Доменная организация гена дистрофина человека

• Автор: Быстрицкий, Андрей Александрович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 111 с.

СОДЕРЖАНИЕ
Содержание

Использованные сокращения.

ВведениеВ

Обзор литературы.

Ген дистрофина.

Мышечная дистрофия Дюшенна картирование гена

Белок и его функции.

Структура гена. Изоформы

Мутации в гене дистрофина.

Доменная структура генома

Методы изучения доменной структуры генома.
Экстракция при высокой ионной силе
экстракция
Электроэлюция.
Гибридизация i i
Расщепление топоизомсразой II ядерного матрикса.
Связь между функциональной активностью генома и
прикреплением ДНК к ядерному матриксу.
Ассоциация транскрипции с ядерным матриксом.
Ассоциация участков начала репликации с ядерным
матриксом.
Ассоциация репарации с ядерным матриксом
Пространственная организация хроматина и
апоптоз.
Ассоциация рекомбинации с ядерным матриксом.
Участки прикрепления ДНК к ядерному матриксу являются горячими точками болезнетворных
мутаций
Разные типы районов прикрепления ДНК к ядерному
матриксу.
Функциональные особенности гена дистрофина
указания на возможную пространственную организацию
Пространственная организация гена дистрофина
практическое значение.
Материалы и методы
Методические подходы
Картирование 1раниц петельных доменов
Экспериментальные процедуры.
Культуры клеток
Приготовление клеток, заключенных в агарозные блоки, и обработка клеток ингибиторами
топоизомеразы II i viv.
Обработка клеток ингибиторами топоизомеразы II i
Обработка клеток ДНКазой 1.
Растепление заключенной в агарозные блоки ДНК
рестрикгазами
Электрофорез и гибридизация
Полимеразная цепная реакция и очистка
продуктов
Выделение мРНК и полимеразная цепная реакция с
обратной транскрипцией.
Результаты и обсуждение.
Ген дистрофина содержит несколько протяженных
зон ассоциации хроматина с ядерным матриксом
В периферийных районах петельных доменов не наблюдается участков предпочтительного
расщепления топоизомеразой II.
Участки прикрепления хроматина к ядерному
матриксу сверхчувствительны к экзогенной ДНКазе 1.
Дистрофии не экспрессируется в клетках .1.7.
Клетки .1.7 содержат одну Ххромосому.
Связь между участками прикрепления хроматина к ядерному матриксу и другими функциональными
элементами гена.
Список цитированной литературы


Использованные сокращения. Обзор литературы. Ген дистрофина. Белок и его функции. Структура гена. Мутации в гене дистрофина. Методы изучения доменной структуры генома. Электроэлюция. Расщепление топоизомсразой II ядерного матрикса. ДНК к ядерному матриксу. Ассоциация транскрипции с ядерным матриксом. Ассоциация рекомбинации с ядерным матриксом. Экспериментальные процедуры. II i viv. Обработка клеток ДНКазой 1. Результаты и обсуждение. II. ДНКазе 1. Дистрофии не экспрессируется в клетках . Клетки . Ххромосому. Список цитированной литературы. Т.П. В последнее время все больший интерес вызывает вопрос пространственной организации генетического материала высших эукариот в клеточном ядре. Длина молекул ДНК, образующих геном высших эукариот, многократно превосходит диаметр клеточного ядра. Очевидно, что ДНК в ядре должна быть тем или иным способом упакована. В то же время, она должна оставаться доступной для различных процессов, затрагивающих генетический материал. Принципиальные моменты выявлены уже достаточно давно. Основными уровнями конденсации являются нуклеосомы, им фибрилла и образованные прикреплением нм фибриллы к скелетным структурам ядра петельные домены размером 0 т. , . Подобные петельные домены наблюдаются не только в интерфазных ядрах, но и в митотических хромосомах , . Первые работы по изучению пространственной структуры хроматина были сделаны около тридцати лет назад. Однако более детальные сведения, особенно о высших уровнях компактизации, стали появляться только в последние годы. Эго связано, прежде всего, с развитием адекватных методических подходов конфокальная микроскопия, гибридизация i i и т. К сожалению, использовавшиеся до недавнего времени методики картирования петельных доменов и их раниц допускают, поводимому, значительное количество артефактов и не могут рассматриваться как отражающие действительную ситуацию в ядре i . Наиболее распространенные из них могут быть разделены на два класса. Одна группа методов основана на экстракции мДНК после удаления дистальных частей петель , . Другая большая группа методов опирается на выявление фракций ДНК, имеющих повышенную аффинность к скелетным структурам ядра i , а ivi . Некоторое время назад в нашей лаборатории был разработан принципиально новый метод картирования петельных доменов хроматина. Он основан на расщеплении ДНК эндогенной топоизомеразой И, входящей в состав ядерного матрикса. С использованием предложенного метода удается выявить учаегки прикрепления петель хроматина к матриксу и картировать их позиции в геноме. Это, в свою очередь, позволяет соотносить положение и других функциональных элементов генома. Весьма интересен с точки зрения пространственной организации ген дистрофика человека. Имея длину более т. i . Поскольку петельные домены хроматина, как правило, имеют протяженность 0 т.