Картирование и анализ генов и функционально-значимых последовательностей генома человека

• Автор: Климов, Евгений Александрович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 244 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1. RH-КАРТИРОВАНИЕ И АНАЛИЗ Notl-STS-MAPKEPOB ХРОМОСОМЫ 3 ЧЕЛОВЕКА, АССОЦИАЦИЯ Notl-STS С ГЕНАМИ
1.1. ВВЕДЕНИЕ
1.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
1.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
1.3.1. Создание STS к Notl-клонам хромосомы 3 человека и< их локализации.
1.3.2. Определение локализации маркеров на RH-карте.
1.3.3. Совмещение RH-картъг с другими типами карт и построение физической Notl-карты хромосомы 3 человека.
1.3.4. Поиск гомологий Notl-STS-маркеров с генами и EST человека.
1.4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
2. ИЗМЕНЕНИЕ УРОВНЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ХРОМОСОМЫ 3 ЧЕЛОВЕКА В ОПУХОЛЯХ
2Л. КЛАСТЕРЫ TSG В КРИТИЧНЫХ РАЙОНАХ КОРОТКОГО ПЛЕЧА 3 ХРОМОСОМЫ ЧЕЛОВЕКА
2.2. ТРАНСКРИПЦИОННАЯ АКТИВНОСТЬ, КОПИЙНОСТЬ И МЕТИЛИРОВАНИЕ ГЕНА RHOA B ОПУХОЛЯХ
2.2.1. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
2.2.2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.2.2.1. Анализ количества мРНК гена RHOA в первичных опухолях
2.2.2.2. Изменение количества геномных копий гена RHO А в опухолях и его связь с транскрипционной активностью
2.2.2.3. Плотность метилирования промоторной области гена RHO А в опухолях и ее связь с транскритщонной активностью.
2.2.3. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
2.2.4. ИЗМЕНЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА RHOA В КРОВИ БОЛЬНЫХ ЛЕЙКОЗОМ
2.3. ИЗМЕНЕНИЕ УРОВНЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА SEMA3B В
ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ ОПУХОЛЯХ
2.3.1. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
2.3.2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.3.2.1. Изменение содержания мРНК гена SEMA3B в 86 клеточных линиях ВС, ЕОС и RCC
2.3.2.2. Изменение содержания мРНК гена SEMA3B в 87 первичных опухолях RCC, ВС, NSCLC, ЕОС и CRC
2.3.3. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
2.3.4. ИЗМЕНЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА SEMA3B В КРОВИ
БОЛЬНЫХ ЛЕЙКОЗОМ
2.4. ИЗМЕНЕНИЕ УРОВНЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА RARB, 94 ИЗОФОРМЫ 1 ГЕНА GPX1 И ГЕНА DAG1 В ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ ОПУХОЛЯХ
2.4.1. ВВЕДЕНИЕ
2.4.1.1. Ген RARB
2.4.1.2. Ген GPX1
2.4.1.3. Ген DAG
2.4.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
2.4.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЯ
2.4.3.1. Ген RARB
2.4.3.2. Ген GPX1
2.4.3.3. Ген DA G
2.5 АНАЛИЗ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ АКТИВНОСТИ
НОВЫХ БЕЛОК-НЕКОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА W91914 И1151703 В ОПУХОЛЕВЫХ И НОРМАЛЬНЫХ ТКАНЯХ
2.5.1 УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
2.5.2. РЕЗУЛЬТАТЫ
2.5.3. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
2.6. СТРУКТУРА И ОРГАНОСПЕЦИФИЧНОСТЬ
ЭКСПРЕССИИ ГЕНА Nbeal2 КРЫСЫ И ЭКСПРЕССИЯ ЕГО ГОМОЛОГА NBEAL2 В ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ ОПУХОЛЯХ ЧЕЛОВЕКА
2.6.1. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
2.6.2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.6.2.1. Анализ структурыи тканеспецифичности экспрессии у человека и модельных организмов
2.6.2.2. Анализ изменения уровня экспрессии ген а ЫВЕАЬ2 человека в норме и опухоли
2:7. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
3. КАРТИРОВАНИЕ И АНАЛИЗ МЕСТ ИНТЕГРАЦИИ ВИРУСА ПАПИЛЛОМЫ В ГЕНОМ ЧЕЛОВЕКА
3.1. ВВЕДЕНИЕ
3.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
3.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.3.1. Локализация методом 1Ш-картированш последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания вируса папиллом
3.3.2. Локализация т вШсо последовательностей, прилегающих к местам встраивания ВПЧ16 в геноме человека
3.3.3. Поиск сходства последовательностей, прилегающих к местам встраивания ВПЧ16, с экспрессирующимися последовательностями человека
3.3.4. Анализ нуклеотидных последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания ВПЧ
3.4. Поиск последовательностей генома клетки-хозяина, способных терминировать транскрипцию интегрированной ДНК вируса
3.5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
4. КН-КАРТИРОВАНИЕ ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА
4.1. Картирование пяти ЕЬТ-маркеров в геноме человека
4.2. Картирование З’-нетранслируемой области гена комплексина 2 человека
5. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ И ТКАНЕСПЕЦИФИЧНОСТИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА И ИХ ГОМОЛОГОВ У МОДЕЛЬНЫХ ОРГАНИЗМОВ
5.1. СТРУКТУРА ГЕНА СКАР2 ЧЕЛОВЕКА И АНАЛИЗ ЕГО ЭКСПРЕССИИ В ОПУХОЛИ И НОРМЕ
5.1.1. ВВЕДЕНИЕ
5.1.2. УСЛОВИЯ ЭКСПЕРИМЕНТА
5.1.3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Таблица 1.4. Окончание
Регистрационный номер Локализация на карте: Позиция в геноме
Маркер STS (RHdb) клон Гомолог (ген человека или EST) WI-RH, cR GM99- GB4.CR цитоге- нетическая геномный КОІІТИГ позиция, млн.п.н.
