Молекулярно-генетические механизмы эволюции вируса гепатита C

• Автор: Калинина, Ольга Викторовна
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 229 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Организация генома и белки вируса гепатита С
1.1.1. Структурные белки вируса гепатита С
1.1.2. Неструктурные белки вируса гепатита С
1.2. Жизненный цикл вируса гепатита С
1.3. Эволюция вируса гепатита С
1.3.1. Роль мутаций в эволюции вируса гепатита С
1.3.2. Классификация вируса гепатита С
1.3.3. География и эволюция генотипов вируса гепатита С
1.4. Рекомбинация как один из молекулярно-генетических механизмов эволюции РНК-содержащих вирусов
1.4.1. Типы и механизмы РНК рекомбинации
1.4.2. Рекомбинация у представителей семейств Picornaviridae и Coronaviridae
1.4.3. Рекомбинация у представителей семейства Flaviviridae
1.5. Лабораторная диагностика вирусного гепатита С
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. РНК изолятов вируса гепатита С
2.2. Образцы сыворотки и плазмы крови
2.3. Определение соге-антигена ВГС, антител к core и core+1/AFRP белкам
2.4. Выделение тотальной РНК
2.5. Синтез кДНК
2.6. Амплификация 5’UTR/core и NS5B фрагментов генома ВГС методом гнездной ПЦР
2.7. Амплификация больших фрагментов генома ВГС методом гнездной

ГЛАВА 6. РОЛЬ СИНОНИМИЧЕСКИХ МУТАЦИЙ В ФОРМИРОВАНИИ ИЗОЛЯТОВ ВГС С НОВЫМ БЕЛКОВЫМ
ПРОФИЛЕМ
ГЛАВА 7. ОБСУЖДЕНИЕ
7Л. Рекомбинационный механизм эволюции ВГС
7.2. Мутационный механизм эволюции ВГС и его роль в формировании
изолятов с новым белковым профилем
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
ОТ АВТОРА

современных эпидемических вариантов и смоделировать развитие эпидемий, а также выявить географические области, где локализуются пулы возможных будущих эндемичных вариантов вирусов.
1.3.1. Роль мутаций в эволюции вируса гепатита С
Как и большинство РНК-содержащих вирусов, ВГС характеризуется значительной генетической вариабельностью [70; 72; 81; 111; 197; 311; 315; 316; 481]. Высокая скорость мутаций у ВГС обусловлена отсутствием у вирусной РНК-зависимой РНК-полимеразы функции коррекции ошибочного включения нуклеотидов в процессе репликации генома в отличие от ДНК-зависимых ДНК-полимераз, обладающих 3’-5’ экзонуклеазной активностью для проверки вновь синтезированных ими фрагментов. Средняя частота мутаций на геном на сайт в течение года, рассчитанная для изолята Н субтипа 1а, выделенного из образцов плазмы крови пациента, полученных с разницей в 13 лет, составила 1,92*103 нуклеотидных замен [311]. Средняя частота мутаций NS5B и Е1 областей генома, рассчитанная на основе анализа нуклеотидных последовательностей 26 изолятов ВГС субтипа lb, выделенных из образцов плазмы крови, полученных с разницей в 17 лет, от пациентов, инфицированных ВГС-контаминированным анти-D иммуноглобулином, составила 4,1 * 10 4 и 7,1*10"4 нуклеотидных замен на сайт в течение года, соответственно [340; 397]. Эти показатели практически не отличаются от средней частоты мутаций, характерной для РНК-содержащих вирусов, например, 3,9*10'4 для HGV/GBV-C и 1,4*10~4 для HIV-1 [105; 295; 499].
Большинство аккумулируемых в процессе репликативного цикла нуклеотидных замен являются синонимическими, т.е., не влияющими на аминокислотный состав белка. Так, частота синонимических замен в NS5B и Е1 областях составляет 1,1*10"3 и 1,7*10 3 нуклеотидных замен на сайт в течение года, тогда как частота несинонимических замен в этих же областях значительно ниже 6*10'5 и 4*10’4, соответственно [397]. Между тем, несинонимические мутации являются источником значительной доли фенотипических вариантов ВГС.