Эволюционный анализ локусов генома приматов, содержащих гибридные эндогенные ретровирусные элементы семейств HERV-H/HERV-K.

• Автор: Лапук, Анна Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 98 с.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение

Роль ПОВТОРЯЮЩЕЙС Я ГЕНОМНОЙ ДНК В ЭВОЛЮЦИИ ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ

Введение

Мобильные элементы генома паразиты или симбионты.

Эндогенные ретровирусы и эволюция генома приматов.

Экспериментальная часть.

Материалы.

Оборудование и расхоаыые материалы

Среды и растворы

Методы.I
Выделение ДИК рекомбинантных космид..
Рестрикция кослшдной ДНК
Электрофорез в агарозном геле.
Гибридизация по Саузерну
Очистка олигонуклеотндных прахшеров
Полимеразная цепная реакция.
Селективная РСЯамп шфикация с использованием эхнхекхна РСЛсупрессии
Выделение фрагментов ДНК из легкоплавкой агарозы
Определение первичной структуры ДИК.
Выделение геномной ДИК1,
РЕЗУЛЬТАТЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
Идентификация НК гибрида в локусе р генома человека.
Полногеномный поиск гибридных ретровирусных элементов НЕКУКНЕЯУН семейств
Характеристика и анализ последовательностей гибридных ретровирусных элементов.
Филогенетический анализ локусов, содержащих гибридные ретровирусные элементы
Взаимная локализация гибридных ретровирусных элементов и известных или каидидатных генов.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Эндогенные ретровирусы ЕЯУ входят в состав геномов большинству позвоночных и представляют собой стабильно наследуемые элементы, сходные пу структуре с экзогенными ретровирусами. Предполагают, что они возникли в результате заражения экзогенными ретровирусами клеток зародышевого пути предков приматов. В геноме человека на сегодняшний момент обнаружено более различных семейств эндогенных ретровирусных последовательностей, ВТК, и в общей сложности занимающих около 1 генома. НЕКУ. Таким образом, появление в локусе новых НЕКУ элементов и их закрепление в эволюции может иметь последствия для локусов и генома в целом. Кроме этого, НЕКУ представляют собой уникальные филогенетические маркеры, с помощью которых представляется возможным отслеживать эволюцию локусов, в которые они интегрировали. Поэтому их изучение является актуальной проблемой эволюционной генетики и функциональной геномики. В данной работе в качестве объекта были выбраны гибридные структуры, образованные провирусами двух семейств НЕИУК и НЕЯУН. Эти семейства являются одними из наиболее мультикопийных и существуют данные, указывающие на то. НЕЯУ элементов. Целью данной работы был полногеномный поиск гибридных ретровирусных элементов семейств НЕЯУК и НЕУН в геноме человека и структурный и эволюционный анализ их последовательностей и локусов, в которые они интегрировали. РОЛЬ ПОВТОРЯЮЩЕЙСЯ ГЕНОМНОЙ ДНК в ЭВОЛЮЦИИ ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ. Практически все геномы известных организмов содержат в своем составе транспозирующиеся элементы. Их содержание колеблется от нескольких процентов, например в геноме . ДНК, а некоторых растений до . Повторяющаяся ДНК это основной компонент генома млекопитающих. У человека около генома занимают повторяющиеся последовательности 1. Мобильные повторяющиеся элементы, или транспозоны ТЕ от , представлены ретроэлементами и ДНЮ транспозонами. Большая часть диспергированных повторов позвоночных представлена ретроэлементами, и поэтому им будет уделено основное внимание в этой части обзора. Из ретроэлементов выделяют ретротранспозоны и ретропозоны, содержащие и не содержащие , длинные концевые повторы. Ретротранспозоны, в отличие от ретропозонов, содержат в своем составе последовательности, кодирующие обратную транскриптазу. Мобильные элементы генома паразиты или симбионты Прежде всего, возникает вопрос о происхождении мобильных элементов в геноме. Существует широко признанная пнтотеза, что ТЕ имеют паразитическую природу 2. Действительно, структура их компактна, активные ТЕ кодируют свои ферменты системы репликации и транспозиции и способны мигрировать от вида i виду, увеличивая число своих копий, а также сохраняться в составе геномов хозяев в течение длительных периодов эволюции. Жизненный цикл филогенетической группы мобильных элементов включает в себя активную репликацию й распространение, инактивацию копий за счет мутаций и ошибок при транспозиции и, наконец, утрату кодирующей способности и деградацию. Тогда горизонтальный перенос все еще активных ТЕ может обеспечить новую возможность осуществить новый цикл распространения по геному другого вида. Все ли мобильные элементы могут дать начало новым копиям По известной гипотезе, распространение копий ретроэлементов происходит в результате обратной транскрипции РНК одного или нескольких предшественников, мастергенов, с последующей инсерцией синтезированных фрагментов ДНК в геном и их закреплением 3. Обратная транскриптаза может кодироваться как самим мобильным элементом, так и поставляться i другими элементами см. Это приводит к формированию целых семейств повторов. Любые исследования диспергированных повторов начинаются с идентификации их копий в геноме, выведения консенсусной последовательности с выделением подсемейств и подгрупп и установления филогенетических взаимосвязей между ними. На основании таких исследований, наряду с встречаемостью членов семейств ТЕ у различных организмов можно сделать выводы о времени и пути появления этих элементов в геноме.