Филогенетическая принадлежность штаммов Yersinia pestis основного подвида из природных очагов России и сопредельных государств

• Автор: Оглодин, Евгений Геннадьевич
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 136 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Организация генома возбудителя чумы и разнообразие штаммов Yersiniapestis

1.2 Молекулярное типирование штаммов У. pestis. Полимеразная цепная реакция

с учетом результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ) и ее использование для молекулярно-генетического анализа возбудителя чумы

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2 ОБЪЕКТЫ, МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.1.1 Штаммы Y. pestis
2.1.2 Питательные среды
2.2 Анализ биохимических свойств штаммов
2.3 Выделение ДНК
2.4 Постановка полимеразной цепной реакции
2.5 Проведение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов
2.6 Секвенирование ДНК
2.7 Использованные компьютерные программы
2.8 Статистическая обработка результатов 45 Глава 3 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ОПРЕДЕЛЕНИЯ БИОВАРНОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ШТАММОВ У. pestis МЕТОДОМ ПЦР С
ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ
3.1 Выбор ДНК мишеней для определения биоваров штаммов Y. pestis основного
подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов
3. 2 Разделение в ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов типичных и атипичных штаммов средневекового биовара. Определение полной нуклеотидной последовательности критической плазмиды pCKF
Глава 4 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ШТАММОВ Y.pestis К ОСНОВНЫМ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИМ ЛИНИЯМ В ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1 Дифференциация в ПЦР штаммов античного биовара филогенетических
линий O.ANT, 1.ANT и 2.ANT

4.2 Детекция в ПЦР штаммов У. реэйз античного биовара линии 4.А1ГГ. Определение полной нуклеотидной последовательности криптической плазмиды рТРЗЗ
4.3 Разработка способа детекции штаммов У. ревт античного биовара филогенетической линии З.АЭТ
Глава 5 ОПРЕДЕЛЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ ИЗ ПРИРОДНЫХ ОЧАГОВ РОССИИ И НЕКОТОРЫХ СОПРЕДЕЛЬНЫХ СТРАН
5.1 Филогенетическая принадлежность штаммов У. реяШ основного подвида
из природных очагов чумы в России
5.2 Филогенетический анализ штаммов У. резНв основного подвида, выделенных
в Горно-Алтайском высокогорном очаге в 2012 и 2014 гг.
5.3 Анализ штаммов основного подвида из очагов чумы в Монголии
5.4 Филогенетическая принадлежность штаммов У. рея^ основного подвида из высокогорных очагов в Киргизии
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность исследований и состояние проблемы
Чума представляет серьезную проблему для здравоохранения и в XXI веке, постоянно проявляя себя в виде отдельных случаев или вспышек болезни с высоким уровнем летальности. В начале века вспышки и единичные случаи чумы неоднократно регистрировались на о. Мадагаскар, в странах Африки, Юго-Восточной и Центральной Азии, Южной и Северной Америк (Butler, 2009, Куты-рев и др., 2011, World Health Organization, 2014). На территории Российской Федерации в 2013-2014 гг. отмечена высокая эпизоотическая активность части природных очагов Прикаспия и Сибири (Попов и др., 2013, 2014, 2015; Кутырев др., 2014). Кроме того значительную опасность представляет собой возможность использования возбудителя чумы в качестве биологического оружия (Butler, 2009). Выделение природных штаммов Yersinia pestis с множественной лекарственной устойчивостью существенно увеличивает эти риски (Galimand et al., 1997; Guiyoule et al., 2001).
Штаммы возбудителя чумы Y. pestis неодинаковы по вирулентности и эпидемической значимости. Наибольшую опасность представляют собой штаммы основного подвида, обладающие высокой и универсальной вирулентностью и циркулирующие в природных очагах чумы на территории большинства континентов в различных ландшафтно-климатических зонах. Штаммы Y. pestis основного подвида широко распространены и в очагах чумы в России и сопредельных государствах. Они циркулируют в 10 из 11 природных очагов на территории Российской Федерации. В 2013 - 2014 гг. впервые выявлена постоянная циркуляции основного подвида в Горно-Алтайском высокогорном очаге чуме, где ранее выделялись только штаммы неосновного (алтайского) подвида (Балахонов и др., 2013, Попова и др., 2014). В 2014 г. здесь впервые зарегистрирован случай заражения чумой человека. Случаи болезни чумой человека регистрируются и на территориях сопредельных с Россией государств - Монголии, Китая, Киргизии, Казахстана, в природных очагах которых циркулируют, в основном, штаммы основного подвида. Наличие протяженных границ, активные экономические связи и массовая

Продолжение таблицы
1 2 3
51 С-749 [46-Даг.] 1999 г. от блох Neopsylla setosa из нор малого суслика Citellus pygmaeus
52 С-747 [6-Даг.] 1999 г. от блох Neopsylla setosa от малого суслика -Citellus pygmaeus
53 С-754 [249-Даг.] 1999 г. от блох Neopsylla setosa от малого суслика Citellus pygmaeus
54 КМ 932 (И-3223) Тувинский горный (37) 1987 г. от блох Ceratophyl-lus tesquorum с длиннохвостого суслика Citellus undulates
55 1771 [1771] —«— 1971 г. от длиннохвостого суслика Citellus undulatus
56 2060 [2060] 1971 г. от трупа длиннохвостого суслика Citellus undulatus
57 КМ 685 (И-2638) 1977 г. от вшей с длиннохвостого суслика Citellus undulatus
58 И-3110 [413] 1985 г. от блох Citellophyllus tesquorum с длиннохвостого суслика Citellus undulates
59 И-3265 [819] 1984 г. от длиннохвостого суслика Citellus undulatus
60 И-3205 [1146] от блох Rhadinopsylla transbajcalica
61 И-3358 [166] 1992 г. от трупа длиннохвостого суслика Citellus undulatus
62 И-3264 [511] 1992 г. от блох Citellophyllus tesquorum
63 1454 Горно-Алтайский высокогорный 2012 г. от трупа длиннохвостого суслика Citellus undulatus