Структура острова патогенности XII стрептококков группы B

• Автор: Кулешевич, Евгения Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 112 с. : ил.

Оглавление
Введение

1 Обзор литературы

1.1 Стрептококки группы В

1.1.1 Заболевания, вызванные стрептококками группы В

1.1.2 Факторы патогенности стрептококков группы В

1.2 Мобильные генетические элементы

1.2.1 Виды мобильных генетических элементов и способы их передачи

1.2.2 Мобильные генетические элементы стрептококков группы В

1.3 Острова патогенности

1.3.1 Общая характеристика островов патогенности
1.3.2 Острова патогенности стрептококков группы В
1.4 Заключение по обзору литературы
2 Материалы и методы
2.1 Материалы исследования
2.1.1 Характеристика используемых материалов
2.1.2 Оборудование
2.1.3 Объекты исследования
2.2 Методы исследования
2.2.1 Компьютерный анализ
2.2.Выделение геномной ДНК фенол-хлороформным методом
2.2.3 Выделение геномной ДНК набором ДНК-экспресс
2.2.4 Полимеразная цепная реакция
2.2.5 Мультиплексная полимеразная цепная реакция
2.2.6 Масс-спектрометрия штаммов стрептококков группы В
2.2.7 Рестрикция ДНК
2.2.8 Лигирование ДНК
2.2.9 Трансформация кишечной палочки
2.2.10 Схема создания слитой конструкции
2.2.11 Секвенирование
3 Результаты исследования
3.1 Определение серотипов СГВ с помощью мультиплексной ПЦР
3.2 Молекулярно-генетическая организация и распространенность острова патогенности XII.

3.3 Статистическая обработка результатов ПЦР с штаммами на гены острова патогенности, ассоциированного с геном взрВ!
3.4 Масс-спектрометрический анализ штаммов стрептококков группы В
3.5 Создание рекомбинантных конструкций для экспрессии и инактивации гена БврВ!
3.6 Сравнительный анализ белков 5$рВ1 и 5эрВ1а с гомологичными белками других микроорганизмов
3.7 Определение распространенности гена $зрВ1а
3.8 Определение области интеграции острова патогенности, ассоциированного с геном 5$рВ1
3.9 Сравнительный анализ острова патогенности, ассоциированного с геном $зрВ1, с островом патогенности, ассоциированным с геном зврВ1а
3.10 Анализ штаммов из Португалии и Анголы на наличие генов, ассоциированных с геном ирВ1а.
4 Обсуждение
Заключение
Выводы
Список сокращений
Список литературы

Введение
Актуальность темы
Стрептококки группы В (СГВ) или Streptococcus agalactiae, впервые выделенные у коров, больных маститом, длительное время рассматривались исключительно как возбудители заболеваний животных. И лишь начиная с 90-х годов XX века для научного сообщества стало очевидным, что СГВ способны вызывать тяжелые инфекции у человека [14]. Большинство исследователей относят эти бактерии к условно-патогенным микроорганизмам [6], которые вызывают в определенных условиях целый ряд заболеваний [14]. Инфекция СГВ у беременных может приводить к тяжелым патологиям новорожденных в форме сепсиса, менингита и пневмонии. Смертность новорожденных при развитии заболеваний достигает 4-6% [128]. СГВ также являются причиной многих
заболеваний взрослых людей, а именно пневмонии, перитонита, артрита, менингита, эндокардита, абдоминального абсцесса, кистозного фиброза, некротизирующего фасциита, инфекций урогенитального тракта, кожи, мягких тканей и костей [46; 62; 86; 92; 115; 116; 117; 118].
Установлено, что СГВ вызывают заболевания у самых различных видов млекопитающих: крупного рогатого скота, собак, кошек, слонов, кур, верблюдов, лошадей, обезьян, нутрий, хомяков, мышей, морских млекопитающих, крокодилов, лягушек и различных рыб [32, 34, 92,100]. Таким образом, СГВ обладают способностью колонизировать различные экологические ниши и являются причиной развития инфекционного процесса как у людей, так и животных, что во многом обусловлено особенностями генетической организации стрептококков группы В, содержащих в геноме множественные мобильные генетические элементы.
Мобильные генетические элементы (плазмиды, транспозоны, бактериофаги и острова патогенности) вносят существенный вклад в формирование вирулентного фенотипа патогенных микроорганизмов. Острова патогенности характеризуются

2 Материалы и методы
2.1 Материалы исследования
2.1.1 Характеристика используемых материалов
Жидкая питательная среда - Todd Hewitt Broth (ТНВ) - Pronadisa, Испания
Tris - Amresco, США
EDTA - Хеликон, Россия
NaCl - Вектон, Россия, «хч», ГОСТ
Лизоцим - Sigma-aldrich, США
Додецилсульфат натрия - SDS - Вектон, Германия
Фенол - Вектон, Россия, «ЧДА», ГОСТ 2
Хлороформ - Вектон, Россия, ГОСТ 2
Протеиназа - Sigma-aldrich, США
Нуклеотиды - dCTP, dTTP, dGTP, dATP - Fermentas, Литва
Праймеры - Синтол, Россия
Праймеры - Бигль, Россия
Taq-полимераза Dream - Fermentas, Литва
Буфер 10х DreamTaq - Fermentas, Литва
Минеральное масло - ICN, США
Агароза - Amresco, США
Кислота уксусная - Вектон, Россия
Бромистый этидий - Amresco, США
Изопропиловый спирт - Вектон, Россия, ГОСТ
Рестриктаза HindIII - Thermo scientific, Литва
Рестриктаза BamHI - Thermo scientific, Литва
Агар бактериологический - Хеликон, Россия
Глицерин - Вектон, Россия