Оптимизация лабораторной диагностики урогенитального трихомониаза на основе методов амплификации нуклеиновых кислот

• Автор: Рыжих, Павел Геннадьевич
• Шифр специальности: 14.03.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 141 с. : 13 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Общая характеристика Trichomonas vaginalis

Эпидемиология трихомонадной инфекции

Клинические проявления трихомонадной инфекции

Методы лабораторной диагностики трихомонадной инфекции

Микроскопия нативного и окрашенного препаратов

Культуральный посев

Методы, основанные на выявлении антигенов
Серологическая диагностика
Молекулярно-биологические методы диагностики Т.vaginalis.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Глава 3. РАЗРАБОТКА МЕТОДИКИ ВЫЯВЛЕНИЯ ДНК Т.VAGINALIS НА
ОСНОВЕ МЕТОДА ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
Глава 4. РАЗРАБОТКА МЕТОДИКИ ВЫЯВЛЕНИЯ РНК Т.VAGINALIS НА
ОСНОВЕ МЕТОДА НАСБА В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
Глава 5. ОПРЕДЕЛЕНИЕ АНАЛИТИЧЕСКОЙ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ МЕТОДИК НА ОСНОВЕ ПЦР И НАСБА И ИХ СРАВНЕНИЕ С МИКРОСКОПИЕЙ (НАТИВНОГО И ОКРАШЕННОГО ПРЕПАРАТОВ) И
КУЛЬТУРАЛЬНЫМ ПОСЕВОМ
Глава 6. ОПРЕДЕЛЕНИЕ ЧАСТОТЫ ВЫЯВЛЕНИЯ T.VAGINALIS В ЗАВИСИМОСТИ ОТ АНАЛИТИЧЕСКОЙ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ
МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ТРИХОМОНАДНОЙ ИНФЕКЦИИ
ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ВКО внутренний контрольный образец
ВЭЖХ Высокоэффективная жидкостная хроматография
ГИСК Государственный научно-исследовательский институт стан-
дартизации и контроля медицинских биологических препаратов
ГЭ геномный эквивалент
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ дезоксинуклеотидтрифосфат
ИППП инфекции, передаваемые половым путем
ИФА иммуноферментный анализ
кДНК комплементарная дезоксирибонуклеиновая кислота
КОЕ колониеобразующая единица
МАНК методы амплификации нуклеиновых кислот
ММ молекулярный маячок
НАСБА Nucleic Acid Sequence-Based Amplification - NASBA
НК нуклеиновые кислоты
ОКО отрицательный контрольный образец
ОТ-ПЦР полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
ПКО положительный контрольный образец
ПИР полимеразная цепная реакция
РНК рибонуклеиновая кислота
рРНК рибосомальная рибонуклеиновая кислота
С:Ф сигнал:фон
СОП стандартный образец предприятия
СПИД синдром приобретенного иммунодефицита
ТЕ-буфер буфер на основе Триса и ЭДТА
Трис трис (гидроксиметил) аминометан
ФМ-зонд флуоресцентно-меченный зонд

ЦМВ цитомегаловирус
ЭДТА этилендиаминтетрауксусная кислота
BHQ Black Hole Quencher
CDC Centers for Disease Control and Prevention - Центр по контролю
и профилактике заболеваемости ECL electrochemiluminiscent - электрохемилюминесцентная
HPLC жидкостная хроматография высокого давления, жидкостная
хроматография высокого разрешения HSV Herpes simplex vims - вирус простого герпеса
IPTG isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside
NCBI National Center for Biotechnology Information - Национальный
центр биотехнологической информации SNP Single Nucleotide Polymorphism - однонуклеотидный поли-
морфизм
TMA Transcription-Mediated Amplification

Молекулярно-биологические методы диагностики T.vaginalis
МАНК объединяют в себя группу методов, использующих в качестве мишени специфический для того или иного вида возбудителя короткий участок ДНК или РНК, который с помощью специфических олигонуклеотидных праймеров ферментативно многократно амплифицируется по экспоненциальному механизму. В результате, даже при наличии минимальных количеств возбудителя в исследуемом растворе после реакции амплификации, занимающей около 1,5-2 часов, происходит накопление продуктов реакции, которые превышают исходное количество фрагментов генома в миллионы и миллиарды раз. Благодаря этому механизму МАНК обладают наибольшей на сегодняшний день аналитической чувствительностью, что позволяет добиться обнаружения даже минимальных количеств микроорганизмов в исследуемом материале, и, как следствие, выявить максимальное число инфицированных лиц, включая тех, у кого инфекция протекает с низкой плотностью обсемененности возбудителем. Высокая диагностическая специфичность реакции обеспечивается олигонуклеотидными праймерами и зондами, которые подбираются на основании имеющейся информации о структуре генома возбудителя и взаимодействуют только со строго специфическим участком генома данного вида. На основе имеющейся информации о структуре генома возбудителя праймеры разрабатываются таким образом, чтобы обеспечить их взаимодействие со строго специфическим участком генома данного вида, обуславливая высокую диагностическую специфичность МАРЖ.
Развитию направления амплификационных технологий положило изобретение в 1983 г. метода полимеразной цепной реакции (ПЦР). Зарубежные коммерческие МАРЖ для выявления T.vaginalis в настоящее время включают тесты на основе полимеразной цепной реакции (НДР) компании Roche Diagnostic Corporation (Basel, Switzerland) и на основе реакции транскрипционной амплификации ТМА (Transcription Mediated Amplification) (Gen-Probe (Digene, SanDiego, USA).