Генетическое разнообразие планктонных и ассоциированных с губками динофлагеллят озера Байкал

• Автор: Анненкова, Наталия Вадимовна
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 136 с. : ил.

Оглавление
ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Генетическое разнообразие простейших

1.1.1 Позиция простейших с классификационной точки зрения

1.1.2 Виды простешигос, их количество и распространение

1.2. Методы исследования генетического разнообразия простейших

1.3. Общая характеристика динофлагеллят

1.3.1 Морфология и генетические особенности

1.3.2 Экология динофлагеллят

1.3.3 Специфические адаптации
1.3.4 Эволюция, биоразнообразие и биогеография динофлагеллят
1.4 История изучения и роль динофлагеллят в экосистеме озера Байкал.
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Сбор образцов
2.2 Оптическая и сканирующая электронная микроскопия
2.3 Выделение ДНК
2.4 Конструирование специфических праймеров, полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2.5 Клонирование фрагментов, определение нуклеотидных последовательностей, рестрикционный анализ (ПДРФ)
2.6 Филогенетический анализ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Динофлагелляты из весеннего подледного сообщества озера Байкал
3.1.1 Общее описание динофлагеллят, развивающихся в весенний сезон
3.1.2 Определение размерных характеристик беспанцирпых планктонных динофлагеллят
3.1.3 Изучение доминирующего в весеннем планктоне СутпосИтит
Ьaicalen.se с помощью молекулярно-генетических маркеров
3.1.4 Анализ динофлагеллятных нуклеотидных фрагментов 18SрДНК из весеннего планктона Байкала
3.2 Динофлагелляты, ассоциированные с байкальскими эндемичными губками
3.2.1 Анализ динофлагеллятных последовательностей 18SрДНК
3.2.2 Анализ фрагментов ДНК, содержащих участок 5.8S-ITS2-28S, динофлагеллят, ассоциированных с губками
3.2.3 Распределение динофлагеллят между изученными байкальскими губками
4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Байкальские динофлагелляты порядка Suessiales
4.2 Байкальские динофлагелляты, филогенетически близкие семейству Pfiesteriaceae
4.3. Байкальские динофлагелляты вида Gymnodinium baicalense
4.4. Байкальские динофлагелляты рода Gyrodinium
4.5. Байкальские динофлагелляты без определенного положения
4.6. Замечания по эволюции байкальских динофлагеллят
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ДМСО - диметилсульфоксид
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
И1ГГГ - изопропил-|3-0-тиогалактозид
н.п. - нуклеотидные пары
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
рДНК - рибосомная ДНК
РНК - рибонуклеиновая кислота
Трис - трис(гидроксиметил)метиламин
ЦТАБ - цстилтриметиламмоний бромид
ЭДТА - этилендиаминтетраацетат натрия
бШ’Р - дезоксинуклеотид трифосфат
Х-вАК - 5-бром-4-хлор-3-индол- Р-Б-галактопиранозид

пресноводным динофлагеллятам до недавнего времени уделялось мало внимания.
Симбиоз
Под симбиозом сегодня понимают довольно широкий круг отношений, когда два организма тесно взаимодействуют друг с другом. Симбиотические отношения подразделяют на мутуалистические (взаимовыгодные) и паразитические [Грин, Стаут, 1990]. Целый ряд динофлагеллят являются симбионтами. Возможно, что среди динофлагеллят, как минимум семь родов из четырех отрядов являются симбиотическими. Полифилетическое происхождение симбиотических динофлагеллят поддерживает идею, что эта особенность появлялась в эволюционной истории независимо несколько раз [I-Iackett et al., 2004]. Паразитизм динофлагеллят проявляется во взаимоотношении со множеством других простейших, с беспозвоночными, с некоторыми позвоночными (с рыбами). Например, род Perkinsus является паразитом устриц и двустворчатых моллюсков, а близкородственный ему род Pan’ilucifera инфицирует других динофлагеллят [Saldarriaga et al. 2003]. Описано 66 паразитических видов, в основном это бластодинии и синдинии, но, скорее всего, очень многие паразитические динофлагелляты ещё не выявлены [Taylor et al., 2008]. Кроме этого, уже выявленные паразитические виды, как оказалось, далеко не всегда верно определены, например, ряд паразитов инфузорий относятся не к синдиниям (группа, стоящая в основании эволюции динофлагеллят), как полагали, а к сем. Dinophyceae (то есть к «настоящим динокарионтам») [Coats et al., 2010]. Неполнота знаний о динофлагеллятах-паразитах в полной мере относится к пресноводным экосистемам, где в целом экология населяющих их динофлагеллят мало изучена. Например, в 2008 году было показано, что в озере Павин (Франция) превалируют пикоэукариоты (в т.ч. динофлагелляты), ведущие паразитический или сапрофитный образ жизни, при чем скорее всего ранее их ошибочно считали хищниками, поедающими бактерий [Lefevre et. al., 2008].