Мутации генов c-Kit и PDGFRA и клинико-морфологические особенности стромальных опухолей желудочно-кишечного тракта

• Автор: Цыганова, Ирина Викторовна
• Шифр специальности: 14.01.12
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 142 с. : ил.

Содержание
Введение
1. Обзор литературы
1.1. Клинико-морфологические особенности стромальных
опухолей ЖКТ
1.1.1. Клиническая характеристика стромальных опухолей 10 ЖКТ
1.1.2. Морфологическая характеристика стромальных 14 опухолей ЖКТ
1.1.3. Иммуногистохимическая характеристика 18 стромальных опухолей ЖКТ
1.1.4. Оценка риска злокачественности и прогностические 24 факторы стромальных опухолей ЖКТ
1.2. Молекулярный патогенез стромальных опухолей ЖКТ
1.2.1. Общая характеристика мутаций генов с-Кії и 33 РВОРКА
1.2.2. Первичные мутации гена с-К'й в стромальных 36 опухолях ЖКТ
1.2.3. Первичные мутации гена РВОР ЯЛ в стромальных 41 опухолях ЖКТ
1.3. Мутации и клинико-морфологические характеристики
стромальных опухолей ЖКТ
1.4. Лечение стромальных опухолей ЖКТ
2. Материалы и методы
2.1. Общая характеристика материала
2.2. Методы исследования
2.2.1. Иммуногистохимическое исследование
2.2.2. Микродиссекция парафиновых срезов стромальных 52 опухолей ЖКТ и выделение ДНК
2.2.3. Выделение геномной ДНК из операционных 53 опухолевой ткани
2.2.4. Анализ мутаций в генах с-К и и РВОРКА в 53 стромальных опухолях ЖКТ
2.2.5. Разделение ПЦР-продуктов методом электрофореза в 56 агарозном геле

2.2.6. Очистка ПЦР-продуктов для секвенирования
2.2.7. Анализ результатов прямого секвенирования
2.2.8. Статистическая обработка данных
2.2.9. Список используемых растворов
3. Результаты собственных исследований
3.1. Клинико-морфологическая характеристика GIST
3.2. Иммуногистохимическая характеристика стромальных 74 опухолей ЖКТ
3.3. Мутационный статус стромальных опухолей ЖКТ
3.3.1. Мутации гена c-Kit
3.3.2. Мутации гена PDGFRA
3.3.3. Стромальные опухоли ЖКТ дикого типа
4. Сопоставление молекулярно-генетических и клинико-
морфологических параметров GIST
5. Обсуждение полученных результатов
Выводы
Список используемой литературы

Список сокращений
ПЦР - полимеразная цепная реакция
п.н. - пары нуклеотидов
ЖКТ - желудочно-кишечный тракт
TK-I - тирозинкиназный домен I
TK-II - тирозинкиназный домен II
GIST - Gastrointestinal stromal tumor - стромальная опухоль
желудочно-кишечного тракта PDGFR - platelet-activated growth factor receptor - рецептор
тромбоцитарного фактора роста SCF - stem cell factor - фактор стволовых клеток
JM - juxtamembrane domain - при мембранный
цитоплазматический домен

В отличие от гена c-Kit большинство PDGFRA мутаций затрагивают 18 экзон, кодирующий ТК2. Эти мутации изменяют активационную петлю, которая конформационно регулирует АТФ-связывающий сайт и тоже приводит к активации киназы [133]. Постоянная лиганд-независимая активация KIT или PDGFRa киназ приводит к запуску нижележащих сигнальных путей трансдукции, что способствует клеточной выживаемости и пролиферации.
В спорадических GIST мутации гена c-Kit возикают во внеклеточном (9 экзон), подмембранном домене (11 экзон), тирозинкиназном домене 1 и тирозинкиназном домене 2 (13 и 17 экзоны). Первичные мутации PDGFRA возникают в подмембранном (12 экзон), тирозинкиназном домене 1 и тирозинкиназном домене 2 (14 и 18 экзоны).
Вторичные мутации, появляющиеся в результате таргетной терапии (рис. 2), обнаруживаются в KIT- ТК1 и -ТК2 (13, 14, 17 экзоны), KI (15 и 16 экзоны) и PDGFRA-TK2 домене (18 экзон) [85, 140].
При семейном синдроме GIST у человека, наследственные мутации KIT или PDGFRA наиболее схожи с мутациями, найденными в спорадических стромальных новообразованиях ЖКТ. Чаще всего это точечные замены в подмембранном домене (Trp557Arg, Уа1559А1а, Val560Gly, делеция Val560, Asp579 и дупликация Gln575-Leu576). Также описаны замены в тирозинкиназных доменах KIT (Lys642Glu и Asp820Tyr) и PDGFRA (Tyr555Cys и Asp561Val). Однако две последние мутации PDGFRA и делеция в 8 экзоне c-Kit Asp419del описаны только в наследственных GIST [49, 51, 121].
Десять лет исследований мутаций генов c-Kit и PDGFRA в стромальных опухолях ЖКТ показали, что некоторые мутации могли быть связаны с определенными клинико-морфологическими характеристиками [28, 85, 140]. Так, например, мутации в 9 экзоне гена c-Kit, представленные дупликациями А1а502-Туг503, возникают преимущественно в стромальных