Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и других инфекционных агентов у иксодовых клещей в городских и пригородных биотопах г. Томска. Секвенирование и молекулярно-биологический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004

• Автор: Чаусов, Евгений Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 143 с. : ил.

Уровень гомологии 5НТО геномной III ВКЭ составляет для дальневосточного и для сибирского генотипов. Среди исследованных вариантов ВКЭ мутации были выявлены в следующих участках структуры 5НТО А2 у вариантов ,5, С1 у , С2 у ,3, В у 9 , А1 у 5 ,9, А у 3 8, В1 у 1 2,8. Штамм Глубинное относится к дальневосточному генотипу ВКЭ, формируя в нем отдельную ветвь, и по сравнению со штаммами 5 и Софьин несет соответственно и аминокислотных замен. Софьин, соответственно, 5 по замен и по 5 замен на последовательность в а. Изменены сайты процессинга вирусного полипротеина , , , 1, . В участке Усгруктуры 5НТО обнаружены замены ТзоС и ТС. Создание коллекции образцов ДИК и РНК, выделенных из иксодовых клещей, собранных в городских и пригородных биотопах г. Томска. Расчет и тестирование олнгонуклеотидных праймеров для генодиагностики и генотипирования РНК ВКЭ и ДНК бактерий и простейших, переносимых иксодовыми клещами. Выявление РНК ВКЭ и ДНК бактерий и простейших в образцах иксодовых клещей и определение нуклеотидных последовательностей выявленных вариантов. Филогенетический анализ фрагментов геномов вариантов ВКЭ, бактерий и простейших, выявленных в городских и пригородных биотопах г. Томска. Определение полной нуклеотидной последовательности и молекулярногенетический анализ генома штамма ВКЭ Глубин нос. По материалам диссертации опубликовано 2 статьи в журналах, рекомендованных для опубликования основных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Российскобританский семинар молодых ученых i i ii i. Россия, г. Новосибирск, . Юбилейная конференция, посвященная летию открытия клещевого энцефалита. Россия, г. Владивосток, . XIV Ii Vi, Турция, г. Стамбул, . Глубинное и фрагментов геномов ВКЭ, i . I, , 9I , . Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов и списка использованной литературы. Работа изложена на 3 страницах, содержит рисунков и таблиц. Список использованной литературы включает 1 источник, в том числе 8 опубликованных в иностранных журналах. Автор выражает благодарность своим коллегам, в тесном сотрудничестве с которыми была выполнена диссертационная работа, а именно д. С.В. В.Б. Локтеву, к. С.И. Коноваловой, Ю. В. Кононовой, Н. Л. Першикопой, д. Г.Н. Леоновой. Автор благодарен к. Е.В. Протопоповой за помощь в части культивирования ВКЭ. Автор благодарен сотрудникам кафедры зоологии позвоночных и экологии Томского государственного университета Н. С. Москвитиной, С. Н. Романенко, Н. В. Ивановой, П. П. Большаковой, II. В. Курановой, И. И. Гашкову, О. Ю. Тютенькову за предоставленные образцы клещей. Согласно современной классификации вирусов, семейство флавивирусов vivii разделяют на 3 рода флавивирусы vivi, пестивирусы ivi и гспацивирусы ivi i . Род vivi, к которому относится вирус клетевого энцефалита ВКЭ, является в настоящее время самым многочисленным и включает более видов вирусов. Флавивирусы условно разделены на 3 группы клещевые инфекции, комариные инфекции и инфекции, для которых вектор неизвестен. Из числа клещевых инфекций наибольшую значимость для России имеет ВКЭ vvii, а. На основании перекрестных реакций нейтрализации род vivi разделен на ссрокомплсксов i . При использовании степени гомологии нуклеотидных последовательностей для установления таксономии флавивирусов приняты следующие критерии уровень гомологии в пределах от 0 до служит объединяющим видовым признаком, а гомология до позволяет объединять близкородственные вирусы в комплексы . Группа инфекций, переносимых клещами, была подразделена на 3 подгруппы вирусы млекопитающих, морских птиц и клещевые флавивирусы Кадам . Такое многообразие различных способов классификации неудобно и явно показывает необходимость ее совершенствования Локтев и др. ВКЭ возбудитель клещевого энцефалита человека, относится к роду vivi семейства vivii, входя в одноименный серокомплекс. На эндемичных по ВКЭ территориях проживает примерно 0 млн. Китай. Заболевание, вызываемое ВКЭ, фиксируется в более чем странах Европы и Азии , .