Хромосомная организация некоторых семейств повторяющейся ДНК у Allium cepa L. и Allium fistulosum L.

• Автор: Будылин, Михаил Вячеславович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 89 с. : 29 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Молекулярно-цитогенетические маркеры и их практическое использование

1.1.1. GISH анализ межвидовых гибридов

1.1.2. FISH маркеры

1.2. Метилирование ДНК

1.2.1. Метилирование ДНК у растений

1.2.2. Методы исследования метилирования ДНК

1.3. Высокоповторяющаяся некодирующая ДНК (Cot-1 фракция)

1.4. Ретротранспозоны и их геномная организация
1.4.1. Tyl-copia
1.4.2. ТуЗ-gypsy
1.4.3. Non-LTR: LINEs
1.5. Хромосомная организация микросателлитов
1.6. Центромеры растений
1.7. Характеристика А. сера и A. fistulosum
1.7.1. Краткая ботаническая характеристика
1.7.2. Проблемы селекции
1.7.3. Геномный состав
1.7.4. Особенности хромосомной организация
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Растительный материал
2.2. Выделение ДНК
2.3. ПЦР анализ
2.4. Клонирование фрагментов ДНК
2.5. Приготовление препаратов митотических хромосом
2.6. Приготовление ДНК - пробы
2.7. Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH)
2.8. Геномная in situ гибридизация (GISH)
2.9. Детекция сайтов метилирования ДНК с помощью антител к 5-метилцитозину
2.10. Микроскопия и анализ изображения
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Анализ распределения сайтов метилирования ДНК на хромосомах A. fistulosum
3.2. Хромосомная организация высокоповторяющейся ДНК Cot-1 фракция
3.3. Сравнительный анализ хромосомной организации ретротранспозонов у А. сера и А. fistulosum
3.3.1. Ту 1 -copia
3.3.2. ТуЗ-gypsy
3.3.3. Non-LTR: LINEs
3.3.4. Обсуждение результатов
3.4. Хромосомная организация межмикросателлитых повторов
у А. сера и A. fistulosum
ВЫВОДЫ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК ИЛЛЮСТРАТИВНОГО МАТЕРИАЛА
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
• ВАС - Bacterial artificial chromosome - Бактериальная искусственная хромосома
• BLAST - Basic local alignment search tool
• CR - Centromeric retrotransposon - Центромерный ретротранспозон
• DAPI - 4,6-диамидино-2-фенилиндолом
• EST - Expressed sequence tag - След экспрессирующейся последовательности
• FITC - Fluorescein isothiocyanate
• FISH - Fluorescence in situ hybridization - Флуоресцентная in situ гибридизация
• GISH - Genomic in situ hybridization - Геномная in situ гибридизация
• ISSR - Inter-simple sequence repeats - Межмикросателлитные повторяющиеся последовательности
• LINEs -Long interspersed repetitive elements - Длинный перемежающийся повторяющийся элемент
• LTR - Long terminal repeat - Длинный концевой повтор
• SINEs - Short interspersed repetitive elements - Короткий перемежающийся повторяющийся элемент
• SSR - Simple sequence repeat - Простая повторяющаяся последовательность

позволяет физически картировать на хромосомах различные последовательности ДНК. ЯОР содержит высоко повторяющиеся тандемно организованные гены, кодирующие рРНК (5,88, 18Б и 258), причем все они транскрибируются вместе от генов прекурсоров 458 рРНК. У А. сера 458 рДНК повтор составляет 11 800 п.н. и 13 ООО п.н. у А. А&ы1о$ит [104]. Диплоидный нереплицированный геном А. сера содержит около 7000 копий рРНК генов [105]. 45Б рДНК последовательности были локализованы на митотической хромосоме 6 в районе вторичной перетяжки и дополнительный сайт был обнаружен на хромосоме 8 у обоих видов А. сера и А. fistulosu.ni [106].
58 рДНК локусы обычно не связаны с ЯОР и чаще всего локализованы на другой хромосоме кариотипа. А. сера имеет два локуса 58 рДНК в интерстициальном районе короткого плеча хромосомы 7. А. Аяіиіохит имеет только один локус 58 рДНК в интерстициальном районе короткого плеча гомеологичной хромосомы 7 [107, 108].