Нуклеотидные последовательности Linaria dalmatica (L.) P. Mill, приобретенные в результате горизонтального переноса

• Автор: Павлова, Ольга Андреевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 153 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. Обзор литературы

1. Горизонтальный перенос генов, определение, эволюционный аспект

2. Горизонтальный перенос генов в царстве прокариотов

3. Горизонтальный перенос генов у эукариотов

3.1. Горизонтальный перенос у протистов

3.2. Горизонтальный перенос у грибов

3.3. Горизонтальный перенос у насекомых и нематод

3.4. Горизонтальный перенос у позвоночных

3.5. Горизонтальный перенос у растений

4. Г оризонтальный перенос генов между агробактериями и высшими растениями

4.1. Механизмы взаимодействия агробактерий и растений
4.2. Структурная организация Т-ДНК и у/г-области агробактерий, механизмы переноса Т-ДНК в растительные клетки
4.2.1. у/г-обласгь
4.2.2. Т-нить
4.2.3. Интерация Т-ДНК в геном хозяина
4.2.4. Гены, входящие в состав Т-ДНК
4.3. Примеры ГПГ между агробактериями и растениями
4.4. Исследования, посвященные горизонтальному переносу генов, проводимые на кафедре генетики и биотехнологии СПбГУ
5. Заключение
Глава II. Материалы и методы
1. Материалы

1.1 Растительный материал
1.2. Условия выращивания растений
1.3. Условия хранения растительного материала
1.4. Бактериальный материал
1.5. Питательные среды
1.6. Вектора
2. Методы
2.1. Выделение ДНК
2.2. ПЦР
2.2.1. ПЦР в режиме реального времени: моноплекс
2.2.2. ПЦР в режиме реального времени: мультиплекс
2.2.3. Классические варианты ПЦР
2.3. Электрофоретические разделение, подготовка образца к клонированию
2.4. Клонирование
2.5. Определение нуклеотидной последовательности
(секвенирование)
2.6. Интернет-ресурсы, используемые в работе
Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ и ОБСУЖДЕНИЯ
1. Характеристика нуклеотидных последовательностей в составе клТ-ДНК L. dal mat ica
2. Создание генетических конструкций для изучения функциональности консервативных последовательностей клТ-ДНК L.dalmatica
3. Определение структуры вставки клТ-ДНК в геноме L. clal mat ica
4. Определение точки инсерции клТ-ДНК в геноме L. dalmatica
5. Поиск новых примеров горизонтального переноса генов между агробактериями и высшими растениям

Заключение

Список сокращений
Глава V. Выводы
Литература
Приложение №

4.2.1. vi/'-область.
К/г-область содержит шесть различных групп комплементации: virA, -v/rH (показано для октопиновой плазмиды, у нопалиновой отсутствуют virA и virH, вместо них - tzs) (Garfinkei, Nester, 1980). Мутации в локусах virA, virB, virD, virG приводят к потере вирулентности, в то время как мутации в остальных локусах только ослабляют вирулентность или уменьшают круг хозяев (Stachel, Nester, 1986). В таблице №1 приведены функции Vir-белков.
Таблица №1. v/r-локусы.
Локус Функция Ссылки
virA Ген virA экспрессируется конститутивно. Белок VirA совместно с VirG контролирует экспрессию всех Wr-генов. VirA - гиетндиновая протеинкиназа, способная к автофосфорилированию. После автофосфорилирования выступает донором фосфата для белка VirG. Winans et al., 1994; Jin et.al., 1990a; Wise et al., 2010.
virB 11 белков, заякориваются в мембране, участвуют в формировании поры для выхода Т-ДНК из бактериальной клетки Thompson et al., 1988; Ward et al., 1990; Shirasu, Kadu, 1
i'irC 2 белка. Мутации в этой области приводят к сужению спектра хозяев Yanofsky et al., 1
virü 5 белков. VirD 1 и VirD2 - еайт-специфические пуклеазы надрезают Т-ДНК в области левой и правой границ и высвобождают однонитевую Т-ДНК (Т-нить). Остальные -участвуют в транспорте Т-ДНК из бактериальной клетки в растительную Scheiffele et al., 1995; Stachel, Nester, 1986, Vergunst et al., 2
vir E 2 белка. VirEl необходим для переноса Т-ДНК. VirE2 связывается е однонитевой ДНК, защищает ее от действия нуклеаз (функциональный аналог SSB белков. SSB от англ. «single strand binding») Winans ct al., 1987; McBride, Knauf, 1988; Citovsky et al., 1989; Sundberg el al., 1996.
virF Белок VirF октопиновых плазмид выполняет схожие функции с VirE2 Melchers et al., 1
virG Белок VirG транскрипционный активатор, в фосфорнлированном состоянии связывается с регуля горными последовательностями (v/r-боксами) остальных wr-генов. Jin et.al., 1990b; Winans et al., 1