Теоретический анализ связи структуры и функции глутатиона

• Автор: Сандалова, Татьяна Павловна
• Шифр специальности: 03.00.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1985
• Место защиты: Красноярск
• Количество страниц: 159 c. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА I.

1. Метод атоматомных потенциальных функций в конформационном анализе биологических

молекул .

2. Комплекс вычислительных программ

3. Обоснование выбора 6Н в качестве объекта исследования

ГЛАВА П. КОНФОРМАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ ГЛУТАТИОНА И ЕГО

АНАЛОГОВ

1. Конформационные особенности соединений, содержащих глу тамил . .

2. Определение рельефа активного центра глутатионзависимых ферментов и рецепторов

3. Зависимость структуры глутатиона от окружения ГЛАВА Ш. КОНФОРМАЦИИ ГЛУТАТИОНА В ПРОСТЫХ
ДИСУЛЬФИДАХ.
1. Способы, которыми клетка избавляется от излишков окисленного глутатиона
2. Конформационный анализ дисульфида глутатиона .
3. Конформационный анализ смешанного дисульфида кофермента Л и глутатиона .
4. Субстратная специфичность глутатионредуктазы
и белков, транспортирующих
ГЛАВА 1У. ПЕПТИД В ПОЛЕ БЕЛКА. КОНФОРМАЦИОННЫЙ
АНАЛИЗ СМЕШАННОГО ДИСУЛЬФИДА ГЕМОГЛОБИНА И ГЛУТАТИОНА.
1. Основные свойства гемоглобинов с модифицированными
группами
2. Конформационный анализ фрагмента смешанного дисульфида с глутатионом . .
3. Объяснение биохимических свойств гемоглобина, модифицированного глутатионом.
4. Окисление гемоглобина с модифицированными
группами
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ОСНОВНОЙ ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Это согласие говорит о слабой зависимости пространственной структуры молекул от вида потенциала, которая определяется в основном равновесным расстоянием г0 и глубиной потенциальной ямы. В литературе можно найти много различных параметризаций атоматомных потенциалов, получаемыз подгонкой теоретических значений под как можно большее число экспериментальных данных. В зависимости от того, какие свойства используются для подгонки, а также от того, какая применяется процедура подгонки, получают разные наборы параметров. Для конформационного анализа молекул пептидной природы в последнее время часто используют потенциалы Шераги . Чаще всего используют кулоновскую энергию взаимодействия точечных зарядов на атомах, получаемых в какихлибо квантовохимических расчетах, т. Обычно считают а Предполагается, что общую энергию напряжения молекулы можно представить в виде суммы энергии напряжений всех пар атомов, не связанных химической связью. На самом же деле, общая энергия системы аддитивна только тогда, когда взаимодействие пары атомов не возмущается присутствием соседей. Таким образом, в аддитивной схеме расчета не учитывается специфическое влияние окружения на атом. Заметим, что обменное взаимодействие, ответственное за образование молекулы, существенно неаддитивно. Проявление эффектов неаддитивности и описание методов расчета многочастичных взаимодействий подробно рассмотрено в книге Каплана . К счастью, с ростом числа атомов в молекуле вклад неаддитивннх сил в полную энергию довольно мал, что связано с усреднением в сложных системах атоматомных взаимодействий по химическому окружению и ориентациям. Тем не менее некоторые системы параметров учитывают эту неаддитивность, различая атомы, находящиеся в разном окружении например, атом углерода в ненасыщенных углеводородах, атом углерода в насыщенных соединениях, атом углерода в циклических соединениях и т. Предполагается, что взаимодействие между парами атомов зависит только от расстояния между центрами атомов, т. Такое приближение будет вполне корректным только для сферически симметричных атомов. Однако химически связанные атомы не являются сферически симметричными. Поэтому все параметры, используемые в методе атоматомных потенциалов дают заниженное значение барьеров вращения вокруг связей. Чтобы получить верное значение этих барьеров надо сделать взаимодействие между атомами нецентральным, считая, например, что атомы имеют форму эллипсоида вращения. М число связей, вокруг которых возможно вращение, V число атомов в молекуле. Минимизируя полную энергию взаимодействия атомов, можно найти оптимальную конформацию молекулы. Этот общий алгоритм реализован в разных программах, различающихся между собой приближениями, методами расчета той или иной величины, параметризацией и т. За последние лет с помощью метода атоматомных потенциальных функций была определена пространственная структура большого числа веществ, поэтому ограничимся рассмотрением того, как использовался этот метод для установления структурнофункциональных соотношений в молекулах пептидной природы. В году были получены конформационные карты монопептидов 2 . Оказалось, что все аминокислотные остатки естественным образом разделились на 4 группы. В первую входит глицин, не имеющий боковой цепи. Разрешенная область по углам у Для углов р и аланина выделяются 3 области допустимых значений, обозначаемых , Я и Третью группу образует пролин самый непохожий на все другие остатки. Обычно угол у пролина фиксирован около , а по углу есть две разрешенные области и . И наконец четвертая группа, которую образуют все остальные остатки. Конформационные карты по углам у Допустимыми остались только области i. После того, как был проведен конформационный анализ монопептидов, пошло постепенное наращивание размеров рассчитываемых молекул. Было показано, что в пептидах углы у К настоящему времени рассчитана пространственная структура многих пептидных гормонов , , токсинов , , циклических ионофоров , , энкефалинов и т.