NR1- ВК20С A J326278 AJ326278 III FX (белок X из семейства гистоиов Н1) 552.09 460.16 3q21.3 NT_005612 130.
LC-32 AJ24835! (RH 135830) - UIFX (белок X из семейства гистоиов И1 ) 552.10 460.26 3q21.3 NT_0056I2 130.
NL2-278 - Z22414 MGC3040 (предполагаемый белок MGC304G) 593.08 469.96 3q22.3 NT.005612 134.
NRL-09Ü AJ248383 (RH 135815) Х87562 GMPS (СМР-синтаза) 703.68 571.81 3q25.31 NT 005612 156.
NL1-155 AJ409270 (RH 135829) Z22411 SSR3 (рецепторная сигнальная последовательность. трансл окои-ассоцннрованны й белок у) 710.84 576.11 3q25.3l NT_005612 157.
NL2-316 AJ 308723 (RH 135816) Z224I0 SSR3 (рецепторная сигнальная последовательность, транслокоц-ассоцинрованный белок у) 710.85 576.09 3q25.3l NT_005612 157.
924-053 - U49882 hnwi3I848 (геи человека, предсказанный in silico программой Gnomon) (-) (-) 3q26.33 NT_0056I2 183.
NLM-246 AJ24838! (RH 125636) Z22453 Z22454 ATPJ1В (АТРаза, класс VI, тип 11В) 833.90 682.99 3q27.3 NT_005612 183.
924-066 AJ310749 Z22264 LAMP3 (ассоциированный с лнзосомами мембранный белок 3) 837.80 684.06 3q27.3 NTJ305612 184.
NL1-201 AJ311689 (RH 135819) Z22364 ЛВСС5 (белок 5 из подсемейства С (CFTR/MRP) АТР-связывающей кассеты) 844.42 689.05 3q27.3 NT_005612 185.
924-069 AJ311696 Z22265 CLCN2 (хлоридный канал 2) 852.83 696.74 3q27.3 NT_0056I2 185.
АР-19 AJ248348 (RH 135812) Z22297 Z22296 ETV5 (cts-родственный транскрипционный (фактор 5) 853.30 697.30 3q28 NT_005612 187.
NL1-313 - Z94783 Z94784 LPP (lim-домеп-содержащнй белок, вовлеченный п транслокацшо t при липомах) 854.28 697.57 3q28 NT_Q05612 189.
NLM-084 AJ248377 (RH 135828) Z95360 Z95361 LOC440897 (белок, сходный с фосфоглюкомутазой) FU25222 (CXYorfl-родственный белок) 874.9 719.9 (-) NT 077402 (lp36) NT 022135 (2ql4) NT 035325 (J5q26) NT 011255 (19pl3) NT_090211 (-) (-)
АР-34 AJ409272 (RH 135826) Z94756 кДНК, З'-концсвон клон (AW631201) 880.40 730.00 3q29 NT_005535 195.
NL2-252 AJ409275 (RH 135817) Z22395 TFRC (рецептор трансфсррлна (р90, CD71)) 880.53 726.38 3q29 NT_029928 197.
NLM-216 AJ306697 Z95368 FU20522 (предполагаемый белок FLJ2Û522) 884.57 730.04 3q29 NT_029928 197.