Полиморфизм ряда генов метаболизма костной ткани и остеопороз у человека

• Автор: Москаленко, Михаил Викторович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 171 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ !

1.1 Эпидемиология остеопороза

1.2 Денситометрия костнойткани

1.3 Факторы риска> остеопороза

1.4 Генетические факторы риска остеопороза

1.5 Гены предрасположенности к остеопорозу

1.6 Структура гена рецептора витамина D (VDR)

1.7 Структура и роль белкового продукта гена рецептора витамина D

1.8 Полиморфизм гена рецептора витамина D
1.9 Структура генов коллагена 1 типа (COL1A1 и COL1A2)
1.10 Структура и биосинтез белкового продукта генов коллагена Iі типа (COL1A1 и COL1A2)
1.11 Полиморфизм гена коллагена 1 альфа
1.121Кальцитониновый рецептор (CALCR)
1.13 Роль кальцитонина в метаболизме костной ткани;
1.14 Полиморфизм гена рецептора кальцитонина
1.15 Остеокальцин (BGLAP):
1.16 Роль остеокальцина в метаболизме костной ткани
1.17 Полиморфизм гена остеокальцина
1.18 Полногеномные исследования ассоциаций (GWAS)
1.19 Перспективы клинического использования диагностики полиморфизма в «генах-кандидатах»
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
2.1 Контингент обследованных лиц
2.2 Реактивы и список растворов
2.3 Выделение ДНК из лейкоцитов периферической крови
2.4 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ)
2.4.1 Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)
2.4.2 Ферментативный гидролиз и электрофорез в ПААГ
2.5 Использование лабораторного макета «остео-чипа» для
идентификации аллелей генов VDR, Colla, CALCR, BGLAP, ER, GR, GSTM1 и MTHFR
2.5.1 Синтез олигонуклеотидов и изготовление микрочипов
2.5.2 Амплификация фрагментов ДНК для анализа методом гибридизации на олигонуклеотидном биочипе
2.5.3 Гибридизация меченого продукта на микрочипе и регистрация изображения
2.6 Математические методыанализа
Глава 3 РЕЗУЛЬТАТЫ*
3.15 Частота аллелей и генотипов по генам COLLAI, VDR, CALCR и BGLAP у больных тяжёлым остеопорозом* у женщин постменопаузального периода; и* в популяции Северо-западного региона России
3:1.1 BseI полиморфизм гена COL1A1
3.1.2 7а#1 полиморфизм гена VDR
3.1.3 AM полиморфизм гена CALCR
3.1.4 Я/WIII полиморфизм гена BGLAP
3.2 Частоты аллелей; и генотипов по генам COL1A1, VDR, CALCR и
BGLAP у женщин в постменопаузе (группа П)
313 Частоты; аллелей и генотипов по генам? COLLAI, VDR, CALCR и BGLAP у пациенток с различной скоростью потери МПК
3.3.1 BseI полиморфизм гена COL1A1
3.3.2 Taql полиморфизм гена VDR
3.3.3 А1и полиморфизм гена CALCR
3.3.4 Hindill полиморфизм гена BGLAP
3.4: Частота аллелей и генотипов по генам COLLAI, VDR и CALCR у
женщин в постменопаузе с различным уровнем экскреции маркера
остеорезорбции
3.4.1 BseI полиморфизм гена COL1A1
3.4.2 Taql полиморфизм гена VDR
3.4.3 Alul полиморфизм гена CALCR
3.5 Частота аллелей и генотипов по генам COL1A1 и VDR у пациентов
больных тяжелой бронхиальной астмой, длительно принимающих
глюкокортикоиды (ГК)
3.5.1 Taql полиморфизм гена VDR
3.5.2 Значения МПК у пациентов с различными генотипами по гену VDR

