Внутривидовой полиморфизм фитопатогенного гриба Cryphonectria parasitica в причерноморской части ареала каштана посевного : Castanea sativa

• Автор: Белов, Анатолий Алексеевич
• Шифр специальности: 03.02.08
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 141 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. КРИФОНЕКРОЗ КАШТАНА И ВОЗМОЖНЫЕ ПУТИ ЕГО ПРЕОДОЛЕНИЯ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)
1.1 Предыстория проблемы и современное состояние в мире и в России
1.2 Особенности биологии Cryphonectria parasitica
1.3 Cryphonectria hypovirus (CHV) и структура его генома
1.4 Молекулярно-биологические механизмы действия CHV
1.5 Вегетативная несовместимость
1.6 Перспективы преодоления крифонекроза
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Биологический материал
2.1.1 Сбор биологического материала
2.1.2. Выделение и культивирование штаммов С. parasitica
2.2. Методы
2.2.1. Молекулярно-генетическая идентификация С. parasitica и CHV
2.2.1.1. Выделение нуклеиновых кислот
2.2.1.2. Обратная транскрипция
2.2.1.3. Амплификация
2.2.1.4. Детекция продуктов амплификации
2.2.2. Анализ геномов CHY из гиповирулентных штаммов С. parasitica
2.2.2.1. Получение препарата вирусной дцРНК
2.2.2.2. Синтез дц-кДНК-копии генома СИГУ
2.2.2.3. Детекция и очистка дц-кДНК
2.2.2.4. Синтез рекомбинантной плазмиды
2.2.2.5. Приготовление компетентных клеток Escherichia coli
2.2.2.6. Трансформация клеток Escherichia coli
2.2.2.7. Выделение плазмидной ДНК и секвенирование генома CHV
2.2.3. Анализ вегетативной совместимости штаммов С. parasitica.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Состояние популяции Castanea sativa на Северо-Западном Кавказе в связи с крифонекрозом
3.2. Анализ вирулентных свойств и исследование внутривидового полиморфизма штаммов С. parasitica выявленных на территории РФ
3.3. Выявление генетических особенностей CHV обнаруженных в штаммах С. parasitica на территории Турции и РФ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ И ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
ПРИЛОЖЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ CHV - Cryphonectria hypovirus
CHV 1-І- CHV 1 подтип I
dNTP - Deoxyribonucleotide -5'-triphosphate (дезоксирибонуклеотид-5'-трифосфат)
GTP - guanosine-5'-triphosphate (гуанозин-5'-трифосфат)
ORF - Open reading frame (открытая рамка считывания)
UGT — uridine 5'-diphospho-glucuronosyltransferase (уридин 5'-дифосфо-глюкоронозилтрансфераза)
UTR - untranslated region (нетрансоируемая область)
vsRNA - virus-specific small RNA (вирус-специфические малые РНК)
BKM - Всероссийская коллекция микроорганизмов
ВС - вегетативная совместимость
дцРНК - двуцепочечная РНК
кДНК - комплементарная ДНК
ОТ-ПЦР - ПЦР с обратной транскрипцией
ПЦР - полимеразная цепная реакция
СНП - Сочинский национальный парк
цАМФ - циклический аденозин монофосфат

примеру, CHV3 редко находили за пределами Мичигана, CHV2 распространен в основном в Нью-Джерси, a CHV1 вообще выявлен в единичных случаях [Linder-Basso et al., 2005]. Полагают, что все типы гиповирусов попали в Америку вместе с С. parasitica на самых ранних стадиях интродукции (предположительно из Азии), при этом отсутствие какого-либо заметного влияния на гриб позволили CHV4 наиболее широко распространиться на территории США [Linder-Basso et al., 2005]. В самой Азии пока обнаруживают только представителей вида CHV1 и эпизодически (найдены в единичных штаммах из двух областей Китая) CHV2 [Liu et al., 2007] (однако систематических исследований гетерогенности гиповирусов на территории Азии не проводилось).
В Европе обнаружены только вирусы, относящиеся к виду CHV1, демонстрирующие достаточно высокий уровень генетического полиморфизма (среди них выделено 7 подтипов), что проявляется, в том числе, в различном их влиянии на фенотип гриба. Согласно филогенетическому анализу геномов европейских и азиатских гиповирусов, формирование подтипов CHV1 произошло около 300 лет назад, из чего следует, что все они были интродуцированы в Европу вместе с С. parasitica [Liu et al., 2007]. На территории Европы доминирует подтип I, к которому относится, в частности, менее агрессивный («слабый») вирус CHVl-Euro7, тогда как вызывающий наиболее явные симптомы