Сравнительно-геномный анализ посттранскрипционных и посттрансляционных механизмов регуляции структуры и функции белков

• Автор: Курмангалиев, Ербол Жанузакович
• Шифр специальности: 03.01.09
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 110 с. : ил.

Содержание
Введение
Актуальность темы
Цели и задачи исследования
Научная новизна и практическая ценность
Апробация работы
Структура и объем диссертации
Список публикаций по теме диссертации
1 .Обзор литературы
1.1 Альтернативный сплайсинг
1.1.1 Распознавание сайтов сплайсинга через интрон и
через экзон
1.1.2 Цис-регуляторные элементы сплайсинга
1.1.3 Котранскрипционный сплайсинг
1.1.4 Альтернативный сплайсинг и структура белков
1.2 Постгрансляционныс модификации
1.2.1 Фосфопротсомика
1.2.2 Структурные особенности сайтов фосфорилирования
1.2.3 Эволюционные особенности сайтов
фосфорилирования
1.2.4 Нефункциональное и неспсцифичное
фосфорилирование
1.2.5 Протеомные исследования ацетилирования лизина
2.Данные и методы
2.1 Данные

2.1.1 Выборки удержанных и конститутивно
сплайсируемых интронов
2.1.2 Выборки экзонов с мутациями в сайтах сплайсинга
2.1.3 Данные по включаемости кодонов
2.1.4 Сайты посттрансляционных модификаций
2.1.5 Контрольные выборки немодифицированных аминокислотных остатков
2.1.6 Ортологи модифицированных белков и филогенетические деревья
2.2 Методы и программное обеспечение
2.2.1 Веса сайтов сплайсинга
2.2.2 Плотность энхансеров и сайленсеров сплайсинга
2.2.3 Реконструкция эволюции сайтов модификаций
2.2.4 Предсказание неструктурированных областей белков
2.2.5 Проверка статистической значимости
2.2.6 Авторское программное обеспечение
3.Результаты и обсуждения
3.1 Ошибки сплайсинга
3.1.1 Удержанные интроны
3.1.2 Мутации в сайтах сплайсинга
3.1.3 Обсуждение результатов анализа удержанных
интронов и мутаций в сайтах сплайсинга
3.2 Альтернативный сплайсинг и посггрансляционные
модификации
3,2.1 Сайты фосфорилирования тяготеют к альтернативно
сплайсирусмым областям генов

3.2.2 Обсуждение взаимосвязи между альтернативным сплайсингом и посттрансляционными
модификациями
3.3 Паттерны эволюции посттрансляционных модификаций
3.3.1 Паттерны замен сайтов фосфорилирования
3.3.2 Паттерны замен сайтов ацстилирования
3.3.3 Обсуждение анализа эволюции посттрансляционных модификаций
Основные результаты и выводы
Благодарности
Список литературы
Приложения

аминогруппа лизина несет положительный заряд. Ацетилирование нейтрализует этот заряд и может существенно влиять на электростатические свойства белков [157, 158].
Рисунок 9. Обратимое ацетилирование остатков лизина.
Ацетилирование гистонов играет ключевую роль в регуляции экспрессии генов [159,160]. Помимо гистонов, ацетилированию подвергаются и другие белки, участвующие в самых разнообразных клеточных процессах [161]. К примеру, ацетилирование тубулина участвует в регуляции процессов сборки и разборки микротрубочек [162]. Другим примером является ацетилирование С-концевой части белка р53, активирующее его способность к специфичному связыванию ДНК [163]. Существуют данные о том, что как минимум 5-10% белков бактерий и млекопитающих содержат сайты ацетилирования лизина [158].
Стратегия высокопроизводительных протеомных экспериментов,
использовавшаяся при массовой идентификации сайтов фосфорилирования (см. раздел 1.2.1), оказалась успешной и при исследовании ацетиломов. Аффиная очистка ацетилированных пептидов с помощью антител против ацетиллизинов и последующий их анализ при помощи тандемной масс-спектроскопии позволил идентифицировать множество новых ацетилпротеинов [57, 70, 158].

£NH3

5сн2

Y СН2 К-ацетилтрансфераза

К-деацетилаза
аСН2