Разработка информационных технологий для серотипирования ВИЧ-1 на основе эпитоп-имитирующих пептидов

• Автор: Юдин, Алексей Николаевич
• Шифр специальности: 03.00.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 240 с.

СОДЕРЖАНИЕ

Список использованных сокращений и условных обозначений

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ .

ЧАСТЬ И. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

ЧАСТЬ III. СОБСТВЕННЫЕ

ИССЛЕДОВАНИЯ .

Ш.1. Разработка и реализация БД по комплексному мониторированию ВИЧинфекции.

.2. Изучение статистических свойств ИР ВИЧ1позитивных позитивных сывороток по отношению к УЗимитрующим пептидам

Ш.З. Комбинированная схема классификации СПИР.

.4. Изучение постоянства спектров иммунореактивности ВИЧ1позитивных сывороток к УЗимитирующим пептидам в процессе развития инфекции.
.5. Динамика уровня иммунореактивности ВИЧпозитивных сывороток к УЗимитирующим пептидам в процессе развития инфекции.
ВЫВОДЫ
СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИОННОЙ РАБОТЫ .
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
АГ антиген англ. английский
АПК антигенпрезентирующие клетки
АТ антитело
ББ блокирующий буферный раствор
БД база данных
ВИЧ вирус иммунодефици та человека
ВИЧ1 вирус иммунодефицита человека первого типа
ВИЧ2 вирус иммунодефицита человека второго типа
ВОЗ Всемирная Организация Здравоохранения
ВС выходной сигнал
ГИТД Государствеипый Научный 1ентр
ГУ Государственное учреждение
ГУ НИИВ РАМН Г осу дарственное учреждение НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
ИК иммунный комплекс им. имени
ИР иммунореактивность
ИФА иммуноферментный анализ
КББ карбонатбикарбонатный буферный раствор
ЛВС локальная вычислительная сеть
МАТ моноклональные антитела
МГУ Московский Государственный Университет им. М.В. Ломоносова М3 Министерство Здравоохранения млн. миллион
мпи месяцев после инфицирования
МПК мононуклеарные клетки периферической крови
МФТИ Московский ордена Трудового Красного Знамени Физикотехнический Институт государственный университет
НИИ научноисследовательский институт
ОТ обратная транскриптаза
ОФД ортофенилендиамин
ЦР полимеразная цепная реакция
РАМН Российская Академия Медицинских Наук
РАН Российская Академия Наук
РБ Республика Беларусь Беларусь
Рис. рисунок
РНК рибонуклеиновая кислота
РФ Российская Федерация Россия
ОП оптическая пло тность
СПИД синдром приобретенного иммунодефицита
СПИР спектр иммунореактивности
Табл. таблица
Т.д. так далее
Т.е. то есть
Тыс. тысяча
удмин ударов в минуту
ФСБ фосфатносолевой буферный раствор
ФСБТ фосфатносолевой буферный раствор с Твин
ЭМ электронная микроскопия
Центр по контролю заболеваемости от англ. i
алгоритм алгоритм полного связывания от англ. i i, один из алгоритмов восходящей иерархической классификации см. подробности в работе v , X гликопротеин с молекулярной массой X кД от англ. i V вирус Тклеточного лейкозалимфомы человека от англ. i vi
I индекс специфичности от англ. Ix iii тысяч пар нуклеотидных оснований от англ. i
V вирус, ассоциированный с лимфоаденопатией от англ. i vi
длинные концевые повторы от англ. i
МНС главный комплекс гистосовместимости от англ. i iiii x
I несинцитиеобразующий от англ. ii протеин с молекулярной массой кД от англ. i
I синцитиеобразующий от англ. ii
IV вирус иммунодефицита обезьян от англ. ii Iii Vi
Тклеточный рецептор от англ. Т
I Объединенная Программа Организации Объединенных Наций но ВИЧинфекции и СПИДу от англ. i i i IVI
необязательное отношение сущности А к сущности В, имеющее мощность К
обязательное отношение сущности А к сущности В, имеющее мощность К
множественная априори неограниченная мощность начало доказательства
конец доказательства начало примера
конец примера.
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


