Основные генетические группы Mycobacterium tuberculosis в Самарской области

• Автор: Концевая, Ирина Сергеевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Самара
• Количество страниц: 176 с. : ил.

Содержание

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Краткие сведения о возбудителе туберкулеза. Лекарственная устойчивость и ее генетические основы
1.2. Эпидемиология туберкулеза и распространенность лекарственной устойчивости в мире и Российской Федерации
1.3. Полиморфизмы в геноме М. tuberculosis, их применение в филогенетических и эпидемиологических исследованиях туберкулеза

1.3.1. Общие сведения о полиморфизмах в геноме М. tuberculosis

1.3.2. Полиморфизмы в повторяющихся последовательностях и методы молекулярной эпидемиологии

1.3.3. Полиморфизмы, имеющие филогенетическое значение,

и методы их анализа
1.3.4. Факторы вирулентности микобактерий и их генетические основы
1.3.5. Филогенетическая и филогео1рафическая классификация микобактерий туберкулезного комплекса
1.4. Распространенность генетической группы Beijing в мире и Российской Федерации и ее ассоциации с лекарственной устойчивостью
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Объект исследования
2.2. Методы исследования
2.2.1. Бактериологические методы
2.2.2. Выделение ДНК из изолятов М. tuberculosis
2.2.3. Молекулярно-генетические методы
2.2.3.1. Типирование по спейсерным олигонуклеотидам (сполиготиппрование)
2.2.3.2. Типирование по локусам VNTR
2.2.3.3. Анализ полиморфизмов в генахplcA, plcB, plcC и lipR
2.2.3.4. Анализ полиморфизмов в генахpksl5/l и dosT
2.2.4. Статистический анализ данных
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ГРУПП М. TUBERCULOSIS Г10 РАЙОНАМ САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ

3.1.1. Общие данные по генетическим группам и кластеризации штаммов
3.1.2. Распространенность генетических групп в Самарской области
3.1.3. Кластеризация штаммов в районах Самарской области
3.1.4. Кластеризация штаммов, выделенных от впервые выявленных больных и
пациентов, получавших лечение в прошлом
3.2. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ЛЕКАРСТВЕННО-УСТОЙЧИВЫХ И ЧУВСТВИТЕЛЬНЫХ ШТАММОВ М. TUBERCULOSIS В САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ
3.2.1. Распространенность лекарственной устойчивости микобактерий к
противотуберкулезным препаратам в Самарской области
3.2.2. Распространенность лекарственной устойчивости среди различных
генетических групп М. tuberculosis в Самарской области
3.2.3. Неоднородность генетических групп и ассоциированность отдельных
кластеров с лекарственной устойчивостью
3.3. ГЕНЕТИЧЕСКИЙ ПОЛИМОРФИЗМ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ВИРУЛЕНТНОСТЬЮ, СРЕДИ ШТАММОВ М. TUBERCULOSIS В САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ
3.3.1. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA,plcB, plcC, lipR, dosTи
pksl5/l с генетическими группами М. tuberculosis
3.3.2. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA, plcB, plcC, lipR, dosT и
pksl5/l с кластерами M. tuberculosis
3.3.3. Ассоциированность полиморфизмов генов plcA,plcB, plcC, lipR, dosT и
pksl5/l с устойчивостью к противотуберкулезным препаратам
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
Приложение А. Распространенность генетических групп М. tuberculosis по медицинским учреждениям Самарской области
Приложение Б. Распространенность генетических групп М. tuberculosis по адресам проживания пациентов
Приложение В. Распространенность кластеров штаммов М. tuberculosis по районам проживания пациентов в Самарской области
Приложение Г. Распространенность кластеров штаммов М. tuberculosis по медицинским учреждениям Самарской области

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВИЧ - вирус иммунодефицита человека
ВОЗ - Всемирная организация здравоохранения
МВТ - микобактерии туберкулеза
МЛУ - множественная лекарственная устойчивость
ОЛУ - обширная лекарственная устойчивость
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ТБ - туберкулез
CI - доверительный интервал (Confidence interval)
DR - регион прямых повторов (Direct repeats)
ETR - точные тандемные повторы (Exact tandem repeats)
IS - инсерционная последовательность (Insertion sequence)
LSP - полиморфизм длинных последовательностей (Lagre sequence polymorphism) MIRU - микобактериальные рассеянные повторяющиеся единицы (Mycobacterial interspersed repetitive units)
RR - показатель соотношения (rate ratio)
SNP - однонуклеотидная замена (Single nucleotide polymorphism)
VNTR — вариабельные длины тандемных повторов (Variable number tandem repeats)

Существуют различные гипотезы, объясняющие успех в распространении генотипа Beijing, связанные как с особыми свойствами самого генотипа, так и с внешними факторами, а именно естественным отбором, движимым различными причинами. Одна из гипотез называет такой причиной массовую вакцинацию БЦЖ, обладающей меньшими защитными свойствами против штаммов Beijing, чем против других штаммов. Другой возможной причиной считается противотуберкулезная терапия, к которой штаммы Beijing могут быть менее восприимчивыми, нежели другие (van Soolingen et al., 2001). Однако необходимо отметить, что широкое применение вакцины БЦЖ и противотуберкулезной терапии началось лишь в прошлом веке, тогда как распространение Beijing наблюдалось задолго до этого (Wirth et al., 2008). Данный факт позволяет предположить, что штаммы Beijing обладают особыми генетическими и фенотипическими свойствами, обуславливающими их преимущества над другими штаммами М. tuberculosis в плане вирулептносш (например, передачи, перехода латентного заболевания в активное, приобретение лекарственной устойчивости) (de Jong et al., 2008).
Различными исследователями показано, что генетическая группа Beijing ассоциирована с высокой степенью устойчивости как к основным противотуберкулезным препаратам (Marttila et al., 1999; Stepanshina et al., 1999; Narvskaya et al., 2002; Степаншина, 2007; Дымова, 2008; Baranov et al., 2009; Brown et al., 2010; Nodieva et al., 2010; Маиичева, 2011; Дымова, 2012a; Лац, 2012), так и к препаратам фторхинолонового ряда (Вишневский, 2002а; Вишневский, 20026; Носова, 2007; Mokrousov et al., 20086; Duong et al., 2009; Дымова, 2013). В связи с этим широко изучаются возможные ассоциации между генотипом Beijing и распределением мутаций в генах, ответственных за появление устойчивости к противотуберкулезным препаратам.
Ряд исследований продемонстрировал несомненную связь между генотипом Beijing и мутацией katG315, ассоциированной с устойчивостью к пзониазиду (Marttila et al., 1998; Mokrousov et al., 2002a; I-Iillemann et al., 2005; Park et al., 2005; Lipin et al., 2007; Жданова, 20126; Умпелева, 2013). Менее очевидной является связь с мутациями в гене гроВ, который отвечает за 90% всех случаев устойчивости к рифампицину. Так, в Германии и России было обнаружено достаточно много штаммов с мутацией гроВ S531L (Hillemann et al., 2005; Lipin et al., 2007; Маниче-