Анализ закономерностей экспрессии генов, ассоциированной с прогрессией гепатокарцином

• Автор: Шавочкина, Дарья Андреевна
• Шифр специальности: 14.01.12
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 150 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Цели и задачи исследования
НАУЧНАЯ НОВИЗНА И ПРАКТИЧЕСКАЯ ЦЕННОСТЬ РАБОТЫ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1. Структура и функции печени
2. Канцерогенез
2.1. Гепатоканцерогенез
2.1.1. Факторы риска для возникновения ГК
2.1.1.1. Вирус гепатита В (HBV)
2.1.1.2. Вирус гепатита С (HCV)
2.1.1.3. Химические канцерогены
2.1.1.4. Генетические нарушения при гепатоканцерогенезе
2.2. Эпителиально-мезенхимальный переход (ЭМП)
2.2.1. Snail
2.3. Факторы роста и их функции
2.3.1. Общая характеристика белков семейства TGFp
2.3.1.1. TGIF
2.3.1.2. TSC
2.3.1.3. ТЫ
2.3.2. Общая характеристика EGF-сигнального каскада
2.4. ГК и апоптоз
2.5. Гепатоцигарные ядерные факторы (ГЯФ, HNF) и их роль в регуляции дифференцировки гепатоцитов
2.5.1. Семейство HNF
2.5.2. Семейство FoxA
2.5.3. Семейство HNF
2.5.4. Семейство HNF6 (ONECUT 1)
2.5.5. Семейство С/ЕВР
2.5.6. FTF
2.5.7. Взаимодействие и взаимная регуляция ГЯФ
2.5.8. ГЯФ при канцерогенезе и других патологиях
2.5.8.1. Диабет и другие заболевания, связанные с метаболизмом
2.5.8.2. ГЯФ и канцерогенез
2.6. Модель одноступенчатой прогрессии как экспериментальная система для исследования механизмов, связанных с дедифференцировкой гепатоцитов
2.7. Гены, изменение экспрессии которых ассоциировано с различными этапами гепатоканцерогенеза
2.7.1. Аннексины
2.7.2. Кавеолины
2.7.3. Коннсксины
2.7.4. Остеопонтин
2.7.5. Циклин G
2.7.6. SLP

2.7.7. Цитохезины
2.7.8. Семейство рецепторных тирозинкиназ Ах
2.7.9. А8ИЭ (Аспарагинсинтетаза)
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1.Экспериментальные животные
2.2. Получение и хранение материала
2.3. Гистологические препараты
2.4. Культуры клеток
2.5. Выделение РНК
2.6. Реакция обратной транскрипции (ОТ)
2.6.1. Праймеры
2.6.2. Полимеразная цепная реакция
2.7. Контроль результатов экспериментов
2.8. Электрофоретическое исследование образцов ДНК
2.9. Иммуногистохимический метод исследования экспрессии белков. Идентификация белков с помощью иммуноспецифического окрашивания парафиновых срезов антителами к изоформам гена ЕЮТ4а
2.9.1 Антитела
2.9.2. Протокол иммуногистохимического окрашивания парафиновых срезов ГК человека антителами к изоформам гена НбЛИа
3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Анализ закономерностей экспрессии генов на ранних стадиях химически индуцированного гепатоканцерогенеза у мышей
3.1.1. Анализ гистологических препаратов печени мыши
3.1.2. Анализ закономерностей экспрессии генов в ткани печени, подвергшейся воздействию ДЭНА, ДЭНА-индуцированных и спонтанных ГК
3.1.2.1. Анализ экспрессии гепатоспецифических генов
3.1.2.2. Анализ экспрессии генов, ассоциированных с эпителиальномезенхимальным переходом и поддержанием морфологии клеток
3.1.2.3. Анализ экспрессии генов, ассоциированных с активацией ТОГр сигнального пути
3.1.2.4. Анализ экспрессии генов, продукты которых участвуют в регуляции апоптоза
3.1.2.5. Анализ экспрессии генов, продукты которых могут быть ассоциированы с прогрессией ГК
3.2. Анализ закономерностей экспрессии генов при культивировании клеток культуры НЗЗ в трехмерном коллагеновом матриксе
3.3. Исследование локализации изоформ белка 1ШЕ4а в опухолях печени человека
3.3.1. Клиническая характеристика образцов ГК человека
3.3.2.Иммуногистохимическое выявление изоформ НЫЕ4аР1 и НИБ4аР2 в ГК человека
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
АФП - альфа-фетопротеин
а.о. - аминокислотный остаток
6ГК — быстрорастущая гепатокарцинома
ВКМ - внеклеточный матрикс
ГК — гепатоцеллюлярная карцинома
ГЯФ (HNF) - гепатоцитарный ядерный фактор
ДЭНА - диэтилнитрозамин
мГК - медленнорастущая гепатокарцинома
ОТ - реакция обратной транскрипции
пл. - пара нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
т.п.н. — тысяча пар нуклеотидов
ХЦР - холангиокарципома
ЭМП - эпителиально-мезенхимальный переход
аЗ-int — аЗ субъединица интегрина
ASNS - аснарагинсинтетаза
BrDU - бромдезоксиуридин
СЕ АСАМ — канцероомбриональный антиген-ассоциированная адгезионная молекула 1 (гликопротеин желчи)
С/ЕВРа - СААТ/энхансер связывающий белок а С/ЕВРр - СААТ/энхансер связывающий белок Р СК - цитокератин Сх32 - коннексин
DcoPI - 6-пировопл-тетрагидропрогеинсинтаза /кофактор димеризации HNFla
FasL - лиганд рецептора смерти Fas
FGF - фактор роста фибробластов
FTF - транскрипционный фактор альфа-фетопротеина
GAPDH - глицеральдегид 3-фосфат дегидрогеназа
FIBV - вирус гепатита В
HCV - вирус гепатита С
HGF/scatter factor — фактор роста гепатоцитов/фактор рассеивания
HNFla-гепатоцитарный ядерный фактор la
HNFip - гепатоцитарный ядерный фактор 1 р
HNF4a - гепатоцитарный ядерный фактор 4а
HNF4al - al изоформа гепатоцитарного ядерного фактора
HNF4a7 - a7 изоформа гепатоцитарного ядерного фактора
HNF6 - гепатоцитарный ядерный фактор
HPRT - гипоксантин фосфорибозилтрансфераза
MODY - диабет молодых (Maturity Onset Diabetes of the Young)
OC2 - представитель семейства белков с доменом one cut 2 p21 - белок 21 кДа р53 - белок 53 кДа
RI/PKA-I - регуляторная субъединица первого типа цАМФ-зависимой протеинкиназы А
SLPI - секреторный лейкоцитарный ингибитор протеаз
Tbi68 - TGFP -индуцируемый белок 68 kDa
TGFa -трансформирующий фактор роста a
TGFpi - трансформирующий фактор роста pi
TGFP2 - трансформирующий фактор роста р
TGFPRI - рецептор трансформирующего фактора роста первого типа

