Генетическая дифференциация азиатских популяций тихоокеанского лосося-чавычи, Oncorhynchus Tschawytscha (Walbaum)

• Автор: Шпигальская, Нина Юрьевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Петропавловск-Камчатский
• Количество страниц: 145 с. : ил.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Ареал, краткая биологическая характеристика и

внутривидовая организация чавычи

1.2. Исследования популяционной организации тихоокеанских лососей

на основе молекулярно-генетических методов и состояние изученности данного вопроса у чавычи

1.2.1. Биохимический полиморфизм

1.2.2. Полиморфизм ДНК

ГЛАВА 2. ХАРАКТЕРИСТИКА МАТЕРИАЛА И

МЕТОДОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы

2.2. Методы
2.2.1. Методы выявления биохимической изменчивости
2.2.2. Методы выявления изменчивости мтДНК
2.2.3. Методы статистического анализа
ГЛАВА 3. БИОХИМИЧЕСКИЙ ПОЛИМОРФИЗМ В ПОПУЛЯЦИЯХ ЧАВЫЧИ
3.1. Уровень изменчивости аллозимных популяционных маркеров
3.2. Пространственная изменчивость аллельных частот
3.3. Клинальная изменчивость частот аллозимных локусов
3.4. Внутри- и межпопуляционная генетическая гетерогенность
чавычи Азии
3.4.1. Сезонная изменчивость
3.4.2. Межгодовая изменчивость
3.4.3. Межпопуляционная гетерогенность
3.4.4. Региональная изменчивость азиатской чавычи
3.4.5. Оценка генетических расстояний между камчатскими популяциями чавычи
3.5. Генетическая дифференциация чавычи Азии и Северной Америки
3.6. Создание базы реперных данных для популяционной идентификации азиатской чавычи
ГЛАВА 4. ИЗМЕНЧИВОСТЬ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК В ПОПУЛЯЦИЯХ ЧАВЫЧИ КАМЧАТКИ
4.1. Результаты ПЦР-ПДРФ-анализа мтДНК
4.2. Внутри- и межпопуляционная изменчивость частот гаплотипов мтДНК чавычи
4.3. Оценка географической гетерогенности частот гаплотипов
4.4. Популяционная дивергенция чавычи на основе анализа изменчивости мтДНК
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
Приложение 1. Частоты аллелей 20-ти полиморфных локусов, кодирующих изменчивость ферментных систем
у чавычи Азии
Приложение 2. Минимальные (цт;п), максимальные (цтах) и средние (цауег)
значения частоты основного аллеля для включенных в анализ полиморфных локусов, обнаруженных в популяциях чавычи
Азии и Северной Америки
Приложение 3. Картины электрофоретического разделения продуктов
ПДРФ-анализа в выборках чавычи Камчатки
Приложение 4. Размер рестриктных фрагментов (н.п.) трех
амплифицированных сегментов мтДНК чавычи

Актуальность темы. Тихоокеанские лососи рода Oncorhynchus, являясь ценными объектами промысла, имеют большое экономическое значение для стран Тихоокеанского бассейна. Для всех представителей рода характерна сложная популяционная организация, основными чертами которой являются соответствие принципу иерархии и упорядоченная во времени и пространстве субпопуляциопная структура (Altukhov, 1971, 1981, 1990; Алтухов, 1973, 1974; Altukhov, Salmenkova, 1981, 1991; Алтухов и др., 1997; Altukhov et al., 2000). Эмпирическое подтверждение существования в пределах видов генетически отличающихся, репродуктивно изолированных единиц, дает основание для утверждения, что успех краткосрочной стратегии управления ресурсами и долговременных целей сохранения видов зависит от наличия, наряду с демографическими и экологическими данными, информации о генетической внутривидовой структуре (Алтухов и др., 1997; Алтухов и др., 2004). Для решения теоретических проблем популяционной организации в сочетании с долговременным мониторингом популяционных генофондов и прикладных задач генетической идентификации также необходимы данные о генетическом своеобразии внутривидовых структурных компонентов и оценки уровня их дифференциации.
Чавыча, О. tschawytscha (Walbaum), является одним из наиболее ценных видов тихоокеанских лососей, который в азиатской части ареала обитает преимущественно на Камчатке. Популяционно-генетические исследования чавычи Северной Америки, где данный вид распространен практически по всему тихоокеанскому побережью, были начаты во второй половине 20 в. и показали высокий уровень межпопуляционной изменчивости по аллозимным локусам (Kristiansson, McIntyre, 1976; Gharrett et al., 1987; Reisenbichler, Phelps, 1987; Beacham et al., 1989, 1996; Utter et al., 1989; Bartley, Gall, 1990; Gall et al., 1992; Crane et al., 1996; Teel, 2000, 2004; Templin, Seeb, 2003), структуре митохондриальной ДНК (Wilson et al., 1987; Cronin et al., 1993; Adams et al.,

Продолжение табл. 3
1.1.1.44
Фосфоглицераткиназа, 2.1.23 79 PGK1* 1 спм м
80 PGK2* 3 мгсп п
Фосфоглюкомутаза, 5.4.2.2 81 PGM1* 3 МСГГ1 п
82 PGM2* 4 мспг п
83 PGM3* 2 гпм п
84 PGM4* 6 гпм п
Пируваткиназа, 2.7.1.40 85 РК1* 1 м м
86 РК2* 1 м м
Пуриннуклеозидфосфорилаза, 87 PNP* 1 г м
2.4.2.1
Супероксиддисмутаза, 1.15.1.1 88 sSODl * 4 мсп п
89 mSODl * 2 смгп п
Триозофосфатизомераза, 5.3.1.1 90 ТРИ* 2 мсг п
91 ТР12* 3 мсг п
92 TPI3* 4 мсг п
93 ТРИ* 5 мсгп п
Ксантиндегидрогеназа, 1.2.3.2 94 XDH* 1 г м
Примечание. Таблица составлена по собственным данным и по данным: Gharrett et al., 1987; Bartley, Gall, 1990; Bartley et al., 1992; Gall et al., 1992; Utter et al., 1992; Wilmot et al., 1992; Adams et al., 1994; Crane et al., 1996; Quinn et al., 1996. Ткани: С — сердечная мышца, П — печень, Г — ретина глаза, М - скелетная мышца. Уровень изменчивости: П - локус полиморфный (хотя бы в одной из исследованных популяций были найдены гетерозиготные генотипы), М — локус мономорфный.