Хемотаксономические критерии дифференциации таксонов Корине- и нокардиоформных актиномицетов

• Автор: Гавриш, Екатерина Юрьевна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 126 с.

ВВЕДЕНИЕ ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Основные тенденции развития систематики актиномицетов

1.1. Современная классификация актиномицетов

1.2. Признаки и методы, используемые для классификации и идентификации актинобактерий

1.2.1. Морфологические, культуральные и физиолого-биохимические признаки

1.2.2. Хемотаксономические признаки

1.2.3. Методы геносистематики

Глава 2. Характеристика таксонов, к которым относятся исследованные микроорганизмы

2.1. Семейство Microbacteriaceae

2.1.1. Род Microbacterium

2.2. Род Nocardioides

2.3. Род Brevibacterium
Глава 3. Материалы и методы исследования РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 4. Новые таксоны семейства Microbacteriaceae, характеризующиеся новыми комбинациями хемотаксономических признаков
4.1. Новый род Okibacterium
4.2. Cryocola antiquus gen. nov., sp
4.3. Microbacterium lavaterae sp
Глава 5. Новые дифференцирующие хемотаксономические признаки родов и видов Корине- и нокардиоформных актинобактерий
5.1. Роды и виды семейства Microbacteriaceae различаются типом терминальных оксидаз дыхательной цепи
5.2. Структура и структурные компоненты тейхоевых кислот -хемотаксономические маркеры мицелий-образующих видов рода Nocardioides
5.2. Состав тейхоевых кислот как хемотаксономический признак видов рода Brevibacterium
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ Описания предлагаемых новых таксонов актинобактерий

В этой связи актуальны работы, направленные на совершенствование системы классификации корине- и нокардиоформных актиномицетов и поиск таксономических критериев для точной дифференциации родов и видов этой группы.
Цели и задачи исследования. Целью настоящей работы было таксономическое изучение филогенетически гетерогенных групп корине- и нокардиоформных актиномицетов родов Ыосаг(1Ш(1е$, ВгечЬас1епит и семейства МкгоЬаЫепасеае, поиск новых хемотаксономических признаков для разграничения таксонов, не дифференцирующихся по традиционно используемым таксономическим характеристикам, и уточнение структуры изученных таксонов на основе принципов полифазной таксономии.
В конкретные задачи входило:
1. Изучение традиционно используемых фенотипических признаков у представителей перечисленных выше групп актиномицетов и предварительная идентификация организмов;
2. Определение филогенетического положения организмов на основе анализа нуклеотидных последовательностей генов 168 рРНК; выявление геномовидов среди изученных штаммов с использованием метода ДНК-ДНК гибридизации;
3. Изучение состава терминальных оксидаз у актиномицетов семейства МкгоЬа&епасеае и оценка возможности использования этого признака для разграничения филогенетически обособленных групп родового и видового уровней;
4. Определение состава клеточной стенки и оценка возможности использования тейхоевых кислот и их структурных компонентов для разграничения видов родов АЬсагсИсяВех и Вгег1Ьас1егшт:
5. Таксономическая ревизия изученных групп, выявление и описание новых таксонов на основе принципов полифазной таксономии.

В качестве восстановителя использовали дитионит, в качестве окислителя - Н2О2. Окись углерода получали смешивая концентрированные муравьиную и серную кислоты в колбе с отводной трубкой.
3.5.2. Экстракция нековалентносвязанных гемов.
Для удаления пигмента суспензию клеток обрабатывали охлажденным до -20°С метанолом (клетки-метанол 1:4, по объему) в течение 30 мин при +4°С. Экстракт отделяли центрифугированием (10 мин, 5000 об/мин, +4°С), осадок обрабатывали повторно. К обработанной биомассе добавляли охлажденный до - 20°С кислый ацетон (к 100 мл ацетона добавляли 2 мл 33,5% НС1) в отношении 1:5 (биомасса-кислый ацетон, об/об). Суспензию гомогенизировали и инкубировали в течение 30 минут при +4°С, время от времени перемешивая. Экстракт отделяли центрифугированием (10.000 об/мин, 10 мин при -20 °С. Супернатант переносили в колбу для вакуумного испарителя.
3.5.3. Определение состава нековалентносвязанных гемов проводилось обращенно-фазовой хроматографией с использованием градиентной системы НРЬС -Оекоп (Франция) к.б.н. Шляпниковым М.Г. (ИБФМ РАН).
3.6. Тейхоевые кислоты *
3.6.1. Выделение тейхоевых кислот.
Сухую биомассу клеток или препарат клеточной стенки обрабатывали 10% трихлоруксусной кислотой (10 мл на 1 г сухой биомассы или стенки), в течение 48 час при постоянном перемешивании. Биомассу отделяли центрифугированием (5000 об/мин, 20 мин). К супернатанту добавляли четырехкратный объем 96% этанола и оставляли при 4 °С на 24 час. Осадок собирали центрифугированием (12000 об/мин), перерастворяли в ледяной дистиллированной воде Водорастворимую фракцию отбирали, диализовали против дистиллированной воды 48 час. при 4°С и лиофильно высушивали.
* Работа выполнена совместно с сотрудниками группы под руководством д.б.н., проф. И.Б. Наумовой на базе кафедры микробиологии, биологического факультета МГУ, Москва