Таблица 1. Экспрессия ГЯФ в различных тканях [по Abelev and Lazarevich, 2006].
Название гена (синонимы) Структура ДНК- связмвающего домена Начало экспрессии в эмбриогенезе (день развития эмбриона) Известные гены-мншени Паттерн экспрессии
HNFla (HNF1, LFB1, TCF1) Г омеодомен 10.5 АФП, Альбумин, а 1-антитрипсин, тирозин аминотранфераза,-транстиретин, альдолаза В, аполипопротеины А2, В. Печень, кишечник, почка, поджелудочная железа
HNFip (vHNFl, LFB3, TCF2) Г омеодомен 4.5 Печень (незначительное количество), кишечник, почка, поджелудочная железа, пищевод, щитовидная железа
FoxAl (HNF3a, TCF3A) Крылатая спираль (winged helix/forkhead) 7.5 Альбумин, АФП, транстиретин, а1-антитрипсин, трансферрин, аполипопротеин В, тирозин аминотрансфераза, НОТ 1а, РохАІ, 2 Печень, кишечник, желудок, легкие, поджелудочная железа, простата
FoxA2 (HNF3|i, TCF3B) Крылатая спираль (winged helix/forkhead) 6.5 Печень, кишечник, желудок, легкие, поджелудочная железа,
FoxA3 (FlNF3y, TCF3G) Крылатая спираль (winged helix/forkhead) 8.5 Печень, кишечник, желудок, семенники
HNF4a (NR2A1) Цинковые пальцы 4.5 НОТІа, аі- антитрипсин, транстиретин, альбумин, аполипопротеины А1, А2, В, С2, СЗ, альдолаза В Печень, кишечник, поджелудочная железа, почка
HNF6 (Onecutl) Onecut-домен 9.0 НИР 1(5, РОХА2, РП9Р4а, транстиретин, а 1 - антитрипсин, глюкокиназа Печень, кишечник, поджелудочная железа, селезенка, мозг
C/EBPa Лейциновая молния 13.0 АФП, альбумин, аполипопротеины А1, А2, В, транстиретин, трансферрин, тирозин аминотрансфераза, коллаген I, металлопротеиназ ы Печень, кишечник, легкие, жировая ткань, яичники, молочная железа, кожа, скелетная мускулатура, плацента
C/EBPp (LAP, NF-IL6, TCF5 Лейциновая молния 12.0 Практически во всех тканях, преобладает в печени и легких