Гены 4,5SH РНК: структура, эволюция, транскрипция

• Автор: Коваль, Анастасия Павловна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 115 с. : ил.

Оглавление

Основные обозначения и сокращения

Введение.

1. Обзор литературы

1.1. Транскрипция генов с помощью РНКполимеразы III.

1.1.1. РНКполимеразы эукариот. Структура РНКполимеразы III.

1.1.2. Инициация транскрипции РНКполимеразы III

1.1.3. Элонгация, терминация и реинициация транскрипции.

1.1.4. Регуляция транскрипции генов класса III

1.2. Короткие диспергированные повторы I.

1.2.1. Структура I.

1.2.2. Транскрипция I
1.2.3.осттранскрипционная модификация.
1.2.4. 1, происшедшие из 7 РНК.
1.2.3. Гены малых РНК, произошедшие от I.
1.3.4,5 РНК и организация се генов
2. Материалы и методы.
2.1. Объект исследования
2.2. Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе.
2.2.1. Ферменты и наборы
2.2.2. Плазмидные векторы.
2.2.3. Другие реактивы
2.2.4. Материалы
2.2.5. Приборы
2.3. Получение фрагментов ДНК и определение их первичной структуры
2.3.1. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2.3.2. Выделение ДНК из геля
2.3.3. Полимеразная цепная реакция ПЦР
2.3.4. Выделение плазмидной ДНК.
2.3.5. Секвенирование Д1I
2.4. Блотгибридизация по Саузерну
2.4.1. Приготовление зонда
2.4.2. Приготовление образцов ДНК.
2.4.3. Гибридизация.
2.4.4. Клонирование фрагментов ДНК, содержащих последовательность гена 4,5 РНК, из геномов разных видов грызунов.
2.5. Транскрипция гена 4,5 РНК в системе i vi.
2.5.1. Получение конструкций для транскрипции.
2.5.2. Получение экстракта, содержащего РНКполимеразу III
2.5.3. Транскрипция i vi
2.5.4. Обработка продуктов транскрипции ферментом РНКаза Н
2.6. Транскрипция гена 4,5 РНК в культуре клеток .
2.6.1. Культура клеток
2.6.2. Транзиторная трансфекция клеток .
2.6.3. Получение образцов РНК.
2.6.4. Нозернблот анализ.
3.Результат ы
3.1.Консервативность тандемной организации генов 4,5 РНК
3.2. Анализ нуклеотидных последовательностей 4,5
3.3.Транскрипция гена 4,5 РНК мыши в системе i vi.
3.3.1. Значение 5фланкирующих последовательностей 4,5БНповтора для транскрипции гена 4.5 РНК
3.3.2. Влияние последовательности i на транскрипцию других генов.
3.3.3. Воздействие различных 5прилегающих последовательностей на транскрипцию гена 4,5 РНК
3.3.4. Изменение последовательности i и воздействие на эффективнеть транскрипции.
3.4. Транскрипция гена 4,5 РНК мыши в культуре клеток
4. Обсуждение результатов
4.1. Организация и эволюция генов 4,5 РНК.
4.2. Транскрипция генов 4,5 РНК.
Выводы.
Благодарности
Литература


В эукариотической клетке присутствуют три фермента ДНКзависимых РНКполимераз, в дальнейшем просто РНКполимераз, отвечающих за синтез молекул РНК на матрице ДНК. Это РНКполимсразы I, II и III. РНКполимсразы эго мультисубъединичные комплексы, в состав которых входит, как правило, не менее полипептидных цепей. Пять из них высовогомологичны для всех трех типов полимераз субъединицы ЛВС а, ЛВС 3, ЛВС ,5, ЛВС, ЛВС в номенклатуре для . Считается, что они необходимы для общей регуляции деятельности всех грех ферментов. Каждая из РНКполимераз содержит обычно две большие молекулярная масса более 0 кДа субъединицы, между которыми также наблюдается гомология. Различия ферментов по субъединичному составу, возможно, отражают их специализацию в транскрипции различных генов, происходившую в ходе эвошоции РНКполимеразы, а также необходимость в независимой регуляции каждой формы. Гены, транскрибируемые той или иной формой РНКполимеразы, относятся, соответственно, к классу I, II или III. Гены разных классов отличаются строением промотора, тгго определяет, какие основные факторы транскрипции и какая РНКполимераза будут участвовать в образовании преинициирующего комплекса. Большая часть общей транскрипционной активности в большинстве эукриогичсских клеток приходится на долю РНКполимеразы I, синтезирующей предшественник рибосомной РНК, который подвергается последовательному процессингу с образованием зрелых 5,8, , . Известны исключения РНКполимсраза I синтезирует мРНК двух белков некоторых трипаносоматид. Матричная РНК эндонуклеазы закодирована в интроне, находящемся в рДНК и, следовательно, также синтезируется РНКполимеразой I . . i . ., . Гены класса II кодируют все цитоплазматические мРНК и все , за исключением 6. Базальную транскрипцию генов класса II обеспечивает РНКполимераза II в комплексе с главными транскрипционными факторами II А, В, , В, , Н. Промоторы включают в себя так называемые лежащие выше точки начала транскрипции, то есть вне области собственно транскрипционной единицы и лежащие ниже точки старта, то есть фактически в транскрибируемой области регуляторные элементы. РНКнолимераза III синтезирует большое количество низкомолскулярных РНК, которые участвуют в синтезе белков тРНК, 5 рРНК, их внутриклеточном транспорте 7 РНК, в процессинге других РНК 6, в регуляции транскрипции 7 РНК, а также ряд РНК с неустановленными функциями, и РНК, кодируемые геномами аденовирусов VI и VII и вируса Эпштейна Барр I и II. С помощью РНКполимсразы III осуществляется транскрипция повторяющихся последовательностей, таких как приматов и ВI и I грызунов. РНКполимераза III мультисубъединичный ферментативный комплекс, осуществляющий синтез молекул РНК на матрице ДНК в клетках эукариот, молекулярная масса которого колеблется от 0 до 0 кДА. В его состав входит от 9 до субъединиц у млекопитающих их меньше, чем у грибов и растений с молекулярной массой от до 0 кДа, а суммарная молекулярная масса достигает 00 кДа . Из субъединиц комплекса уникальны для РНКполимсразы III, две субъединицы общие у РНКполимераз I и III АС и АС у дрожжей, а еще пять общие для всех трех форм эукариотических полимераз АВС АВС ,5 а и . Да, 8 8 кДа и кДа. Две самые крупные субъединицы всех мультисубъединичных ДНКзависимых РНКполимераз образуют структуру, по форме напоминающую клешню. Между этими субъединицами располагается каталитический карман, на дне которого находится активный центр фермента. В процессах катализа принимают участие ионы магния, а в поддержании конформации субъединиц ионы цинка. i vi . В ходе транскрипции основные функции выполняют субъединицы массой 8 и кДА связывание матрицы ДНК и и кДА соединение рибонуклеотидов. i iiVii, . В году была определена субъединичная структура полимеразы III человека и клонированы гены всех ее субъединиц , Ни , .