Идентификация возбудителей неонатальных инфекций и заболеваний, имеющих схожую с натуральной оспой клиническую картину, с помощью биологических микрочипов

• Автор: Мызникова, Анна Игоревна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 105 с. : ил.

Введение.

1. Литературный обзор

1.1.Натуральная оспа и возбудители, вызывающие схожую с натуральной оспой клиническую картину

1.2. Неонатальные инфекции

1.2.1 .Герпетическая неонатальная инфекция

1.2.2.Хламидийная, микоплазмепная и уреаплазменная неонатальные инфекции

1.2.3. Цитомегаловирусная неонатальная инфекция.

1.3. Современные методы идентификации инфекционных агентов

1.3.1.Современные методы идентификации вирусов рода xvi

1.3.2. Современные методы идентификации вирусов сем. Ivii .V1, V2, VV,

1.3.3.Современные методы идентификации С. i, М. ii, . i.

1.3.4. Метод ПЦР и альтернативные методы амплификации нуклеиновых кислот
1.4.Биологические микрочипы.
2. Материалы и методы.
2.1. Образцы, использованные в работе.
2.1.1. Образцы V1, IIV2 и VV
2.1.2. Образцы xvi
2.1.3. Клинические образцы V1, V2, СМ К V, М. ii, С. i, .
i.
2.2. Олигонуклеотиды и праймеры.
2.3. Подготовка образцов для гибридизации на микрочипе
2.3.1. V1, V2, xvi, VVГзрпокс
2.3.2. V1, V2, V, V Нео1.
2.4. Подготовка проб для проведения ПЦР на чипе.
2.4.1. V1, V 2, V, М ii, . i, . i 2.
2.5. Биологический микрочип.
2.6. Гибридизация
2.6.1. Гибридизационные биочипы Герпокс и Нео1.
2.7. ПЦР на чипе Нео
2.8. Регистрация результатов
3. Результаты и обсуждение.
3.1. Метод одновременной идентификации V1, V2, VV и вирусов рода xvi на основе гибридизации на биологическом микрочипе
Герпокс.
3.1.1. Генымишени Гзрпокс
3.1.2.Конструирование олигонуклеотидов и праймеров Герпокс
3.1.3.Описание работы гибридизационного биочипа для идентификации V1,1V2, VV и вирусов рода xvi Гзрпокс
3.1.4. Регистрация результатов Герпокс
3.1.5. Апробация Герпокс метода.
ЗЛ.б.Область возможного применения Герпокс метода.
3.2. Метод одновременной идентификации IIV1, V2, V и V на основе гибридизации на биологическом микрочипе Нео
3.2.1. Генымишени Нео
3.2.2.Конструирование олигонуклеотидов и праймеров Нео
3.2.3. Описание работы гибридизационного биочипа для идентификации V1, V2, V и IIV Нео
3.2.4. Регистрация результатов Нео
3.2.5. Апробация Нео1 метода.
3.2.6.0бласть возможного применения Нео1 метода.
3.3. Метод одновременной идентификация V1, V2, V, М. ii,
.i, i на основе ПЦР на биологическом микрочипе Нео2
3.3.1. Генымишени Нео2.
3.3.2.Конструирование праймеров Нео2.
3.3.3. Оптимизация мультиплексной ПЦР первой стадии Нео2 метода
3.3.4. Оптимизация второй стадии Нео2 метода
3.3.5. Описание работы биочипа для идентификации V1, V2, V,
М iiу . i, . i Нео
3.3.6. Регистрация результатов Нео2.
3.3.7. Апробация Нео2 метода
3.3.8. Область возможного применения Нео2 метода
Заключение.
Выводы.
Список литературы


Потенциальная возможность возникновения заболевания должна быть учтена по ряду причин а живые штаммы возбудителя до сих пор сохраняются в двух официально зарегистрированных коллекциях б на территории США был создан прецедент применения инфекционных агентов в качестве биологического оружия в возможность образования новых естественных резервуаров инфекции не отрицается. Схожую с натуральной оспой клиническую картину на ранних стадиях заболевания вызывают все патогенные для человека вирусы, принадлежащие роду xvi, а таюкс вирусы простого герпеса первого IIV1 и второго типа V2 и вирус ветряной оспы VV. Быстрый и надежный метод идентификации вирусов рода xvi, а также V1, V2 и VV позволит выявить инфекционного агента уже на ранней стадии развития заболевания, назначить адекватное лечение и предупредить распространение инфекции. В настоящее время актуальной проблемой в перинатологии и неонаталогии является экстренная диагностика внутриутробных инфекций, являющихся причиной ранней детской смертности, соматических и психоневрологических отклонений в развитии детского организма в постнеонаталыюм периоде. V, вирусы простого герпеса первого и второго типа, i i, i, ii. Развитие герпетической и цитомегаловирусной инфекции у новорожденных усиливается в присутствии вируса гепатита В V или в случае сочетания с различными другими возбудителями при микст инфекциях. Своевременное применение соответствующей этиотропной и иммунопатогенетической терапии позволяет существенно снизить риск неблагоприятных исходов. Быстрый и надежный метод идентификации вышеперечисленных возбудителей позволит своевременно выявить патогенный агент у новорожденного и провести направленную терапию. Биологический микрочип биочип одна из прогрессивных современных разработок, являющаяся надежным инструментом для проведения молекулярнобиологических исследований и клинической лабораторной диагностики. Применение биочипов позволяет анализировать нескольких генетических мишеней одновременно. Настоящее исследование посвящено разработке следующих методов идентификации возбудителей с помощью технологии биологических микрочипов а метода идентификации возбудителей, вызывающих схожую с натуральной оспой клиническую картину на основе гибридизации на биологическом микрочипе Герпокс, б метода одновременной идентификации V1, V2, V, V на основе гибридизации на биологическом микрочипе . Нео1, в метода одновременной идентификации на биологическом микрочипе IV1, V2, V, М. С. i на основе ГОДР на биологическом микрочипе Нео2. Натуральная оспа и возбудители, вызывающие схожую с натуральной оспой клиническую картину. Вирус натуральной оспы относится к сем. В состав рода xvi входят почти все оспенные вирусы, вызывающие заболевания у человека. Кроме вируса натуральной оспы, вирус оспы обезьян, вирус коровьей оспы и вирус осповакцины также способны вызывать серьезные заболевания у человека. Составляющие род xvi виды морфологически тождественны, близки ангигенно и иммунологически, и, в то же время, сильно отличаются друг от друга по спектру патогенности, контагиозности вызываемой инфекции. Течение заболевания, вызванного вирусом натуральной оспы, имеет следующую картину. Основным источником заражения является отделяемое от носоглотки. Заболевание развивается после инкубационного периода продолжительностью 8 дней и начинается внезапной лихорадкой, головной болью, болями в мышцах и появлением сыпи. Сначала сыпь появляется на слизистой ротовой полости, глотки и лице, далее распространяется к предплечьям и переходит на конечности. Сыпь проходит стадии макулы, папулы, везикулы, пустулы и завершается образованием рубца. Существует множество осложнений после болезни частичная или полная слепота, нарушение слуха, осложнения со стороны орунов дыхания, серьезные поражения органов желудочнокишечного тракта. У беременных женщин это заболевание часто ведет к выкидышам, или различного рода осложнениям у новорожденного ребенка. После перенесения болезни возникает прочный пожизненный иммунитет. Тяжесть течения заболевания варьирует. Известны две формы натуральная оспа vi с летальностью и аластриум vi i с летальностью . В результате успешного осуществления международной программы по ликвидации вируса натуральной оспы в г.