Характеристика белковых факторов, связывающихся с регуляторными участками эндогенных ретровирусов человека семейства К

• Автор: Трубецкой, Дмитрий Олегович
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 89 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список используемых сокращений Ключевые слова

1. Обзор литературы

1.1.Введение

1.2.Ретроэлементы

1.3.Структура эндогенных ретровирусов.

1.4.Типы эндогенных ретровирусов

1.5.Семейства эндогенных ретровирусов

1 .б.Эндогснные ретровирусы семейства НЕЯУН 1.7.Эндогенные ретровирусы семейства НЕЮКСЦЦ
1.8.Продукты трансляции эндогенных ретровирусных последовательностей и их роль в функционировании организма человека

1.9.Роль эндогенных ретровирусов и их ЬТК в регуляции транскрипции клеточных генов

1 Белковые факторырегуляторы транскрипции, способные связываться с ЬТЯ
1 Свиные эндогенные ретровирусы, РЕЯУб
1 Белки теплового шока НБР, БТШ
1 Заключение
2. Материалы и методы
2.1.Материалы
2.2.Буферные растворы
2.3.Клеточные культуры
2.4.Получение клеток асцитной карциномы мышей КгеЬяН
2.5.Получение ядерных экстрактов
2.6.Радиоактивное мечение ДНК
2.6.1. Мечение в ходе ПЦР
2.6.2. Концевое мечение олигонуклеотидов
2.6.3. Очистка фрагментов, меченых в ходе ПЦР
2.7.Анализ сдвига электрофоретической подвижности ДНКбслковых комплексов в геле ЕМБА
2.8.Двумерныи электрофорез с ультрафиолетовой сшивкой
2.9.Приготовление ДНКаффинного носителя
2.9.1. Подготовка олигонуклеотидов
2.9.2. Лигирование
2 Приготовление ДНКСефарозы
21. Активация Сефарозы.
22. Иммобилизация ДНК
23. Проверка эффективности связывания
2 Фракционирование ядерного экстракта на ДНКаффинной колонке
2 Фракционирование ядерного экстракта методом аффинной элюции
2 Высаживание белков
2 Электрофорез белков в присутствии ДДС
2 Вестернблот анализ
2 Обработка гелей, гидролиз трипсином и экстракция пептидов
2 Анализ триптических пептидов при помощи массспсктромстрии
3. Результаты и их обсуждение
3.1.Клеточные белки, специфически связывающиеся с 5концом области 3 V
3.1.1. Локализация и специфичность связывания факторов 1, 2 и 3 с V
3.1.2. Тканеспсцифичнос связывание белков другими участками
3.1.3. Идентификация белков, потенциально ответственных за энхансернуто активность V
3.1.4. Связывание белков с негативным регуляторным элементом
3.2.Выделение белков 1, 2 и 3, специфически связывающихся с V и их идентификация
3.2.1. Получение ядерных экстрактов
3.2.2. Выделение факторов методом
ДНКаффинной хроматографии
3.2.3. Выделение факторов методом аффинной элюции
3.2.4. Идентификация 3 методом I
3.2.5. в присутствии антител к
3.2.6. Вестернблот анализ с антителами к Выводы
Список литературы


Структура эндогенных ретровирусов. Эндогснные ретровирусы семейства НЕЯУН 1. Активация Сефарозы. Эндогенные ретровирусы человека и их фрагменты, представленные несколькими семействами и составляющие до 8 всей ДНК человеческого генома, обладают потенциальной способностью регулировать экспрессию близко расположенных генов. Благодаря их способности к перемещению по геному и к амплификации они могут быть важными инструментами эволюции и видообразования. Некоторые из них могут также обладать и способностью образовывать вирусные частицы, что свидетельствует об их участии в патогенных процессах, включая опухолевую трансформацию. Одиночные некоторых семейств эндогенных ретровирусов человека, образующиеся, по всей видимости, по механизму гомологичной рекомбинации, присутствуют в геноме в количествах в десятки раз больших, чем соответствующие провирусы, что многократно умножает их регуляторный потенциал. Показано, что одиночные V могут служить промоторами и терминаторами транскрипции клеточных генов как i vi, так и i viv, а также обладать другими функциями. Таким образом, изучение эндогенных ретровирусов человека позволило получить ряд важных новых данных о механизмах регуляции и эволюции на уровне полного генома человека. В геноме позвоночных существует большое количество различных семейств и типов ретроэлсмснтов, способных играть важную роль в эволюции 1. Их активное перемещение по геному является одним из основных источников изменчивости генома. Без участия ретроэлементов и кодируемых ими ферментов темпы эволюции животного мира могли бы значительно замедлиться. По доминирующей на сегодня точке зрения все рстроэлементы тесно взаимосвязаны между собой. Роль ретровирусов и других кодирующих обратную транскриптазу последовательностей является ключевой в эволюции других ретроэлементов, таких как псевдогены, короткие диспергированные повторы, повторы и т. Согласно этому, другие рстроэлементы либо являются продуктами обратной транскрипции, т. ДНКкопиями кДНК клеточных РНКтранскриптов, либо бывшими ретровирусами, давно внедрившимися в геном позвоночных 24 и потерявшими в ходе рекомбинаций и замен часть своих генов 7.