3.5.3 Bsell полиморфизм гена COLI Al
3.6 Создание лабораторного макета остео-чипа
3.6.1 Результаты оптимизации мультиплексной ПЦР Блока №
3.6.2 Оптимизация мультиплексной ПЦР Блока № 2 (кроме гена CALCR)
3.6.3 Оптимизация мультиплексной ПЦР Блока № 3 (гены CALCR и MTHFR)
3.6.4 Проверка моноплексной и мультиплексной гибридизации ПЦР продуктов генов с биочипом
3.7 Частота аллелей и генотипов по генам COL1A1, VDR, CALCR, BGLAP,
GR, GSTM1 и MTHFR у пациентов больных тяжелой* бронхиальной
астмой, длительно принимающих глюкокортикоиды (ГК)
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Сравнительный, анализ частот аллелей и генотипов по генам VDR, COL1A1, CALCR п BGLAP у женщин постменопаузального периода и у
больных тяжёлым остеопорозом
4:2 Сравнение частот, генотипов и аллелей генов VDR, COL1A1 и CALCR в популяциях Европы, Северо-западного и Волго-Уральского регионов России
4.2.1 BseI полиморфизм гена COL1A1
4.2.2 Taql полиморфизм гена VDR
4.2.3 Alal полиморфизм гена CALCR
4:3 Функциональная значимость аллельных вариантов генов COL1A1,
VDR и CALCR
4.4 Сравнительный анализ частот генотипов по генам VDR, COL1A1 и CALCR у женщин постменопаузального периода
4.5 Сравнительный анализ частот аллелей и генотипов по генам VDR, COL1A1 и CALCR у женщин в постменопаузе с различным уровнем экскреции маркера остеорезорбции;
4.6 Сравнительный анализ частот аллелей и генотипов по генам VDR, CALCR, BGLAP, GSTM1 и MTHFR у пациентов больных тяжелой бронхиальной астмой, длительно принимающих глюкокортикоиды (ГК)
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

2004; Abrams et al., 2005). Так у подростков с ff генотипом был показан более низкий уровень всасываемости кальция в кишечнике.
Одним из самых изученных на данный момент является полиморфизм гена VDR в сайте связывания транскрипционного фактора Cdx-2. В результате данного полиморфизма (rsll568820) происходила замена А—»G в (-3731) положении от сайта инициации транскрипции гена VDR (Yamamoto et al., 1999; Arai et al., 2001). Функциональный анализ полиморфной области, которую также называют последовательностью hVD-SIFl, провели на модельной линии клеток кишечника. Было показано, что, связываясь, с последовательностью hVD-SIFl, Cdx-2 активизирует транскрипцию гена VDR, а мутации в данной последовательности подавляют трансактивирующую деятельность гена. По результатам проведённой работы авторы предположили, что сайт связывания Cdx-2 играет важную роль в регуляции гена VDR. Проверять полученные ранее данные, Arai с соавторами решили, изучая ассоциацию данного полиморфизма с МПК у 261 японской женщины (Arai et al., 2001). Было показано, что МПК в поясничном отделе, позвоночника у пациенток с Cdx-AA генотипом значительно выше чем у женщин с Cdx-GG генотипом. Функциональный анализ этих двух генотипов показал заметно уменьшенную- аффинность транскрипционного фактора Cdx-2 у лиц с Cdx-GG генотипом по сравнению с Cdx-AA. Авторами было высказано предположение, что данный полиморфизм влияет на МПК путём прямой регуляции на активностьрецепторов.к витамину D в клетках кишечника. В последующей же работе при изучении Cdx-2 полиморфизма у корейских женщин данные выводы не подтвердились (Kim et al., 2002). Кроме того, в проведённых исследованиях, авторы не обнаружили существенных различий в частотах генотипах по данному полиморфизму в группе пациенток с остеопорозом и нормальным контролем.
В-крупном исследовании Cdx-2 полиморфизма, затрагивающем восемь этнических групп, численностью более 3000 человек, было показано, что Cdx-A аллель связана с уменьшенным риском перелома. Сравнивая встречаемость Cdx-A аллели, исследователи (Fang Y et 1., 2003) наблюдали отрицательную