Характеристика клинически значимых биологических свойств возбудителя туберкулеза, выделенного из резецированных участков лёгких больных туберкулёзом

• Автор: Белоусова, Ксения Валерьевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Екатеринбург
• Количество страниц: 148 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА (обзор литературы)
1.1. История формирования представлений о лекарственной устойчивости микобактерий туберкулеза
1.2. Классификация лекарственной устойчивости микобактерий туберкулеза
1.3. Молекулярно-генетические механизмы устойчивости микобактерий туберкулеза к лекарственным препаратам
1.4. Методы диагностики лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза
1.4.1. Культуральные методы определения лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза
1.4.2. Молекулярно-генетические методы определения лекарственной
чувствительности микобактерий туберкулеза
Резюме
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Общая характеристика материалов исследования
2.2. Методы исследования
2.2.1. Бактериологические методы исследования
2.2.2. Молекулярно-генетические методы исследования
2.2.2.1. Выделение ДНК микобактерий туберкулеза из клинического материала и лизирование культур микобактерий туберкулеза
22.2.2. Обнаружение ДНК М. tuberculosis complex методом ПЦР в режиме
реального времени (ПЦР-РВ)
2.2.2.3. Определение ЛЧ МВТ к изониазиду, рифампицину и фторхинолонам методом биочипов

2.2.2.4. Типирование культур М. tuberculosis методом MIRU-VNTR..
2.2.3. Методы статистической обработки результатов исследований.
Резюме
Глава 3. РОЛЬ КУЛЬТУРАЛЬНЫХ И МОЛЕКУЛЯРНО-
ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ВЫЯВЛЕНИЯ МИКОБАКТЕРИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА И ОПРЕДЕЛЕНИЯ ИХ ЛЕКАРСТВЕННОЙ
ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ РЕЗЕЦИРОВАННЫХ УЧАСТКОВ ЛЕГКИХ И РЕСПИРАТОРНОГО МАТЕРИАЛА
3.1. Выявляемость микобактерий туберкулеза и определение их
лекарственной чувствительности культуральными методами
3.2. Выявляемость микобактерий туберкулеза и определение их
лекарственной чувствительности молекулярно-генетическими методами.
3.3. Сравнительная оценка бактериологических и молекулярно-генетических методов исследования
3.4. Алгоритм бактериологического исследования резецированных участков
легких
Резюме
Глава 4. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ СВОЙСТВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ТУБЕРКУЛЕЗА, ВЫДЕЛЕННОГО ИЗ РЕЗЕЦИРОВАННЫХ УЧАСТКОВ ЛЕГКИХ И РЕСПИРАТОРНОГО МАТЕРИАЛА
4.1. Сравнительный анализ скорости и массивности роста микобактерий туберкулеза, выделенных из операционного и респираторного материала, полученных на хирургическом этапе лечения больных
4.2. Сравнительный анализ лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза, выделенных из операционного и респираторного материала, полученных на хирургическом этапе лечения больных
4.3. Генотипирование микобактерий туберкулеза, выделенных из операционного и респираторного материала, полученных на хирургическом этапе лечения больных
4.4. Сравнительный анализ лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза, выделенных из операционного и респираторного материала,
полученного на терапевтическом этапе лечения больных.
Резюме
Глава 5. АНАЛИЗ ВАРИАНТОВ МУТАЦИЙ, ОТВЕТСТВЕННЫХ ЗА ЛЕКАРСТВЕННУЮ УСТОЙЧИВОСТЬ МИКОБАКТЕРИЙ
ТУБЕРКУЛЕЗА, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ РЕЗЕЦИРОВАННЫХ УЧАСТКОВ
ЛЕГКИХ
Резюме
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

(набор «Амплитуб-МЛУ-РВ»), Готовится к регистрации набор на выявление мутаций в генах, отвечающих за ЛУ к этамбутолу, аминогликозидам, циклическим пептидам и фторхинолонам.
Сопоставление данных о ЛЧ МВТ, полученных при помощи ПЦР в реальном времени, с результатами бактериологического исследования методом абсолютных концентраций и с помощью системы Bactec выявило конкордантность методов в среднем в 94% и 90%, соответственно [18].
SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) - метод анализа конформационного полиморфизма ДНК основан на регистрации различий в электрофоретической подвижности одноцепочечных ДНК, одинаковых по величине, но различающихся вследствие нуклеотидных замен по пространственной организации молекул. Метод состоит из двух этапов: на первом этапе проводят амплификацию искомого фрагмента гена, на втором этапе полученные ампликоны разделяют при помощи вертикального электрофореза в высокоразрешающем полиакриламидном геле при пониженной температуре [82, 84, 208]. ПЦР-SSCP позволяет быстро детектировать наличие резистентности к рифампицину и изониазиду. С помощью этого метода можно выявить мутацию, но для определения ее типа необходимо проводить секвенирование или иметь контрольные штаммы МВТ с известными мутациями в исследуемых кодонах.
DGGE (Dénaturation Gradient Gel Electrophoresis) - метод денатурирующего градиентного гель-электрофореза — основан на зависимости свойств денатурации небольших двухнитевых молекул ДНК от их нуклеотидной последовательности, а точнее - от соотношения А-T и Г-Ц-пар в исследуемых фрагментах [189]. В отличие от SSCP, он пригоден для анализа более крупных амплифицированных фрагментов ДНК. При исследовании фрагментов до 600 п.н. эффективность выявления мутаций этим методом достигает 95%.
Принцип метода ПЦР-гетеродуплексного анализа (ГДА) основан на сравнении электрофоретической подвижности гетеродуплексов, полученных