Мониторинг структуры популяций вируса клещевого энцефалита в Уральском, Западносибирском и Северо-западном регионах России (вирусологические и молекулярно-биологические исследования)

• Автор: Колясникова, Надежда Михайловна
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: п/о Институт полиомиелита
• Количество страниц: 199 с. : 17 ил.

Введение

Часть 1. Обзор литературы

Глава 1. Генотипы и ссротинм вируса клещевого энцефалита и их географическое распространение

1.1. Современная генетическая классификация флавивирусов и ВКЭ.

1.2. Молекулярная структура и организация генома ВКЭ.

1.3. Серотипы ВКЭ и их дифференциация

1.4. Генотипы ВКЭ и методы их дифференциации.

1.5. Результаты молекулярноэпидемиологических исследований КЭ.

Глава 2. Изучение особенностей популяций вируса клещевого энцефали га в условиях антропогенной трансформации природных очагов.

2.1. Основные термины

2.2. Природные очаги КЭ и их антропогенная трансформация.

2.3. Популяции ВКЭ в условиях преобразования естественных ландшафтов.
Часть II. Собственные исследования
Глава 3. Материалы и методы исследования.
3.1. Штаммы ВКЭ
3.2. Клещи.
3.3. Тканевые культуры и их заражение
3.4. Титрование вируса.
3.5. Учет цитопатогенного действия.
3.6. Критерии оценки нейровируленгности штаммов ВКЭ на лабораторных животных
3.7. Использование молекулярнобиологических методов генотипирования ВКЭ
3.8. Оценка эпидемиологической ситуации в обследованных регионах
3.9. Статистическая обработка результатов исследований.
Глава 4. Мониторинг структуры популяций вируса клещевого энцефалита в Свердловской области.
4.1. Эпидемиологическая ситуация по КЭ
4.2. Ретроспективное генотипирование штаммов ВКЭ, изолированных в гг
4.3. Структура современных популяций ВКЭ, распространенных в различных ландшафтных зонах Свердловской области
4.4. Смена подтипов ВКЭ на Среднем Урале за летний период
Глава 5. Изучение структуры популяций вируса клещевого энцефалита в Курганской области на современном этапе
Глава 6. Мониторинг структу ры популяций вируса клещевого энцефалита в Кемеровской области
6.1. Эпидемиологическая ситуация по КЭ
6.2. Ретроспективное генотипирование штаммов ВКЭ, изолированных в гг
6.3. Генетическая характеристика современных популяций ВКЭ, циркулирующих в различных ландшафтных зонах.
6.4. Изменение структуры популяций ВКЭ в Кемеровской области за летний период.
Глава 7. Изучение структу ры популяций вируса клещевого энцефалита в Вологодской области
7.1. Эпидемиологическая ситуация по КЭ 7
7.2. Ретроспективное генотипирование штаммов ВКЭ, изолированных в гг
7.3. Изучение структуры популяций ВКЭ, циркулирующих в
Вологодской области на современном этапе
7.4. Изучение генетических особенностей вологодской популяции ВКЭ
Глава 8. Генотипирование ш гаммов вируса клещевого энцефалита, выделенных на западной границе ареала сибирского подтипа
Глава 9. Вирусологическая и генетическая характеристика
штаммов вируса клещевого энцефалита.
9.1. Оценка степени вирулентности современных штаммов ВКЭ, выделенных за пределами Дальнего Востока
9.2. Выявление микст штаммов ВКЭ, изолированных из клещей
I. рекикаНя.
Обсуждение
Список использованной литературы
Список условных сокращений
КЭ клещевой энцефалит
ВКЭ вирус клещевого энцефалита
ККЭ комплекс клещевого энцефалита
ВЗН вирус Западного Нила
ВЯЭ вирус японского энцефалита
СЛЭБ вирус СентЛуис энцефалита
РФ Российская Федерация
ФГУЗ Федеральное государственное учреждение здравоохранения ФГУН Федеральное государственное учреждение надзора ГУ Государственное учреждение
ИПВЭ Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.Г. Чумакова РАМН
ЦНИИЭ Центральный научноисследовательский институт эпидемиологии РАМ I Российская Академия медицинских наук ГЦР полимеразная цепная реакция
ПДРФ анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов
МГНК молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот
МАТ моноклональные антитела
ИФА иммуноферментный анализ
РДПА реакция диффузной преципитации в агаре
РГА реакция геммаглютинации
РТГА реакция торможения гемагглютинации
РСК реакция связывания комплемента
реакция нейтрализации
ЦПД цитопатогенное действие
ТЦД ная тканевая цитопатогенная доза
ЛД ная летальная доза
СПЭВ перевиваемая культура клеток почек эмбриона свиньи
ПСХ первичная культура клеток почек сирийских хомяков
РА растворимый антиген
ПААТ полиакриламидный гель
ЭФП электрофоретическая подвижность
ВПА высокая периферическая активность
НПА низкая периферическая активность
ИИ индекс инвазивности
ГЭБ гематоэнцефалический барьер
ЦНС центральная нервная система
СПЖ средняя продолжительность жизни
ОРС открытая рамка считывания
а.о. аминокислотный остаток
и.о. нуклеотидное основание
i i i
МДГ малатдегидрогеназа
отрицательный контроль
ОКО отрицательный контрольный образец
ВКО внутренний контрольный образец
СМУ средний многолетний уровень
ЛЭР ландшафтноэпидемиологический район
мол.масеа молекулярная масса
Введение