III, вирус Тклеточного лейкозалимфомы человека Iго типа , . V и VIII привели к выводу, что они являются отдельными штаммами одного и того же вируса, и в июне г. Международном вирусологическом Конгрессе в Париже было решено обозначить возбудитель СПИДа современным названием ВИЧ , . В г. Западной Африки нового ретровируса, ассоциированного со СПИДоподобной симптоматикой на основании клинических данных больным был поставлен диагноз СПИДа, однако тестирование сывороток на антитела к ВИЧ1 дало отрицательный результат. Авторами было показано, что новый вирус морфологически по данным электронной микроскопии ЭМ и серологически родственен ВИЧ1. Этот новый вирус получил название ВИЧ2. Молекулярная биология ВИЧ. ВИЧ относится к семейству vivi, подсемейству ivii i , vi , . Кроме него к подсемейству лентивирусов относятся вирус инфекционной анемии лошадей, вирус медивисна овец, вирус артрита энцефалита коз и овец, вирус иммунодефицита крупного рогатого скота, вирус иммунодефицита кошек и вирус иммунодефицита обезьян. Это вирусы, наследственная информация которых может быть записана либо в форме провирусной ДНК, интегрированной хромосому клетки хозяина, либо в форме II в вирусных частицах. Такое возможно благодаря существованию в жизненном цикле этих вирусов этапа обратной транскрипции, за который отвечает вирусный фермент обратная транскриптаза ОТ. Геном ретровирусов состоит из двух одинаковых молекул РНК позитивной полярности РНК1. ДНК на матрице вирусной РНК т. Затем исходная РНК матрица расщепляется и строится вторая цепь ДНК с использованием первой, ранее синтезированной, уже в качестве матрицы. Двунитевая ДНК встраивается в хромосому клетки хозяина. Ретровирус в этом состоянии называют провирусом который может долгие годы ничем себя не проявлять, но рано или поздно он активируется, обеспечивая каскад прямых синтезов новых вирусных частиц по схеме РНКДНКбелок. Заболевания, вызванные лентивирусами, чаще всего связаны с поражением иммунной и нервной системы и развитием других патологических процессов и развиваются по типу медленных инфекций с длительным инкубационным периодом между заражением и клинической манифестацией i А. Р., Хаитов , vi I, . По данным ЭМ, вирионы ВИЧ имеют размер нм рис. Наружная мембрана вируса позаимствована им у клеткихозяина и содержит поверхностные v вирусные белки трансмембранный и нековалентно связанный с ним 0. Комплекс способен к диссоциации, и попадает в кровь этот процесс называется шеддингом от англ. СГГИДа. Внутренняя часть липидного бислоя импрегнирована молекулами белка р , который меристелирован, и заякоривается гидрофобным остатком меристиловой кислоты в слое липидов. Возможно, р выходит на внешнюю сторону мембраны, т. Р.Н. Рисунок. Структура вириона ВИЧ1. Нуклеоид ВИЧ имеет форму усеченного конуса и состоит из структурного белка р. Внутри нуклеоида содержится геном вируса состоящий, как уже отмечалось выше, из диплоидного набора одноцепочечных РНК, с которыми связан небольшой белок р7. Кроме того, в нуклеоиде содержится двухсубъединичная ОТ. В зрелых вирионах в иуклеоиде содержится регуляторный белок V продукт гена v i , vi I, . Вирионы ВИЧ2 содержат белокпродукт гена vx, составляющий, повидимому, так называемые латеральные тельца внутри вириона i . А., . Структура генома ВИЧ. Геном ВИЧ существует в трех видах в виде геномной РНК и в виде ДНК, синтезированной на геномной РНК, как на матрице, и интегрированной в какуюлибо хромосому клеткихозяина, и в виде неинтегрированного нровируса что характерно для представителей подсемейства ivii. Геномная РНК имеет размер 9. ДНК. Структура генома ВИЧ рис. Ее наиболее характерной особенностью является наличие характерных фланкирующих последовательностей так называемых длинных концевых повторов, или от англ. ДНК провируса. Шы не кодируют какихлибо белковых продуктов, но чрезвычайно важны для регуляции экспрессии вирусных генов Уаппив Н. Рисунок 2. Структура генома ВИЧ. Рисунок 3. Сайты связывания для РНК и ДНКсвязывающих белков в составе ВИЧ1 по данным . I, i vi iv i iv i ii i.