Дифференциальная экспрессия онкозначимых генов при светлоклеточном раке почки

• Автор: Кудрявцева, Анна Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 108 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ОБОЗНАЧЕНИЯ ГЕНОВ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Классификация рака почки

1.2. Наследственный и спорадический свстлоклеточный рак почки

1.3. Молекулярногенетические нарушения при карциномах почки

1.4. Роль хромосомы 3 в развитии светлоклеточного рака почки

1.5. Методы оценки экспрессии генов

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Материалы
2.1.1. Образцы тканей и клеточных линий
2.1.2. Образцы ДНК и кДНК из опухолевых и нормальных тканей почки и клеточных линий.
2.2. Методы исследований
2.2.1. Выделение РНК
2.2.2. Выделение ДНК
2.2.3. Реакция обратной транскрипции
2.2.4. Полимеразная цепная реакция в реальном времени
2.2.5. Анализ метилирования
2.2.6. Статистический анализ данных
2.2.7. Иммуногистохимический анализ
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Разработка методической базы для ГТЦР
3.1.1. Выбор контрольных генов для ПЦРРВ
3.1.2. Выбор образцов сравнения для ПЦРРВ
3.2. Количественная оценка содержания мРНК генов при СРП
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


К настоящему времени, благодаря использованию микросателлитных маркеров, и картированию гомозиготных делеций в первичных опухолях и клеточных линиях, идентифицировано более новых генов потенциальных супрессоров опухолевого роста, значительную часть которых представляют гены, локализованные в районе Зр i, . Белковые продукты генов из этой области выполняют в клетке разнообразные ключевые функции регуляция клеточного цикла и адгезии, инициация апоптоза, репарация ДНК и др. Для некоторых из них доказана принадлежность к супрессорам опухолевого роста например, 3, 2, 3, 1 изоформы А и С и др. Однако для большинства генов Зр роль в канцерогенезе до сих пор не ясна. Исследования в основном посвящены структурным и функциональным изменениям кодируемых ими белков в различных опухолях. На сегодняшний день практически отсутствуют данные об изменениях экспрессии на уровне транскрипции в опухолях большинства и кандидатов в супрессоры. Более того, для многих ТБв существует несколько изоформ мРНК, некоторые из которых кодируют белковые продукты, а некоторые, повидимому, принимают участие в регуляции экспрессии, механизмы которой в большинстве случаев до конца не изучены. Выбранные гены изучены в различной степени, для некоторых известны функции белковых продуктов, для УНЬ, ЯВВРЗ, АГРЯЬ2, 5ЕМАЗВ, НУАЫ и 1ГУАЕ2 рядом авторов показана способность подавлять опухолевый рост. Также изучали изменение экспрессии некторых генов на уровне мРНК иили белка, в основном, на клеточных линиях и, реже, в единичных опухолях различных карцином, с использованием качественных и полуколичественных методов. В случае генов 1РЯЬ2, НУЛИ и НУАЕ2 исследовали роль метилирования в подавлении их транскрипции. Оценка содержания мРНК в опухолях один из важных этапов в функциональных исследованиях ТБв. При помощи кДНКмикропаиелей возможно исследовать изменение экспрессии сотен и тысяч генов, однако данный метод не позволяет количественно оценить содержание мРНК интересующих генов, для этих целей используют метод ПЦР в реальном времени ПЦРРВ. Представленная работа посвящена количественной оценке содержания мРНК генов, расположенных на коротком плече хромосомы 3, которые могут проявлять себя как ТБС в эпителиальных опухолях УНЬ, ЯВЗРЗ, БЕМАЗВ, БЕМАЗЕ, НУАЫ, НУАЕ2, МРЯЬ2, генов кандидатов в ГБв 1ТСА9, У1Ы, СНЫ, гена ЯВ1, продукт которого является основной мишенью ЯВБРЗ, а также генов, кодирующих субъединицы ферритина РТЕ и ЕТН в основном гистологическом типе рака почки СРП, а также в культурах клеток почки, полученных от больных почечноклеточной карциномой. РНК для некоторых генов изучали метилирование области промотора, для некоторых генов оценили изменение количества копий в опухолевых клетках по сравнению с нормальными. Полученные данные сопоставили с клиническими характеристиками исследуемых опухолей провели сравнительный анализ изменения содержания мРНК генов в одних и тех же образцах СРП. В работе впервые методом ПЦРРВ выявлено частое снижение содержания мРНК гена Е1Е, кодирующего легкую цепь ферритина, в то время как изменения гена тяжелой цепи РТН не значительные. Показано отсутствие значимых изменений экспрессии двух изоформ классического супрессора при раке почки гена УНЬ, в то время как экспрессия белка существенно подавлена. Заметное и частое снижение наблюдали у генов ЯВБРЗ, НУАЫ, БЕМАЗВ, СНЫ, дерегуляцию экспрессии как случаи повышения, так и понижения у генов МРЯЬ2, НУАЬ2у 1ТСА9 и БЕМАЗЕ. Исследовали возможные причины, приводящие к изменению экспрессии некоторых генов в опухолях почки. Выявлено, что в подавлении экспрессии гена ЯВБРЗ могут принимать участие как делеции, так и метилирование, снижение содержания мРНК генов НУАЫ и НУАЬ2 вызвано метилированием Срвостровков промоторной области, а для известного генасупрессора УНЬ обнаружены редкие случаи делеций иили метилирования. Результаты для 4х генов со значительным снижением могут быть использованы для разработки панели специфических маркеров ранней диагностики СРП и новых подходов в генотерапии этого заболевания.