиовирусов на разных протяженных участках вирусного генома необходим для уточнения критерия родственности, принятого в молекулярной эпидемиологии полиовирусов см. Всемирной Организации Здравоохранения ВОЗ по искоренению полиомиелита. Известно, что в кишечнике иммунокомпетентных лиц вакцинный полиовирус размножается в течение 12 месяцев, после чего его выделение заканчивается. В то же время, по имеющимся в литературе данным, в кишечнике лиц с дефектами иммунной системы репродукция вакцинного полиовируса может продолжаться в течение нескольких лет Кеш е Хотя доля таких людей в человеческой популяции невелика, нельзя исключить, что на базе иммунодефицитных лиц может сформироваться стойкий резервуар дериватов вакцинного полиовируса. После прекращения прививок и накопления прослойки неиммунных лиц возможно распространение этих вирусов в популяции человека. Выявление особенностей изменчивости полиовируса в организме со сниженным или отсутствующим иммунным ответом может позволить скорректировать стратегию ВОЗ по искоренению полиомиелитной инфекции. В настоящей работе охарактеризованы закономерности фиксации мутаций в двух полиовирусных популяциях, представленных дикими полиовирусами, изолированными в ходе вспышек полиомиелита, и вакциннородственными вирусами, выделенными от больного иммунодефицитом. Глава 1. Семейство ivii греч. РНК содержит РНКвирусы малых размеров, которые являются возбудителями большого числа заболеваний человека и животных, таких как полиомиелит, гепатит А, ящур, энцефаломиокардит и т. К этому же семейству относятся и рюювирусы человека основные возбудители простудных заболеваний. Ранее, классификация вирусов основывалась лишь на физических свойствах вирусных частиц плотность, чувствительность к разным значениям и т. В последнее время, как правило, она основывается на нуклеотидных последовательностях генома. ЬцрАухулУлаЬ. ЬЬзгс. Аптзсотауасркотазуагоиррзц.