Компьютерный поиск новых мишеней для действия противомикробных средств на основе сравнительного анализа геномов

Компьютерный поиск новых мишеней для действия противомикробных средств на основе сравнительного анализа геномов

Автор: Дубанов, Александр Вячеславович

Шифр специальности: 03.00.04

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2001

Место защиты: Москва

Количество страниц: 83 с.

Артикул: 343432

Автор: Дубанов, Александр Вячеславович

Стоимость: 250 руб.



В научной литературе широко обсуждаются эти возможности и основное внимание уделяется тем характеристикам и требованиям, которым должны удовлетворять новые противомикробные средства и их молекулярные мишени. Современная концепция поиска белковых мишеней состоит в проверке всех белков, кодируемых геномами целевых видов микроорганизмов, и отборе в качестве потенциальных мишеней тех из них, которые наиболее полно соответствуют предъявляемым требованиям. Под сравнительным анализом геномов понимают сравнение геномных последовательностей с целью выявления сходства иили различия между ними. Наиболее часто сравнению подвергаются пептидные последовательности, соответствующие открытым рамкам чтения геномов. Данная концепция впервые была частично реализована для поиска новых белковмишеней противогрибковых средств 3. В основу алгоритма был положен известный способ полуколичественного сопоставления вариантов выбора с начислением баллов по определенным правилам. В качестве исходных данных были использованы белковые последовательности, соответствующие открытым рамкам чтения геномов, а также дополнительные экспериментальные и расчетные данные. Разработка метода анализа биолог ические и технологические аспекты выбора мишени. Значения параметров 2 и 3 рассчитываются путем сравнения геномов с помощью парного выравнивания белковых последовательностей, соответствующих открытым рамкам чтения. Парное выравнивание позволяет получить численную оценку сходства последовательное гей. Эти параметры позволяют выбрать мишени, обеспечивающие необходимый антимикробный спектр действия новою средства при одновременном снижении вероятности воздействия на белки высших эукариот человека. Авторами были получены корректные оценки ряда известных мишеней и найдены новых потенциальных белковмишеней для противогрибковых средств. Описанный подход позволил сократить число рассматриваемых объектов с нескольких тысяч до десятков. Нам представляется не вполне целесообразным использование в качестве критерия отбора простой суммы всех параметров оценки, так как удельный вес каждого из них может значительно варьировать и трудно определить степень их важности. В то же время имеется возможность расширения набора параметров выбора, получаемых на основании сравнительного анализа геномов и выборок последовательностей. В данной работе основное внимание было уделено вопросам поиска новых мишеней для консгруирования антибактериальных средств. Тип объектов, подлежащих рассмотрению, был ограничен белками, кодируемыми геномами открытыми рамками чтения геномов. В качестве предпочтительных мишеней выбирались те белки, для которых может быть выполнено компьютерное конструирование потенциальных лигандов с использованием прямых методов на основе трехмерной структуры мишени. При разработке метода основное внимание было сосредоточено на оценках, получаемых путем сравнения последовательностей белков с помощью методов выравнивания. Отсутствие мутаций белка в других штаммах целевого вида возможность возникновения резистентности к противомикробному средству путем мутации белкамишени параметр может быть рассчитан путем сравнения геномов различных штаммов целевого вида и выявления белков, в которых не встречается замен аминокислотных остатков. Наличие гомологов белкамишени у микроорганизмовсимбионтов человека действие на белки микроорганизмовсимбионтов человека параметр может быть рассчитан путем сравнения генома целевого микроорганизма с геномами микроорганизмовсимбионтов человека. Доступность трехмерной структуры белка доступность трехмерной структуры белкамишени параметр может быть рассчитан путем сравнения белков целевого вида с белками, трехмерные структуры которых представлены в банке данных БД i 4, 5. Ограничение набора параметров выбора только теми, которые могут быть оценены с помощью методов выравнивания последовательностей, позволило работать с однородными данными, что значительно облегчило их обработку и интерпретацию результатов. В дальнейшем по мере развития метода возможно включение дополнительных, менее формализованных данных.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.195, запросов: 237