Картирование нелокализованных последовательностей ДНК курицы в геноме курицы и перепела

• Автор: Трухина, Антонина Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 138 с. : ил.

Оглавление
ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОМОВ КУРИЦЫ И ПЕРЕПЕЛА

1.2. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ И ФИЗИЧЕСКИЕ КАРТЫ ХРОМО СОМ КУРИЦЫ И ПЕРЕПЕЛА

1.3. МЕТОДЫ КАРТИРОВАНИЯ ГЕНОМОВ

1.4. КРАТКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОВ И МИКРО САТЕЛЛИТОВ КУРИЦЫ, ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2Л. МАТЕРИАЛЫ

2.2. МЕТОДЫ

2.2.1. ПОЛУЧЕНИЕ КОМПЕТЕНТНЫХ КЛЕТОК

E.COLI
2.2.2.ТРАНСФОРМАЦИЯ ШТАММА DH5 [ALPHA]
E.COLI
2.2.3. БЫСТРЫЙ СКРИНИНГ РЕКОМБИНАНТНЫХ КЛОНОВ МЕТОДОМ ПЦР
2.2.4. ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК ИЗ ПЕЧЕНИ КУРИЦЫ
2.2.5. ПОЛУЧЕНИЕ КОМПЕТИТОРНОЙ ДНК КУРИЦЫ
2.2.6. ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК ВАС-КЛОНОВ МАКРОМЕ ТОДОМ
2.2.7. МЕЧЕНИЕ ДНК ВАС-КЛОНОВ МЕТОДОМ
NICK—ТРАНСЛЯЦИИ
2.2.8. ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ МЕЧЕНИЯ ДНК ВАС-КЛОНОВ
2.2.9. ПРИГОТОВЛЕНИЕ ПРЕПАРАТОВ МИТОТИЧЕС КИХ ХРОМОСОМ ИЗ 96 (72)-ЧАСОВЫХ ЭМБ РИОНОВ ПТИЦ
2.2.10. ДВУХЦВЕТНАЯ FISH-ГИБРИДИЗАЦИЯ НА МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ ПТИЦ
2.2.11. СКРИНИНГ ХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХ ВАС-КЛОНОВ ПРАЙМЕРАМИ КАРТИРУЕ МОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ С ПОМОЩЬЮ ПЦР
2.2.12. ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ ГИБРИДИЗА

3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. ПОИСК СООТВЕТСТВИЯ ГРУПП СЦЕПЛЕНИЯ Е26С13 И Е50С23 ОДНОЙ ИЗ ХРОМОСОМ КУРИЦЫ

МЕТОДАМИ ДВУХЦВЕТНОЙ FISH-ГИБРИДИЗАЦИИ И

3.2. ЛОКАЛИЗАЦИЯ ПЯТИ ГЕНОВ И ТРЕХ МАРКЕРОВ НА МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ КУРИЦЫ И ПЕРЕПЕЛА МЕТОДОМ FISH
4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. ПОИСК СООТВЕТСТВИЯ ГРУППЫ СЦЕПЛЕНИЯ Е26С13 ОДНОЙ ИЗ ХРОМОСОМ КУРИЦЫ
4.2. ПОИСК СООТВЕТСТВИЯ ГРУППЫ СЦЕПЛЕНИЯ Е50С23 ОДНОЙ ИЗ ХРОМОСОМ КУРИЦЫ
4.3. ЛОКАЛИЗАЦИЯ МИКРОСАТЕЛЛИТА LEI0342, ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ cwOl, И ГЕНА/z/В МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ КУРИЦЫ
4.4. ЛОКАЛИЗАЦИЯ МИКРОСАТЕЛЛИТА ADL0254 В МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ КУРИЦЫ
4.5. ЛОКАЛИЗАЦИЯ ГЕНОВ mqf, aldhlal, рпо И МИКРОСАТЕЛЛИТА MCW0330 В МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ КУРИЦЫ
4.6.ЛОКАЛИЗАЦИЯ ОРТОЛОГИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ИЗУЧАЕМЫХ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ КУРИЦЫ НА МИТОТИЧЕСКИХ ХРОМОСОМАХ ПЕРЕПЕЛА
5. ВЫВОДЫ
6. ЛИТЕРАТУРА
7. ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
БДУ—бромдезоксиуридин
БСА—бычий сывороточный альбумин
ДАЛИ—4 ’ ,6-диамидино-2-фенилиндол дигидрохлорид
к ДНК—комплементарная ДНК
ЛУК—ледяная уксусная кислота
сМ — сантиморганида
м.п.н.—миллион пар нуклеотидов
т.п.н.—тысяч пар нуклеотидов
ФДУ—фтордезоксиуридин
ЭДТА—-этилендиаминтетрауксусная кислота
ЯОР—ядрышковый организатор
ADL....—маркер, выявленный в лаборатории болезней птиц и онкологии, Ист—Лансинг, США
AFLP—полиморфизм длин амплифицированных фрагментов ВСІР—5-бром--4—хлор-3 индолилфосфат
CHORI—исследовательский институт детского госпиталя Окленда
С JA—хромосома перепела
DMSO—диметилсульфоксид
EST—экспрессируемые последовательности
ExxCxxWxx — интегрированная группа сцепления, объединяющая Ист-Лансингскую (Ехх), Комптоновскую (Схх) и Вагенингеновскую (Wxx) группы сцепления
FCS—эмбриональная сыворотка теленка (fetal calf serum)
FISH—флуоресцентная in situ гибридизация FITC—флуоресцеин инозитол тиоцианат Gb—109 п.н.

использующее первую карту групп сцепления у воробьинообразных, подтверждает, что состав генов на хромосомах высоко консервативен между куро- и воробьинообразными, и в дальнейшем выявило высокую степень консерватизма порядка генов внутри хромосом. Недавно эти выводы были поддержаны и в дальнейшем доказаны более интенсивными исследованиями генетических карт двух других воробьиных, зебровой амадины и мухоловки-белошейки (Ficedula albicollis). Было обнаружено несколько новых межхромосомных транслокаций и внутрихромосомных перестроек (Hansson et al., 2010).
Расширенные биоинформационные ресурсы, включающие геномные браузеры, генетические карты, базы данных по маркерам и генной экспрессии, и другая родственная домашней птице генетическая и геномная информация доступна в Интернете на соответствующих сайтах.
1.3. МЕТОДЫ КАРТИРОВАНИЯ ГЕНОМОВ.
Основная часть информации о сцеплении и локализации генов курицы получена классическими методами генетического анализа. Наиболее распространенным методом картирования генома является метод реципрокного скрещивания. Такой подход позволяет свести к минимуму число особей в потомстве, необходимое для выявления половых различий в рекомбинантных классах. Для анализа доминантных аллелей с рецессивным летальным действием используют скрещивания дигетерозигот между собой. Однако в этом случае невозможно оценить частоту рекомбинаций у разных полов (Bitgood, Somes, 1990). Методом цитогенетического анализа хромосомных перестроек можно определить соответствие групп сцепления определенным хромосомам. С помощью транслокаций, у