Романенко, Т. А. Пименова, по Кемеровской области В. М. Соколов, Е. С. Минаков, И. Д. Шейдерова, по Вологодской области М. В. Лесникова, по Курганской области С. М. Скрынник. Глубокую признательность выражаю ученому секретарю Государственного учреждения Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Часть I. Глава 1. Современная генетическая классификация флавивирусов и ВКЭ. Согласно современной классификации вирусов, семейство флавивирусов vivii разделяют на 3 рода флавивирусы vivi, пестивирусы ivi и гепацивирусы ivi, которые включают в себя около различных видов 3. Род флавивирусы самый многочисленный, в него входит более видов вирусов. Флавивирусы способны инфицировать широкий круг организмов, в том числе млекопитающих, насекомых, пгиц и рептилий 8. В большинстве случаев передача вирусной инфекции осуществляется вектором через укус переносчика комара или клеща, однако для некоторых флавивирусов вектор неизвестен. Это позволило условно разделить флавивирусы на несколько групп вызывающие клещевые и комариные инфекции, а также вирусы, для которых вектор неизвестен. Многие флавивирусы способны вызывать заболевания человека, например вирусы денге, желтой лихорадки, японского энцефалита ВЯЭ, Западного Нила ВЗН и ВКЭ. Для России наибольшую медицинскую значимость имеет ВКЭ 4. На основании серологических перекрестных реакций флавивирусы были разделены на серокомплексов 1. Определение нуклеотидной последовательности вируса желтой лихорадки позволило начать использовать генетическую информацию о нуклеотидной последовательности генома для таксономии флавивирусов и ВКЭ в частности 0. Было предложено считать, что уровень гомологии нуклеотидной последовательности флавивирусов в пределах от 0 до служит видовым признаком, а гомология до уровня позволяет объединять близкородственные флавивирусы в отдельные комплексы 5. Характерным примером изменения таксономического статуса на основе анализа нуклеотидной последовательности стало признание австралийского вируса Кунджин вариантом ВЗН 6. В настоящее время полная нуклеотидная последовательность геномов полипротеинов определена для различных флави вирусов. Филогенетический анализ этих последовательностей представлен на рис. Он свидетельствует о правомерности использования данных по нуклеотидной последовательности генома для классификации флавивирусов, демонстрирует значимость использовавшихся ранее таксономических признаков и показывает значительное генетическое разнообразие флавивирусов и необходимость дальнейшего совершенствования их генетической классификации. На раннем этапе исследований филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей коротких фрагментов гена белка Е ВКЭ позволил разделить штаммы ВКЭ на 3 основных генотипа дальневосточный, европейский западный и сибирский 0. Данные по структуре полного генома полипротеина штаммов ВКЭ и уровень гомологии с другими ВКЭ подтвердили разделение ВКЭ на 3 основных генотипа 5. На рис. ВКЭ. Как видно, полногеномные последовательности представителей 3 основных геногрупп ВКЭ, соответствующих дальневосточному, европейскому западному и сибирскому генотипам, достаточно четко кластеризуются в 3 группы. Это подтверждает полученные ранее результаты, основанные на анализе последовательностей коротких фрагментов гена белка Е ВКЭ 5. Более подробный анализ полных последовательностей геномов ВКЭ и особенно геномов вирусов испанского и турецкого энцефалитов овец позволил ряду авторов сделать новое таксономическое предложение по классификации клещевых флавивирусов в конце г. Ф пави вирус м. Фпввивирус ы. Фпавивирусы. Рис. I. Филогенетическое дерево рода флавивирусов. Использованы следующие последовательности флавивирусов. ЛГОЭ, 0 АУ6Э НС АУЯ6. ЛУ. ЛУ. НС АР4ЮЗ, ЛУ. ЛУ. ЛУГ9. ЗЕУЫНССО. ЛУХО . ООЙ ЛУТ0. АУ АУ. ЫС. Лб . Л. 0 . ЛУ. ИС , IX2. СХ НС 1ХК. X6X X0 4 НС . МС . ЛУ. IX Л2НС НС 1. X9 АУ НС. Ь 8 АЗГб5. Рис. Филогенетическое дерево рода флавивирусов, построенное на основе анализа полноразмерных последовательностей геномов или полипротеинов Локтев В. Б. и др.