Различная в хромосомной локализации белка SUUR в развитии Drosophila melanogaster коррелируют с активностью генов и состоянием хроматина

• Автор: Максимов, Даниил Александрович
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 128 с. : ил.

Оглавление
ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Организация хроматина

1.2 Локальная и глобальная регуляция транскрипционной активности хроматина

1.2.1 Неактивный хроматин у D. melanogaster

1.2.1.1 Рс-опосредованная инактивация

1.2.1.1 Рс-опосредованная инактивация

1.2.2 Типы хроматина у D. melanogaster

1.3 Репликация ДНК и ее связь с транскрипционной активностью хроматина

1.3.1 Регуляция времени репликации
1.3.1.1 Регуляция времени репликации р-глобйНового
локуса млекопитающих
1.3.1.2 Регуляция времени репликации Igh локуса
грызунов
1.3.1.3 Глобальная регуляция времени репликации при
дифференцировке клеток
1.3.1.4 Исследования времени репликации ДНК в
культивируемых in vitro клетках дрозофилы
1.3.2 Время репликации и транскрипционная активность
1.3.3 Механизм репликации ДНК
1.3.4 Эндорепликация
1.3.5 Недорепликация политенных хромосом у D. melanogaster
1.4 Влияние белка SUUR на процесс репликации хромосом
D. melanogaster
1.5 Ассоциация белка SUUR с транскрипционно неактивным
хроматином/), melanogaster
1.6 Заключение
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Создание набора генов для изучения районов недорепликации
2.2 Выявление районов, обладающих свойствами районов
недорепликации
2.3 Выделение РНК и анализ экспрессии генов в развитии
2.4 Метод DamID
2.5 Молекулярное клонирование
2.6 Генетическая трансформация дрозофилы
2.7 Процедура DamID
2.8 Биоинформатическая обработка данных
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Связывание белка SUUR с районами недорепликации политенных хромосом слюнных желез D. melanogaster
3.2 Организация генов в районах недорепликации
3.2.1 Районы недорепликации характеризуются низкой плотностью генов
3.2.2 Районы недорепликации обогащены семенник-специфичными генами
3.2.3 Предсказание районов недорепликации
3.3 Динамика связывания SUUR в развитии
3.4 Связь динамики белка SUUR с экспрессией генов в развитии
3.5 Динамика белка SUUR в контексте изменения состояния хроматина в развитии
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Особенности генетической организации районов, обогащенных белком SUUR
4.2 Динамика связывания белка SUUR и регуляция генов
4.3 Динамика SUUR в разных типах хроматина
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Явление недорепликации хорошо изучено в политенных хромосомах слюнных желез личинок дрозофилы. На цитологических препаратах хромосом в районах недорепликации иногда возникают характерные «разломы» (рис. 5, А). Однако следует отметить, что недорепликация свойственна и другим полиплоидным тканям дрозофилы, например питающим клеткам яичников, жирового тела и средней кишки (Hammond, Laird, 1985; Koryakov et al., 2004; Nordman et al., 2011).
1.4 Влияние белка SUUR на процесс репликации хромосом D. melanogaster
Белок SUUR, кодируемый геном SuUR (Supressor of Under Replication), является связующим звеном между процессом формирования неактивного хроматина и поздней репликацией у дрозофилы (Belyaeva et al, 1998). Функция этого белка неизвестна, а фенотипическим проявлением мутации SuUR является исчезновение «разломов» в политенных хромосомах слюнных желез в результате полной политенизации районов, недореплицированных в норме (рис. 5, Б) (Belyaeva et al., 1998; Semeshin et al., 2001; Zhimulev et al., 2003a).
Исчезновение недорепликации показано молекулярными методами как на уровне отдельных районов (Moshkin et al., 2001), так и на уровне всего генома. При помощи метода сравнительной геномной гибридизации был построен профиль представленности ДНК во всех хромосомах слюнных желез (Belyakin et al., 2005). Оказалось, что во многих районах хромосом дикого типа уровень политенизации значительно ниже, чем у мутантов SuUR. На основе этих данных были выделены 52 района недорепликации, которые совпадают с обнаруженными цитологически участками поздней репликации и сайтами связывания белка SUUR (Belyakin et al., 2005).