Актинобактерии, развитие систематики на примере семейств порядка Actinomycetales

• Автор: Евтушенко, Людмила Ивановна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 280 с. : ил

Состояние вопроса и актуальность проблемы
Цель и задачи исследования
Научная новизна работы
Практическая значимость
Апробация работы
Научные программы, в рамках которых выполнялись исследования и
связь с планом научно-исследовательских работ Института
ПУБЛИКАЦИИ
БЛАГОДАРНОСТИ
ГЛАВА 1. Ранние системы классификации актиномицетов
1Л. Морфологические особенности - основной критерий выделения
родов актиномицетов на начальном этапе развития системы группы
1.2. Хемотаксономическое направление в систематике (60-80 гг. XX в.)
ГЛАВА 2. Современная систематика актинобактерий основывается на
принципах полифазной таксономии
2.1. Вид - основная таксономическая единица бактериальной классификации
2.2. Современные иерархические системы классификации актинобактерий
2.3. Характеристики актинобактерий, используемые в современной систематике
2.3.1. Морфологические, культуральные и физиолого-биохимические признаки
2.3.2. Хемотаксономические признаки
2.3.3. Характеристики генома
ГЛАВА 3. Материалы и методы исследований
3.1. Объекты исследования
3.2. Методы
3.2.1. Обработка образцов и посевы
3.2.2. Методы изучения морфологических и культуральных признаков
3.2.3. Методы изучения физиолого-биохимических признаков
3.2.4. Методы изучения хемотаксономических признаков
3.2.5. Молекулярно-биологические методы
ГЛАВА 4. Систематика актиномицетов рода Promicromonospora (семейство
Promicromonosporaceae)
4.1. Род Promicromonospora входит в группу корине- и нокардиоформных актиномицетов
4.2. Видовой состав рода Promicromonospora; новый вид P. alba
4.3. Реклассификация Р. enterophila (Jager et al., 1983) как Oerskovia enterophila...
ГЛАВА 5. Систематика актиномицетов семейства Microbacteriaceae
5.1. Agromyces: уточнение и дополнение диагноза рода
5.1.1. Предложение новых видов - A. albus, A. cerinus, A.fucosus, A. hippuratus
5.2. Cryocola antiqms gen. nov., sp. nov. - новые род и вид из древних многолетнемерзлых отложений
5.3. Уточнение границ и таксономической структуры рода Clavibacter
5.3.1. К истории систематики фигопатогенных бактерий рода Clavibacter
5.3.2. Восстановление подвидов Cl. michiganensis в статусе видов
5.3.3. Clavibacter gallus sp. nov., Clavibacter desertorus sp. nov
Clavibacter roseus sp. nov
5.4. Новый род Rathayibacter и его видовой состав
5.4.1. Новые комбинации - R. rathayi, R. tritici, R. iranicum
5.4.2. Новые виды R. festucae и R. caricis
5.5. Изучение бактериоциногенных профилей штаммов родов
Clavibacter и Rathayibacter в таксономическом аспекте
5.6. Новый род Leifsonia и его видовой состав
5.7. Plantibacter: дифференциация от Rathayibacter и уточнение диагноза рода
5.7.1. Состав терминальных оксидаз дыхательной цепи как
хемотаксономический признак актинобактерий родов Plantibacter
и Rathayibacter
5.7.2. Три новых вида рода Plantibacter - P. agrosticola sp. nov., P. elymi sp. nov.
и P. cousiniae sp. nov
5.8. Новый род Agreia и видовой состав рода
5.9. Новые род и вид - Graminibacter agreoides gen. nov., sp. nov
5.10. Новые род и вид - Okibacterium fritillariae
5.11. Род Microbacterium
5.11.1. Microbacterium lavaterae sp. nov
5.12. Род Curtobacterium и его видовой состав
5.12.1. Новый вид из галлов на растениях - Curtobacterium
calamagrosticola sp. nov
5.13. Frigoribacterium mesophilum sp. nov. и уточнение диагноза рода Frigoribacterium
ГЛАВА 6. Систематика актиномицетов рода Brevibaterium
(семейство Brevibateriaceae)
6.1. Новые виды Brevibacterium permense sp. nov., В. antiquum sp. nov. и В. aurantiacum sp. nov., характеризующиеся оранжевой окраской колоний
ГЛАВА 7. Систематика актиномицетов рода Nocardiopsis (семейство Nocardiopsaceae)
7.1. Новые виды Nocardiopsis prasina, N. trehalosi и подвид
N. dassonvillei subsp. albirubida
7.2. Видоспецифичность состава и строения тейхоевых кислот
у актиномицетов рода Nocardiopsis
ГЛАВА 8. Систематика актиномицетов рода Nocardioides (семейство Nocardioidaceae)
8.1. Уточнение границ и диагнозов известных видов рода Nocardioides, характеризующихся наличием мицелия
8.2. Новый вид мицелиальных организмов - Nocardioides prauseri sp. nov
ГЛАВА 9. Систематика актиномицетов рода Gly соту ces (семейство Glycomycetaceae)
9.1. Новый вид Glycomyces tenuis
ГЛАВА 10. Систематика актиномицетов семейства Streptomycetaceae

2.3.3. Характеристики генома
Нуклеотидный состав ДНК. Данные о ГЦ-составе ДНК (Belozersky & Spirin, 1960) -первая характеристика генома, которая стала использоваться в систематике прокариот. Определение процентного содержания гуанина и цитозина в ДНК (моль% ГЦ) требуется при описании бактериальных таксонов, в том числе актиномицетов (Goodfellow & O'Donnell, 1994). Для прокариот содержание ГЦ в ДНК варьирует в диапазоне от 20 до 80% (Johnson, 1989; Tamaoka, 1994). Класс Actinobacteria характеризуются высоким содержанием ГЦ в ДНК - более 50% (Stackebrandt et al., 1997), хотя для большинства таксонов родового ранга диапазон (моль% ГЦ) достаточно узкий - 68-72% (Goodfellow, 1989).
Показано, что микроорганизмы, различающиеся между собой более чем на 10% по составу ГЦ, не принадлежат к одному роду, а различия по этому показателю штаммов одного вида обычно ниже 5% (Rossello-Mora & Amann, 2001). Одинаковый состав ГЦ в ДНК не является показателем родства, тем не менее, у близкородственных организмов это значение существенно не отличается (Bradley, 1980).
ДНК-ДНК гибридизация. Метод, как упоминалось ранее, является основным при точном определении видовой принадлежности штаммов прокариот. Данные о сходстве ДНК необходимы при обосновании описания новых видов.
Уровень ДНК-ДНК гибридизации свидетельствует о степени реассоциации одноцепочечных молекул ДНК различного происхождения, выраженной в процентах сходства. Определяемые величины уровеня сходства зависят от используемого метода и ряда параметров, определяющих кинетику реассоциации (Grimont, 1988; Rossello-Mora & Amann, 2001). Метод ДНК-ДНК гибридизации позволяет судить только об общей гомологии нуклеотидных последовательностей, и определяемый уровень сходства не отражает действительной степени сходства последовательностей ДНК на уровне первичных структур (Johnson, 1989; Goodfellow & O'Donnell, 1994). Следует отметить также, что термин