ПРИМЕНЕНИЕ БИОЛОГИЧЕСКИХ ДНК-МИКРОЧИПОВ В ЭТИОЛОГИЧЕСКОЙ ВЕРИФИКАЦИИ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ БАКТЕРИАЛЬНОЙ ПРИРОДЫ

• Автор: Айвазян, Сона Робертовна
• Шифр специальности: 14.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 128 с. : 21 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. СОВРЕМЕННАЯ ЭТИОЛОГИЧЕСКАЯ И

ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА , ОКИ БАКТЕРИАЛЬНОЙ ПРИРОДЫ

1.2. СОВРЕМЕННЫЕ МЕТОДЫ ЭТИОЛОГИЧЕСКОЙ

ДИАГНОСТИКИ ОКИ

1.3. БИОЛОГИЧЕСКИЕ МИКРОЧИПЫ: ОСНОВНЫЕ

СВЕДЕНИЯ, ПРИНЦИП РАБОТЫ, ПРИМЕНЕНИЕ В

ПРАКТИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЕ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
ГЛАВА 3. КЛИНИКО-ЛАБОРАТОРНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА
БОЛЬНЫХ ОКИ
ГЛАВА 4. КЛИНИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА ПЦР В ВЫЯВЛЕНИИ ПАТОГЕННЫХ И УСЛОВНО-ПАТОГЕННЫХ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОКИ БАКТЕРИАЛЬНОЙ ПРИРОДЫ
4.1 Общая сравнительная характеристика бактериологического и ПЦР исследований в выявлении бактериальных возбудителей ОКИ
4.2. Клиническая оценка ПЦР исследования в диагностике гастроинтестинальной формы сальмонеллеза (ГИФС)
4.3. Клиническая оценка ПЦР исследования в диагностике острой дизентерии (ОД)
4.4. Клинико-лабораторная характеристика больных с уточненным методом ПЦР кампилобактериозом

4.3. Клинико-лабораторная характеристика больных с выявленными методом ПЦР условно-патогенными кишечными
бактериями
ГЛАВА 5. ХАРАКТЕРИСТИКА ДНК - МИКРОЧИПОВ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ БАКТЕРИЙ КИШЕЧНОЙ ГРУППЫ
5.1. Разработка мультипраймерной ПЦР - системы для идентификации патогенных и условно патогенных кишечных бактерий
5.2. Оптимизация условий гибридизации
5.2. Клиническая апробация тест-системы с использованием биологических микрочипов в этиологической верификации

ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ
УКАЗАТЕЛЬ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АДЦ артериальное давление диастолическое
АДС артериальное давление систолическое
ВКА внутренний контроль амплификации
ГИФК гастроинтестинальная форма кампилобактериоза
ГИФС гастроинтестинальная форма сальмонеллёза
ГЭ гастроэнтеритический вариант
ИФА иммуноферментный анализ
мкМ микромоль
мМ милимоль
ОД острая дизентерия
ОКА отрицательный контроль амплификации
ОКИ острые кишечные инфекции
птинэ пищевые токсикоинфекции неуточненной этиологии
ПЦР полимеразная цепная реакция
п.н. пара нуклеотидов
РИФ реакция иммунофлюоресценции
РИГА реакция непрямой гемагглютинации
РНИФ реакция непрямой иммунофлюоресценции
РСК реакция связывания комплемента
соп стандартный образец предприятия
УПЭ условно-патогенные энтеробактерии
ФМС флюоресцентно меченный стрептавидин
ЭДТА этилендиаминтетраацетат
эпкп энтеропатогенные кишечные палочки
А аденин
в гуанин

В основе принципа работы различных типов молекулярных биочипов с иммобилизированными зондами лежит способность биологических макромолекул к молекулярному узнаванию (высокоспецифичному избирательному связыванию с другими молекулами). Одними из наиболее широко используемых биочипов в медицине являются ДНК-микрочипы [65, 86, 137].
Впервые ДНК-чипы были использованы в исследованиях в конце 80-х годов прошлого века [113, 140].
ДНК-чип представляет собой уникальный аналитический инструмент, позволяющий определять наличие в анализируемом образце (как правило, биологического происхождения) заданных последовательностей ДНК.
Проведение анализа с помощью ДНК-чипов обходится в несколько раз дешевле, чем при использовании альтернативных технологий (электрофорез, ПЦР в реальном времени) [2, 65].
ДНК - чип представляет собой твердую подложку, на которой иммобилизованы однонитевые фрагменты ДНК разной длины: короткие — 15-25 нуклеотидов, длинные - 25-60 нуклеотидов и кДНК фрагменты - от 100 до 3000 нуклеотидов.
Принцип действия ячейки ДНК или олигонуклеотидного биочипа основан на комплементарных взаимодействиях основания аденина (А) с тимином (Т) и гуанина (в) с цитозином (С) в двух нитях ДНК (рис.1). Образование совершенной стабильной двунитчатой спирали (дуплекса) происходит только в том случае, если последовательность оснований в одной нити ДНК (или олигонуклеотида) полностью комплементарна последовательности другой нити. Соответственно, присутствие в дуплексе даже, одной неправильной пары, например С-в, предотвращает образование дуплекса [2, 34].
Таким образом, для определения в исследуемой пробе определенной последовательности ДНК необходимо иммобилизовать в одном из элементов микрочипа специфическую одноцепочечную ДНК. Гибридизуемая ДНК в исследуемой пробе обычно заранее нарабатывается в достаточных количествах