Свеллографический мониторинг твердофазного синтеза пептидов

• Автор: Родионов, Игорь Леонидович
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 156 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список нестандартных сокращений

ВВЕДЕНИЕ

I. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

ПРОБЛЕМЫ МОНИТОРИНГА ТВЕРДОФАЗНОГО СИНТЕЗА ПЕПТИДОВ

1. Специфика предмета и классификация методов мониторинга

2. Методологические проблемы и пути их решения на примере

развития спектрофогомегрического метода

3. Хронология возникновения и развития известных методов мониторинга

4. Серийные синтезаторы пептидов, оснащнные средствами

мониторинга
5. Структуры и спектральные характеристики важнейших
хромофоров, имеющих прикладное значение
II. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
РАЗРАБОТКА И ВАЖНЕЙШИЕ АСПЕКТЫ СВЕЛЛОГРАФИЧЕСКОГО МЕТОДА
1. КОНСТРУИРОВАНИП СВЕЛЛОГРЛФА И ПРАКТИЧЕСКОЕ
ПРИМЕНЕНИЕ СВЕЛЛОГРАФИЧЕСКОГО МЕТОДА
2. ОБЪМ НАБУХАНИЯ ПОЛИМЕРНОГО РЕАГЕНТА И ХИМИЧЕСКАЯ РЕАКЦИЯ
2.1. Общие закономерности изменения объма набухания в процессе наращивания пептидной цепи
2.2. Теоретическая модель изменения объема набухания в
химической реакции
2.3. Проявление и маскирование общих закономерностей на
уровне отдельных химических реакций
3. ОСНОВНОЕ ПРЕИМУЩЕСТВО СВЕЛЛОГРАФИЧЕСКОГО МЕТОДА Ц
РАСПОЗНАВАНИЕ РАННИХ ПРОЯВЛЕНИЙ АГРЕГАЦИИ
III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
1. Приборы и реактивы
2. Синтез модельных пептидов. Протоколы твердофазного
синтеза, оптимизированные для использования свеллографического метода.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В случае синтеза более длинных пептидов и небольших белков приемлемая гомогенность целевого продукта может быть обеспечена выходами близкими к . Соответственно, необходимо располагать методом мониторинга, который бы позволял с высокой точностью определять степени конверсий упомянутых реакций в диапазоне 0. С одной стороны, можно количественно измерять исчезновение растворимого реагента ИЛ или появление растворимого реагента Ир в жидкой фазе. С другой стороны, можно анализировать на включение нового аминокислотного остатка Кс или на содержание непрореагировавших аминогрупп в. При изменении степени конверсии от . Экспериментальная погрешность колориметрических, радиометрических и объемных методов, обычно используемых для анализа НЛ Ио, составляет 42 . Из этого следует, что методы мониторинга, основанные на измерении Кд, Кс и Кп, не могут привести к установлению завершенности интересующих нас реакций, с надлежащей точностью невозможно достоверно отличить от 0, но они вполне могут использоваться для исследования кинетики соответствующих процессов. В то же время, применение тех же самых методов для определения непрореагировавших аминогрупп К позволяет установить степень конверсии в рассматриваемой реакции с надлежащей точностью. В этом случае даже большая относительная погрешность определения аминогрупп приводит лишь к малой абсолютной ошибке в определении степени конверсии в реакции конденсации. Восдеблокирования являются работы Спатола и сотр. Калейса с сотр. В наиболее общем смысле по своей природе известные аналитические методы делятся на деструктивные разрушающие, О и недеструктивпые или неразрушающие, . Деструктивные методы основаны на необратимом химическом или механическом разрушении пептидилполимера или реагентов в жидкой фазе. Педеструктивные методы . Неинвазивпые методы 1 не требуют внесения в протокол твердофазного синтеза дополнительных операций или применения реагентов, которые не предусмотрены этим протоколом . Подобные методы, по определению, могут быть реализованы в непрерывном режиме на всем количестве полимера или жидкой фазы с получением информации в реальном масштабе времени процесса. Таким образом, они идеально приспособлены для воплощения в автоматизированных синтезаторах с интеллектуальной системой обратной связи, т. Иногда , термин неинвазивный ошибочно употребляют как синоним термина недеструктивный. Столь же неправомерно употребление оборота работающий в реальном времени применительно к деструктивным методам, таким как массспектрометрия . Далее и деструктивные, и недеструктивные методы мониторинга можно подразделить на качественные ими являются большинство так называемых визуальных цветных тестов и количественные. По способу извлечения необходимой аналитической информации можно также выделить прямые и косвенные методы. Так, в случае установления завершенности реакции конденсации, определение остаточных аминогрупп в является прямым методом, в то время как определение непрореагировавшей защищенной аминокислоты в жидкой фазе косвенным. Достаточно очевидными ориентирами, которыми следует руководствоваться в оценке любого метода мониторинга, являются такие требования, как чувствительность и точность определения анализируемой величины, достаточные для адекватного решения стоящей задачи например, установление степени конверсии в реакциях конденсации или деблокирования быстрота осуществления и низкая трудоемкость метода, а также возможность получения информации в реальном масштабе времени процесса возможность полной автоматизации метода и, соответственно, осуществления ТФСП с обратной связью в автоматическом режиме. Идеальный метод должен быть неинвазивным и универсальным, т. Кроме того, он должен быть применим ко всем стандартным аминокислотам, из которых часто выпадает пролин, однако гораздо чаще и серьзнее проблемы возникают с гиститдином, аргинином и метионином. Большинство методов, образующих эту группу, основываются на измерении хорошо поглощающих в УФ или видимой области спектра защитных групп иили продуктов их расщепления, а также активирующих группировок и тех соединений, которые образуются из них в ходе конденсации табл.