Возможности клинико-иммунологического использования оценки уровня внеклеточных РНК

• Автор: Турчанинова, Мария Андреевна
• Шифр специальности: 14.03.09
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 107 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Список использованных в работе сокращений
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1 Современные представления о происхождении, природе
и функциях внеклеточных нуклеиновых кислот
1.1.1 История вопроса
1.1.2 Происхождение внеклеточных нуклеиновых кислот
1.1.3 Формы существования внеклеточных нуклеиновых кислот
1.1.4 Факторы, влияющие на представленность нуклеиновых кислот различных тканей в циркуляции
1.1.5 Представленность в циркуляции различных геномных последовательностей
1.1.6 Функции внеклеточных нуклеиновых кислот
1.2 Клиническое применение внеклеточных нуклеиновых кислот
1.2.1 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в диагностике рака
1.2.2 Вирусные нуклеиновые кислоты
1.2.3 Нуклеиновые кислоты плода в циркуляции матери
1.2.4 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в травматологии
1.2.5 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в диагностике
инсульта и острого коронарного синдрома
1.2.6 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в диагностике патологий иммунной системы
1.2.7 Внеклеточные нуклеиновые кислоты в трансплантологии
1.3 Цитокины и их роль в поддержании иммунологического гомеостаза
1.3.1 Общая характеристика цитокинов
1.3.2 Цитокины в патогенезе рака молочной железы
1.3.3 Цитокины в патогенезе ревматоидного артрита

Г лава 2. Материалы и методы
2.1 Сведения об исследуемых группах
2.2 Получение плазмы и суммарной клеточной фракции
2.3 Выделение РНК
2.4 Определение уровня представленности транскриптов генов цитокинов методом обратной транскрипции (ОТ) и полимеразной цепной реакции (ПЦР) «в реальном времени»
2.4.1 Постановка реакции обратной транскрипции
2.4.2 Постановка ПЦР
2.5 Секвенирование продуктов ПЦР
2.6 Приготовление реактивов, входящих в состав набора для обратной траснкрипции и амплификации
2.7 Учет результатов реакции и их статистическая обработка
2.8 Использованное в работе программное обеспечение и базы данных Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1 Разработка методики количественного анализа внеклеточных РНК
3.2 Выбор модельных генов и модельных заболеваний
3.3 Выбор нормировочных генов
3.4 Расчет эффективности амплификации для использованных систем
3.5 Анализ стабильности внеклеточных РНК плазмы вне организма
3.6 Оценка уровня представленности мРНК генов цитокинов при нормальном физиологическом состоянии организма
3.7 Оценка уровня представленности мРНК генов цитокинов в плазме больных раком молочной железы
3.8 Оценка уровня представленности мРНК генов цитокинов в плазме больных ревматоидным артритом
Заключение
Выводы
Список литературы Приложения
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИИ
Ср - номер индикаторного цикла, полученный при интерпретации
результатов ПЦР методом анализа формы графика флуоресценции
CSF - колониестимулирующий фактор
dNTP’s - дезоксирибонуклсозидтри фосфаты
EBV - вирус Эпштейна-Барр
EL - уровень экспрессии гена
HPV - вирус папилломы человека
HLA - антигены тканевой совместимости человека
IL - интерлейкин
LAK - лимфокин-активированные киллеры LQ - 25 процентиль LD - 10 процентиль Me - медиана
NCBI - национальный центр биотехнологической информации, США NF - фактор нормировки
NK - клетка (Natural Killer) - естественная киллерная клетка
pH - водородный показатель
Th (T-helper) - Т-хелпер
UQ - 75 процентиль
UD - 90 процентиль
АПК - антигенпрезентирующая клетка
внНК - внеклеточные нуклеиновые кислоты
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
мРНК - матричная РНК
ОТ - обратная транскрипция
П.н. - пара нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
действие, связанное с подавлением пролиферации опухолевых клеток, а в других - активирует иммунологические механизмы отторжения, обусловленные усилением представления опухолевых антигенов и активацией функций NK-клеток.
IFNy также проявляет противоопухолевую активность. Механизм действия IFNy связан с усилением лизиса опухолей NK-клетками и активацией специфического противоопухолевого иммунитета, что проявляется в увеличении уровня экспрессии антигенов гистосовместимости, то есть, по сути, повышении иммуногенности опухоли, представлении антигенов дендритными клетками и лизисе Т-киллерами. Усиливая цитотоксические реакции, опосредованные Т-лимфоцитами и NK-клетками, активируя апоптоз и ингибируя ангиогенез в очаге опухолеобразования, этот цитокин сдерживает рост опухоли [142].
IL12 - один из главных активаторов клеточного звена иммунитета и индуктор синтеза таких цитокинов, как IFNy, IL2 и TNF. IL12 активирует функции NK- и NKT-клеток, CD4+ Т-лимфоцитов и CD8+ цитотоксических Т-лимфоцитов [39].
Другой член семейства IL12, IL23 имеет сходную с IL12 биологическую активность, индуцируя пролиферацию Т-клеток памяти и продукцию активированными Т-лимфоцитами IFNy, TNF и IL12 [67].
IL2 и другие лиганды у-цепи рецетора IL2, такие как IL15 и IL21, стимулируют практически все клетки, оказывающие противоопухолевое действие: Th-клетки, цитотоксические Т-лимфоциты, NK-клетки, LAK-клетки (лимфокин-активированные киллеры) и макрофаги. Повышение уровня растворимого рецептора к IL2 (sIL2-R) в сыворотке является диагностически значимым критерием оценки цитокинового статуса ранних стадий развития РМЖ.
В местном ответе организма на процесс опухолеобразования, помимо IL2 и IL12, принимает участие IL18. Влияя на продукцию IFNy и активируя