Исследование общих закономерностей эволюции генома человека при дупликации генов и точечном мутагенезе

• Автор: Панчин, Александр Юрьевич
• Шифр специальности: 03.01.09
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 192 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение
Обзор литературы
Актуальность исследуемой области
Основные виды мутаций
Влияние соматических и наследуемых мутаций
Методы реконструкции мутационных и эволюционных событий
Закономерности процессов мутагенеза и эволюции
Глава 1 - Анализ загрязнений транскрипционных данных человека
1.1 Введение
1.2 Методы
1.2.1 Создание коллекции «мусорных » EST
1.2.2 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
1.3 Результаты и обсуждение
1.3.1 Человеческие EST, не имеющие сходства с последовательностями из генома человека
1.3.2 Загрязнения в базе данных EST человека
1.3.3 Растительные EST в базе данных EST человека
1.3.4 Анализ загрязнений рибосомальными мРНК в базе данных EST человека
1.3.5 Экспериментальный поиск «пропущенных» генов человека
1.4 Выводы
Глава 2 - Сравнительных анализ частот нуклеотидных слов в геноме человека, а также в геномах других эукариот
2.1 Введение
2.2 Методы

2.2.1 Выборка анализируемых геномов
2.2.2 Разорванные слова
2.2.3 Частотность
2.2.4 Статистические методы для подсчета ожидаемых частот слов
2.2.5 Минимальная частотность
2.3 Результаты и обсуждение
2.3.1 Сравнение методов для подсчета ожидаемых частот слов
2.3.2 Однобуквенные слова
2.3.3 Недопредставленные двухбуквенные слова
2.3.4 Перепредставленные двухбуквенные слова
2.3.5 Недопредставленные трехбуквенные и четырехбуквенные слова60
2.3.6 Перепредставленные трехбуквенные и четырехбуквенные слова
2.3.7 Пятибуквенные, шестибуквенные и семибуквенные слова
2.3.8 Сравнение с маскированными геномами
2.3.9 Сравнение с кодирующими последовательностями
2.4 Выводы
Глава 3 — Исследование мутационных контекстов в геноме человека
3.1 Введение
3.2 Методы
3.2.1 Критерии включения полиморфизмов
3.2.2 Мутационный контекст и подконтекст
3.2.3 Контраст
3.2.4 Минимальный контраст
3.2.5 Мутационное смещение
3.2.6 Статистическая значимость
3.3 Результаты
3.4 Обсуждение
3.5 Выводы
Глава 4 — Исследование эволюции недавно дуплицированных генов человека
4.1 Введение
4.2 Методы
4.2.1 Составление выборки семейств паралогичных генов человека
4.2.2 Подсчет dN и dS
4.2.3 Исследование асимметрии эволюции паралогов
4.2.4 Сравнение с ортологами
4.2.5 Анализ GOstat
4.2.6 Транскрипционные данные
4.2.7 Анализ PolyPhen
4.3 Результаты
4.3.1 Оценка индивидуальных значений dN и dS
4.3.2 Индивидуальные значения dN и dS паралогичных генов
4.3.3 Асимметрия в несиионимичных сайтах
4.3.4 Асимметрия в синонимичных сайтах
4.3.5 Анализ программой PolyPhen
4.3.6 Анализ с помощью базы данных Pride
4.4 Обсуждение
4.5 Выводы
Глава 5 - Исследование эволюции сайтов сплайсинга в семействах
паралогичных генов человека
5.1 Введение
5.2 Методы

Для сравнения EST с геномом человека использовалась программа MegaBLAST.
Для сборки EST в контиги использовалась программа SeqMan со следующими параметрами:
• Maximum added gap length in contig, 70;
• Match size, 12;
• Maximum added gap length in sequence, 70;
• Minimum match percentage, 80;
• Maximum register shift difference, 70;
• Last group considered, 2;
• Gap penalty, 0.00;
• Gap length penalty, 0.70;
• Consensus threshold, 75.
Также были использованы программы: BlastN, VecScan, discontiguous
MegaBLAST и BlastX, с параметрами по умолчанию, в соответствии с рекомендациями в соответствующих разделах на сервере NCBI.
1.2.2 Поттеразная цепная реакция (ПЦР)
Полимеразная цепная реакция проводилась со следующей смесью:
ДНК матрица 10-50 нг
Праймеры (прямой и обратный) 10 пикомоль каждый
Смесь dNTPs 0.125 mM
Буффер Taq полимеразы х1
Taq полимераза 0.5-1 единица
MgC12 1-1.5 тМ
Н20 до общего объема 25 микролитров