Идентификация белковых маркеров для прогнозирования злокачественных опухолей желудка

• Автор: Григорьева, Евгения Сергеевна
• Шифр специальности: 14.01.12
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Томск
• Количество страниц: 119 с. : 14 ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Рак желудка: эпидемиология, этиология, классификация, клиникоморфологические особенности различных гистологических типов
1.2 Молекулярно-генетические аспекты рака желудка
1.3. Критерии прогноза при раке желудка
1.4. Диагностические и прогностические маркеры опухолей желудка: принципы их идентификации
1.4.1. Методы протеомики in vivo
1.4.1.1. 2D гель-электрофорез
1.4.1.2.Многомерная технология идентификации белка (MudPIT)
1.4.1.3.Технология SELDI-TOF-MS
1.4.2. Методы протеомики in silico
1.4.2.1. Серийный анализ экспрессии генов (SAGE)
1.4.2.2. Метод учета маркерных экспрессирующихся ярлыков (EST)
1.4.2.3. Анализ базы данных Oncomine
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Материалы исследования
2.2. Методы исследования
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Сравнительный анализ изменений протеома нормальных и опухолевых тканей с помощью метода 2Б-электрофореза и MALDI-TOF-спектрометрии
3.2. Идентификация потенциальных диагностических и прогностических маркеров рака желудка методами биоинформатики
3.3. Анализ содержания идентифицированных белковых маркеров
в образцах нормальной и опухолевой тканей желудка

3.3.1.Тестирование экспрессии генов выбранной панели белков методом ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени в тканевых образцах опухолей желудка и нормальной слизистой
3.3.2. Исследование уровня синтеза белков в опухолевой и нормальной ткани больных раком желудка методом вестерн-блот анализа
3.3.3.Иммуногистохимический анализ опухолевой ткани желудка, оценка
прогностической значимости идентифицированных маркеров
3.4 Получение поликлональных антител к фрагменту белка АКК1В10
3.4.1. Клонирование фрагмента гена АКК1В10 в бактериальном штамме
3.4.2. Оптимизация уровня экспрессии фрагмента белка АКК1В
3.4.3. Очистка и рефолдинг рекомбинантного фрагмента белка
АККЛВЮ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ОТ-ПЦР

ФГУП “Гос. НИИ ОЧБ ФМБА РФ”
- рак желудка
- полимеразно-цепная реакция
- полимеразно-цепная реакция с обратной транскрипцией
- иммуногистохимическое исследование
- “Государственный научно-исследовательский институт особо чистых биопрепаратов” Федерального медикобиологического агентства Российской Федерации

позволяют надеяться на то, что в будущем будут обнаружены достаточно информативные маркеры и для диагностики и прогнозирования РЖ. В настоящее время, в клинической практике применяется только один диагностический тест рака желудка, основанный на ПЦР детекции микрометастазирования в перитонеальной жидкости [79]. Хотя этот тест включен в программу здравоохранения правительства Японии, тест может применяться лишь на очень поздних стадиях заболевания, когда терапевтическое воздействие практически неэффективно. В тоже время, прогностические тесты РЖ пока совсем не разработаны. За неимением лучшего, широкое применение получили два клинических теста РЖ, основанные на: 1) количественном определении уровня пепсиногена в крови (используется в Японии); 2) присутствии в кровотоке антител против патогенной бактерии Helicobacter pylori, поражающей клеточный эпителий, используемый для массового скрининга в Бельгии (в настоящее время разработан неинвазийный тест, анализирующий состав выдоха пациента). Последние два теста не применимы для диагностирования рака желудка, поскольку они лишь позволяют выявить пациентов с повышеным риском возникновения опухоли [80]. Кроме того, специфичность этих тестов весьма низка (в зависимости от страны 40%-80% населения дают позитивный ответ).
Наконец, существует несколько диагностических тестов рака желудка, основанных на определении поверхностных маркеров опухолевых клеток (например, белков С А 19.9 и DR70) иммунологическими методами. Эти тесты (хотя и распространяемые на коммерческой основе) используются весьма редко из-за их низкой селективности (дают позитивный ответ для многих видов рака) и специфичности (большое количество псевдоположительных и псевдоотрицательных результатов). Таким образом, в настоящее время не существует эффективных диагностических и прогностических маркеров опухолей желудка.