Геноидентификация вируса бычьего лейкоза

• Автор: Закирова, Зухра Рустамовна
• Шифр специальности: 06.02.02, 06.02.01
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Казань
• Количество страниц: 167 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Лейкоз крупного рогатого скота

1.2. Историческая справка

1.3. Характеристика возбудителя

1.3.1. Морфология и химический состав

1.3.2. Геном вируса

1.4. Этиология бычьего лейкоза

1.5. Особенности патогенеза

1.6. Эпизоотология лейкоза крупного рогатого скота
1.6.1. Эпизоотическая ситуация ПО ЛСЙКОЗу КруПНСГО рЄР2ТОГ0 9К9Ї-?.-« РФ 20.
1.6.2. Эпизоотическая ситуация в Республике Татарстан
1.7. Методы диагностики лейкоза крупного рогатого скота
1.7.1. Гематологический метод
1.7.2. Реакция иммунодиффузии (РИД)
1.7.3. Иммуноферментный анализ (ИФА)
1.7.4. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
1.7.5. ПЦР-ПДРФ-анализ
1.7.6. Филогенетический анализ
1.7.7. Посмертная диагностика лейкоза крупного рогатого скота
1.8 .Экономический ущерб от лейкоза крупного рогатого скота
1.9. Профилактика лейкоза крупного рогатого скота
1.10. Заключение по обзору литературы
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1. Эпизоотическая ситуация по Республике Татарстан в отношении лейкоза крупного рогатого скота

3.1.1. Сводные данные результатов серологических и гематологических исследований животных на лейкоз крупного рогатого скота за 2006-2014 гг
3.1.2. Степень инфицированное крупного рогатого скота в разрезе районов Республики Татарстан по состоянию на 2010-2014 гг
3.2. Генотипирование изолятов вируса бычьего лейкоза, выявленных среди поголовья крупного рогатого скота в Республики Татарстан
3.3. Типизация депонированных в СепВапк МСШ представителей В[,V в зависимости от выбранных стратегий геноидентификации
3.4. Разработка и апробация стратегии ПЦР-ПДРФ-генотипирования ВБЛ согласующейся с филогенетической классификацией возбудителя.
3.5. Систематизация информационных данных о фактах выявления прелставихелей нового 18-го) генотипа ВЬУ в различных регионах мира
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ
5. ВЫВОДЫ
6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы. Лейкоз крупного рогатого скота - хроническое инфекционное заболевание опухолевой природы, возбудителем которого является вид Bovine leukemia virus (аббр. BLV; вирус бычьего лейкоза, сокращ. ВБЛ) рода Deltaretrovirus семейства Retroviridae, согласно международной вирусной таксономии [100].
Современная оценка генетического разнообразия ВБЛ на основе филогенетического анализа информативного маркерного локуса ewv-гена с интерпретацией генотипических кластеров построенных дендрограмм [122, 113, 68, 69, 123], является наиболее действенным подходом геноидентификации BLV, нежели предложенные ранее (пионерские) стратегии типизации [90, 76,
102,1 на основе полиморфизма длины рестрикционных фрагментов, выстроенные исключительно на принципе интерпретации генерируемых env-ПЦР-ПДРФ-профилей.
Нынешняя филогенетическая классификация ВБЛ предусматривает наличие восьми генотипов, семь из которых впервые были описаны в работе
S.M. Rodriguez et al. (2009) [122], а восьмой генотип - в ранней публикации 2011 г. нашей группы ученых [68], с независимым подтверждением существования нового (8-го) генотипа BLV в чуть более поздних статьях других отечественных и зарубежных исследователей [75, 74, 123], чьи оригинальные работы по частичному секвенированию геномов ВБЛ и дальнейшему генотипированию этого вируса также являются актуальными.
Цель и задачи исследования. Цель исследования - создание научно-практических основ геноидентификации вируса бычьего лейкоза, интегрированных в систему молекулярного мониторинга инфицированности стад генотипами BLV.
Для реализации цели решались следующие задачи:
- уточнить эпизоотическую ситуацию в Республике Татарстан РФ в отношении лейкоза крупного рогатого скота.

Табл. 2. Протокол «№$е(1»-ПЦР (локус еиу-гена ВЬУ)
1 -ый раунд ПЦР
Реактивы Исходная концентрация Рабочая концентрация 1 проба (мкл) 10 проб (мкл)
с1Н20 13,39 133.
(Штрб 2,5 мМ 0,25 мМ 2
Буфер для Тая ДНК полимеразы 10х 1 X 2
Тая ДНК полимераза 5 ед 1 ед 0,2
Внешний праймер «епу5032» 65,9 мкМ 0,5 мкМ 0,15 1,
Внешний праймер «епу5608» 39,0 мкМ 0.5 мкМ 0,26 2,
Проба ДНК
ВСЕГО
Внешние праймеры: «епу5032»: З'-ТСТСТСССААСТСТСССАОАТА-З' (22 н.) «епу5608»: 5;-ААСААСААССТСТОООААОООТ-З7 (22 н.) Режим амплификации: 1х 94°С - 4 мин. 40х 94°С - 30 сек, 62°С - 30 сек, 72°С - 60 сек. 1х 72°С-5 мин.
2-ой раунд ПЦР
Реактивы Исходная концентрация Рабочая концентрация 1 проба (мкл) 10 проб (мкл)
с1Н20 35.56 355.
сЮТРб 2,5 мМ 0,25 мМ 5
Буфер для Тая ДНК полимеразы 10х 1 X 5
Тая ДНК полимераза 5 ед 2 ед 0,4
Внутренний праймер «епу5099» 44,5 мкМ 0,5 мкМ 0,56 5,
Внутренний праймер «епу5521» 16,9 мкМ 0,5 мкМ 1,48 14,
проба ДНК 1 -го раунда ПЦР
ВСЕГО
Внутренние праймеры: епу5099: З'-СССАСДАССОСООССССССТТТ-З' (22 н.) епу5521: З'-СССАСОСССССТССАОАОСТОО-З7 (22 н.) Режим амплификации: 1х 94°С —4 мин. 40х 94°С - 30 сек, 68°С- - 30 сек, 72°С - 60 сек. 1х 72°С - 5 мин.